221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_0767 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_0767  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  100 
 
 
319 aa  665    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2137  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  76.66 
 
 
317 aa  505  9.999999999999999e-143  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0265  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  73.82 
 
 
317 aa  499  1e-140  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.595947  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0271  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  74.76 
 
 
317 aa  494  1e-139  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.113366 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1246  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  74.45 
 
 
317 aa  496  1e-139  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.200947 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1039  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  65.3 
 
 
315 aa  429  1e-119  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.370707  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2953  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  62.78 
 
 
312 aa  407  1.0000000000000001e-112  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.617485 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3755  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  62.84 
 
 
321 aa  397  1e-109  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0719  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  57.05 
 
 
324 aa  382  1e-105  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.534448 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1732  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  58.61 
 
 
322 aa  373  1e-102  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0782  nickel-dependent hydrogenase, small subunit  52.53 
 
 
367 aa  331  1e-89  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0547122  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0872  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  49.03 
 
 
377 aa  331  1e-89  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3332  Ni-Fe hydrogenase, small subunit:twin-arginine translocation pathway signal  50.33 
 
 
379 aa  330  2e-89  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0545  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  50.49 
 
 
373 aa  327  2.0000000000000001e-88  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0144  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  53.77 
 
 
376 aa  320  1.9999999999999998e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2056  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  48.85 
 
 
373 aa  318  5e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1943  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  52.92 
 
 
378 aa  315  5e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.162149  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1123  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  50.17 
 
 
368 aa  312  4.999999999999999e-84  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3139  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  49.49 
 
 
368 aa  311  1e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0458  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  50 
 
 
379 aa  310  2e-83  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  unclonable  0.0000000000404232  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1283  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  50 
 
 
360 aa  309  4e-83  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0034668  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1403  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  49.67 
 
 
360 aa  308  8e-83  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0526  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  51.03 
 
 
393 aa  305  5.0000000000000004e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.428273  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0123  nickel-dependent hydrogenase, small subunit  48.68 
 
 
361 aa  303  2.0000000000000002e-81  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.799752  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0712  Ni/Fe-hydrogenase, small subunit  48.69 
 
 
379 aa  303  2.0000000000000002e-81  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3148  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  48.21 
 
 
417 aa  303  3.0000000000000004e-81  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1765  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  48.69 
 
 
378 aa  301  8.000000000000001e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0940  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase small chain  49.35 
 
 
383 aa  301  1e-80  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0025548  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2319  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  47.88 
 
 
415 aa  301  1e-80  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1378  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  49.19 
 
 
360 aa  300  2e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.38439  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1880  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  47.88 
 
 
378 aa  300  2e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2088  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  48.86 
 
 
378 aa  300  2e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.332576  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2099  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, small subunit precursor  48.53 
 
 
378 aa  300  3e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0861  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase small chain  47.4 
 
 
381 aa  299  4e-80  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.822531  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1822  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  48.21 
 
 
378 aa  299  5e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.249477  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2155  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  48.21 
 
 
378 aa  299  5e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.021449  normal  0.34251 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2404  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  47.88 
 
 
378 aa  298  8e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0274072  hitchhiker  0.000408774 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1915  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  47.88 
 
 
378 aa  298  8e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0904727  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1922  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  47.88 
 
 
378 aa  298  8e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.102833  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00346  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  45.4 
 
 
340 aa  298  1e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2534  hydrogenase 2 small subunit  49.49 
 
 
375 aa  298  1e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.457974  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1908  hydrogen:quinone oxidoreductase  46.89 
 
 
378 aa  297  1e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.935417  normal  0.0653543 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1889  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  47.56 
 
 
378 aa  297  1e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.118271  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3403  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  49.84 
 
 
400 aa  295  5e-79  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.643066  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1679  hydrogen:quinone oxidoreductase  47.06 
 
 
378 aa  294  1e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.915972 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1410  hydrogenase 2 small subunit  48.3 
 
 
375 aa  293  3e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3989  Ni-Fe hydrogenase, small subunit:twin-arginine translocation pathway signal  44.95 
 
 
363 aa  293  3e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1269  Hydrogenase (acceptor)  49.84 
 
 
355 aa  293  4e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1903  thymidylate kinase (dTMP kinase)  48.54 
 
