More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_1457 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_1457  tyrosine recombinase XerD  100 
 
 
292 aa  588  1e-167  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0432704  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1432  tyrosine recombinase XerD  57.29 
 
 
321 aa  345  4e-94  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0895087  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1971  tyrosine recombinase XerD subunit  55.33 
 
 
309 aa  345  5e-94  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000860406  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1347  tyrosine recombinase XerD  54.98 
 
 
306 aa  333  3e-90  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.816733  normal  0.74121 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0359  tyrosine recombinase XerD  58.68 
 
 
290 aa  331  8e-90  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00723526 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  56.6 
 
 
310 aa  328  5.0000000000000004e-89  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  44.75 
 
 
295 aa  271  1e-71  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  45.42 
 
 
295 aa  266  2.9999999999999995e-70  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  45.42 
 
 
295 aa  266  2.9999999999999995e-70  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  47.24 
 
 
297 aa  263  2e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.59 
 
 
296 aa  262  4e-69  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.59 
 
 
296 aa  263  4e-69  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.59 
 
 
296 aa  262  4e-69  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.59 
 
 
296 aa  262  4.999999999999999e-69  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.59 
 
 
296 aa  262  4.999999999999999e-69  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.59 
 
 
296 aa  262  4.999999999999999e-69  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.59 
 
 
296 aa  262  4.999999999999999e-69  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  46.78 
 
 
295 aa  261  1e-68  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  46.6 
 
 
295 aa  259  3e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.26 
 
 
296 aa  259  4e-68  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.92 
 
 
296 aa  259  5.0000000000000005e-68  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  43.58 
 
 
296 aa  259  5.0000000000000005e-68  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  43.92 
 
 
297 aa  259  5.0000000000000005e-68  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.92 
 
 
296 aa  259  5.0000000000000005e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.26 
 
 
296 aa  258  8e-68  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  43.92 
 
 
296 aa  257  2e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  44.07 
 
 
295 aa  255  5e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.42 
 
 
299 aa  254  8e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  43.24 
 
 
302 aa  252  6e-66  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  48.8 
 
 
308 aa  251  1e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  45.67 
 
 
300 aa  250  2e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  43.24 
 
 
296 aa  250  2e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1488  tyrosine recombinase XerD  48.11 
 
 
304 aa  249  3e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.221019  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  44.75 
 
 
295 aa  249  4e-65  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.62 
 
 
298 aa  248  8e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  45.92 
 
 
295 aa  247  1e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  43.39 
 
 
295 aa  248  1e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  47.08 
 
 
300 aa  246  2e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  44.9 
 
 
294 aa  246  2e-64  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0747  tyrosine recombinase XerD  46.02 
 
 
303 aa  245  4.9999999999999997e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000635712  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.42 
 
 
298 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  43.39 
 
 
295 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.08 
 
 
298 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  43.2 
 
 
303 aa  244  9.999999999999999e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.08 
 
 
298 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.39 
 
 
298 aa  244  1.9999999999999999e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  45.67 
 
 
309 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  45.67 
 
 
309 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.05 
 
 
298 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2276  tyrosine recombinase XerD  45.71 
 
 
301 aa  243  1.9999999999999999e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.235275  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  44.83 
 
 
309 aa  243  3e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.05 
 
 
298 aa  243  3e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  44.48 
 
 
301 aa  242  5e-63  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0843  tyrosine recombinase XerD  45.67 
 
 
309 aa  242  6e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  45.58 
 
 
294 aa  241  7.999999999999999e-63  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.39 
 
 
298 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.71 
 
 
298 aa  241  1e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1283  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.83 
 
 
297 aa  241  1e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3449  tyrosine recombinase XerD  45.33 
 
 
300 aa  241  1e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2255  tyrosine recombinase XerD  47.4 
 
 
305 aa  240  2e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000204462  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3228  tyrosine recombinase XerD  45.36 
 
 
300 aa  240  2e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.302685  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.05 
 
 
298 aa  240  2e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  42.91 
 
 
308 aa  240  2e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3331  tyrosine recombinase XerD  45.17 
 
 
300 aa  240  2e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0795  tyrosine recombinase XerD  44.98 
 
 
300 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  44.9 
 
 
295 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  44.64 
 
 
300 aa  239  5e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1827  tyrosine recombinase XerD  42.66 
 
 
306 aa  239  5.999999999999999e-62  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  46.1 
 
 
292 aa  239  5.999999999999999e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  45.33 
 
 
303 aa  238  5.999999999999999e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3012  tyrosine recombinase XerD subunit  46.23 
 
 
295 aa  238  6.999999999999999e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146868  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  47.44 
 
 
292 aa  238  8e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  43.69 
 
 
298 aa  238  1e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.18 
 
 
298 aa  238  1e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.36 
 
 
298 aa  238  1e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  45.67 
 
 
321 aa  238  1e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0663  tyrosine recombinase XerD  43.94 
 
 
305 aa  237  2e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  41.2 
 
 
302 aa  236  3e-61  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.67 
 
 
299 aa  236  3e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0651  tyrosine recombinase XerD  43.3 
 
 
297 aa  236  3e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0950079  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1659  tyrosine recombinase XerD subunit  42.91 
 
 
296 aa  236  3e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.538818 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0890  tyrosine recombinase XerD  46.37 
 
 
300 aa  236  4e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267893  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.7 
 
 
302 aa  236  5.0000000000000005e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.48 
 
 
311 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  44.33 
 
 
305 aa  235  5.0000000000000005e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0537  tyrosine recombinase XerD subunit  46.44 
 
 
302 aa  235  6e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  40.86 
 
 
302 aa  235  6e-61  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.67 
 
 
299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  40.86 
 
 
302 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.67 
 
 
305 aa  234  1.0000000000000001e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5643  tyrosine recombinase XerD  48.11 
 
 
299 aa  234  2.0000000000000002e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.776137 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.67 
 
 
298 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.67 
 
 
298 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.67 
 
 
299 aa  233  3e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.67 
 
 
298 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.67 
 
 
298 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  37.97 
 
 
296 aa  233  3e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0523  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.48 
 
 
315 aa  233  3e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.221654  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.67 
 
 
298 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0750  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.79 
 
 
311 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>