More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_1401 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  100 
 
 		 250 aa  503  9.999999999999999e-143  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  59.2 
 
 		 274 aa  277  1e-73  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1211  pseudouridine synthase  59.67 
 
 		 243 aa  271  6e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  57.14 
 
 		 251 aa  256  3e-67  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1958  pseudouridine synthase, Rsu  56.33 
 
 		 292 aa  251  7e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.347299  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1418  pseudouridine synthase  53.2 
 
 		 292 aa  229  2e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.126081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  47.79 
 
 		 251 aa  207  1e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  49.17 
 
 		 556 aa  205  7e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  49.38 
 
 		 624 aa  202  6e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  48.57 
 
 		 567 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.97 
 
 		 240 aa  195  7e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.7 
 
 		 237 aa  194  1e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  44.77 
 
 		 241 aa  192  3e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  44.72 
 
 		 253 aa  189  2e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  43.46 
 
 		 235 aa  190  2e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  45.61 
 
 		 238 aa  189  2.9999999999999997e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  44.07 
 
 		 271 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  45.04 
 
 		 264 aa  186  3e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.64 
 
 		 247 aa  186  4e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  44.49 
 
 		 273 aa  185  7e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  44.49 
 
 		 255 aa  185  7e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  44.77 
 
 		 239 aa  182  4.0000000000000006e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.64 
 
 		 258 aa  182  4.0000000000000006e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  43.85 
 
 		 238 aa  182  4.0000000000000006e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  42.86 
 
 		 274 aa  181  1e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  44.67 
 
 		 309 aa  179  2.9999999999999997e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1820  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.4 
 
 		 288 aa  179  4.999999999999999e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.77 
 
 		 239 aa  177  2e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.08 
 
 		 249 aa  176  2e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.9 
 
 		 328 aa  176  3e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0787  pseudouridine synthase  45.99 
 
 		 728 aa  176  3e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000926536  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  44.49 
 
 		 329 aa  175  5e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1581  pseudouridine synthase  43.55 
 
 		 252 aa  175  6e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1557  pseudouridine synthase  43.55 
 
 		 252 aa  175  6e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  40 
 
 		 266 aa  175  7e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  40 
 
 		 266 aa  175  7e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  42.26 
 
 		 680 aa  174  9e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  44.49 
 
 		 324 aa  174  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.28 
 
 		 243 aa  174  1.9999999999999998e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.7 
 
 		 236 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1688  pseudouridine synthase, Rsu  38.06 
 
 		 250 aa  172  3.9999999999999995e-42  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0683  pseudouridine synthase  45.53 
 
 		 250 aa  171  1e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.316582  normal  0.0629739 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  40.49 
 
 		 553 aa  170  2e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  41.42 
 
 		 236 aa  169  3e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  40.33 
 
 		 251 aa  169  5e-41  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40 
 
 		 242 aa  168  7e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1330  pseudouridine synthase  39.56 
 
 		 282 aa  168  9e-41  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.297072 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40 
 
 		 242 aa  167  1e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  40 
 
 		 242 aa  167  1e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  40 
 
 		 242 aa  167  1e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40 
 
 		 242 aa  167  1e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  40 
 
 		 242 aa  167  1e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40 
 
 		 242 aa  167  1e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40 
 
 		 242 aa  167  1e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  40 
 
 		 242 aa  167  1e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40 
 
 		 242 aa  167  1e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0441  pseudouridine synthase  40.64 
 
 		 248 aa  166  2.9999999999999998e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00343055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  41.91 
 
 		 233 aa  166  2.9999999999999998e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1184  pseudouridine synthase  40.24 
 
 		 254 aa  166  4e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0710  pseudouridine synthase  40.25 
 
 		 244 aa  165  5e-40  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1616  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.74 
 
 		 250 aa  165  6.9999999999999995e-40  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.771877  normal  0.0569453 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1270  pseudouridine synthase  43.03 
 
 		 265 aa  165  8e-40  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  39.33 
 
 		 242 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14070  pseudouridine synthase family protein  39.92 
 
 		 318 aa  163  3e-39  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2817  pseudouridine synthase  41.94 
 
 		 329 aa  163  3e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0696867  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  41.35 
 
 		 239 aa  162  4.0000000000000004e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0494  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.24 
 
 		 243 aa  162  4.0000000000000004e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  37.25 
 
 		 296 aa  162  6e-39  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0497  pseudouridine synthase  38.43 
 
 		 247 aa  161  9e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  38.24 
 
 		 245 aa  160  1e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  40.66 
 
 		 384 aa  160  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  41.15 
 
 		 241 aa  160  1e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0477  pseudouridine synthase  42.08 
 
 		 254 aa  160  1e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.66 
 
 		 249 aa  160  1e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  37.67 
 
 		 230 aa  160  2e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.76 
 
 		 238 aa  160  2e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3276  pseudouridine synthase  40.94 
 
 		 247 aa  160  2e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0129049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  43.62 
 
 		 322 aa  159  3e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4316  pseudouridine synthase  41.53 
 
 		 259 aa  160  3e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4141  pseudouridine synthase  37.13 
 
 		 554 aa  159  4e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.244372  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  40.59 
 
 		 243 aa  159  4e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.08 
 
 		 245 aa  159  6e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.08 
 
 		 245 aa  159  6e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.66 
 
 		 236 aa  158  7e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1997  pseudouridine synthase  37.35 
 
 		 252 aa  158  8e-38  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3495  pseudouridine synthase  40.32 
 
 		 247 aa  158  8e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0394567  normal  0.217284 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1709  RNA-binding S4 domain protein  39.68 
 
 		 387 aa  157  1e-37  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.397798  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  40.08 
 
 		 403 aa  157  2e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  38.24 
 
 		 236 aa  157  2e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11041  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  36.86 
 
 		 237 aa  157  2e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0249401  normal  0.321161 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.42 
 
 		 332 aa  157  2e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2937  pseudouridine synthase, Rsu  41.43 
 
 		 254 aa  156  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0746934 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0723  pseudouridine synthase  38.7 
 
 		 279 aa  156  3e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0159498  normal  0.0828355 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1319  RNA-binding S4 domain protein  41.6 
 
 		 268 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.834019  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  39.83 
 
 		 385 aa  155  5.0000000000000005e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  39.2 
 
 		 406 aa  155  6e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1377  pseudouridine synthase, Rsu  40.25 
 
 		 247 aa  155  8e-37  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.19 
 
 		 240 aa  154  1e-36  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1928  pseudouridine synthase  39.51 
 
 		 306 aa  154  1e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2231  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.8 
 
 		 466 aa  154  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00234161  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>