 
381 aa  292  5e-78  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0537168  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3974  Ni-Fe hydrogenase, small subunit:twin-arginine translocation pathway signal  50.52 
 
 
394 aa  291  8e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.871152  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0481  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  48.12 
 
 
374 aa  291  8e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3376  hypothetical protein  44.92 
 
 
368 aa  291  9e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3523  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  48.46 
 
 
369 aa  291  1e-77  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.584249 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0509  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  48.12 
 
 
374 aa  290  2e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0514  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  48.12 
 
 
374 aa  290  2e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.935474  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2033  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  47.39 
 
 
378 aa  290  3e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000339723  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0180  uptake hydrogenase small subunit  46.2 
 
 
325 aa  289  5.0000000000000004e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2103  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  48.04 
 
 
378 aa  288  1e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2173  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.42 
 
 
370 aa  287  2e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00215445  normal  0.569492 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02873  hydrogenase-2, small chain  47.44 
 
 
372 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0699  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  47.44 
 
 
372 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4309  hydrogenase 2 small subunit  47.44 
 
 
372 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3177  hydrogenase 2 small subunit  47.44 
 
 
372 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02822  hypothetical protein  47.44 
 
 
372 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3424  hydrogenase 2 small subunit  47.44 
 
 
372 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0696  hydrogenase 2 small subunit  47.44 
 
 
372 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3466  hydrogenase 2 small subunit  47.44 
 
 
372 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3283  hydrogenase 2 small subunit  47.44 
 
 
372 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0853  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  42.95 
 
 
364 aa  286  4e-76  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.113934  normal  0.390076 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1150  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.42 
 
 
358 aa  286  4e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.172681  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1436  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  47.06 
 
 
383 aa  286  4e-76  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3906  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  47.54 
 
 
375 aa  286  4e-76  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0338  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.65 
 
 
373 aa  285  5.999999999999999e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000709279  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1298  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43 
 
 
364 aa  285  7e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.102659  normal  0.737365 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1975  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.65 
 
 
364 aa  285  7e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.847489  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1106  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  47.71 
 
 
385 aa  284  1.0000000000000001e-75  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.978131  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3332  hydrogenase 2 small subunit  46.76 
 
 
372 aa  284  1.0000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.844313 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3323  hydrogenase 2 small subunit  46.76 
 
 
372 aa  284  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.629462  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3403  hydrogenase 2 small subunit  46.76 
 
 
372 aa  284  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3397  hydrogenase 2 small subunit  46.76 
 
 
372 aa  284  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4088  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  49.83 
 
 
393 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.541909  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0101  putative periplasmic protein  47.08 
 
 
401 aa  283  3.0000000000000004e-75  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3498  hydrogenase 2 small subunit  46.76 
 
 
372 aa  283  4.0000000000000003e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.271513  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2827  hydrogenase (acceptor)  43 
 
 
364 aa  282  5.000000000000001e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1162  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  42.67 
 
 
377 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1446  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  45.9 
 
 
362 aa  280  2e-74  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.123847  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3772  hydrogenase (NiFe) small subunit (hydA)  40.82 
 
 
374 aa  279  4e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.427783  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1862  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.59 
 
 
362 aa  279  5e-74  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50590  Uptake hydrogenase small subunit (Precursor), HoxK  45.25 
 
 
358 aa  279  6e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1593  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.19 
 
 
363 aa  278  9e-74  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.550279  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1154  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  42.02 
 
 
370 aa  278  1e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0855  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.93 
 
 
361 aa  277  2e-73  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3367  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  46.03 
 
 
359 aa  276  3e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0495  hydrogenase protein small subunit  44.92 
 
 
369 aa  275  9e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0972  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  45.25 
 
 
360 aa  274  1.0000000000000001e-72  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00108314  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2146  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  44.59 
 
 
369 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.206578  normal  0.329607 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1996  uptake hydrogenase small subunit precursor  41.97 
 
 
363 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1161  Ni-Fe hydrogenase, small subunit  44.3 
 
 
361 aa  272  7e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1208  nickel-dependent hydrogenase 1, small subunit  42.67 
 
 
372 aa  271  9e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.428667  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3097  hydrogenase (NiFe) small subunit HydA  43.93 
 
 
361 aa  271  1e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>