More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_0681 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  62.76 
 
 
530 aa  648    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0846  preprotein translocase subunit SecD  64.03 
 
 
533 aa  654    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000476642  normal  0.132271 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  100 
 
 
531 aa  1057    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0541  preprotein translocase subunit SecD  61.58 
 
 
532 aa  647    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0137043 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1341  preprotein translocase subunit SecD  60.11 
 
 
532 aa  621  1e-177  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.087277  normal  0.613358 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1929  preprotein translocase subunit SecD  57.85 
 
 
526 aa  580  1e-164  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.991559  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1239  protein-export membrane protein SecD  51.8 
 
 
533 aa  514  1e-144  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2442  protein-export membrane protein SecD  51.98 
 
 
524 aa  486  1e-136  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000311445  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  46.49 
 
 
532 aa  480  1e-134  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  45.9 
 
 
532 aa  475  1e-133  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1892  preprotein translocase subunit SecD  47.06 
 
 
533 aa  468  9.999999999999999e-131  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000256259  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  45.73 
 
 
533 aa  466  9.999999999999999e-131  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  46.96 
 
 
533 aa  464  1e-129  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  47.43 
 
 
533 aa  457  1e-127  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  47.04 
 
 
525 aa  453  1.0000000000000001e-126  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  45.98 
 
 
530 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  44.15 
 
 
530 aa  444  1e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0503  preprotein translocase subunit SecD  44.59 
 
 
534 aa  430  1e-119  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.153104  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1715  protein-export membrane protein SecD  45.9 
 
 
594 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2057  protein-export membrane protein SecD  45.9 
 
 
594 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  42.19 
 
 
856 aa  389  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3355  preprotein translocase subunit SecD  44.29 
 
 
632 aa  385  1e-106  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4005  preprotein translocase subunit SecD  44.29 
 
 
632 aa  386  1e-106  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0707  preprotein translocase subunit SecD  43.91 
 
 
521 aa  385  1e-105  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.907979  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  41 
 
 
533 aa  384  1e-105  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0728  preprotein translocase subunit SecD  43.04 
 
 
529 aa  382  1e-104  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.347162  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  41.51 
 
 
535 aa  376  1e-103  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3172  preprotein translocase subunit SecD  41.04 
 
 
533 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881845  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0071  preprotein translocase subunit SecD  43.25 
 
 
510 aa  375  1e-102  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  40.63 
 
 
532 aa  373  1e-102  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  40.52 
 
 
534 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2777  preprotein translocase subunit SecD  40.82 
 
 
533 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.626907  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4644  preprotein translocase subunit SecD  41.75 
 
 
632 aa  372  1e-102  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4406  preprotein translocase subunit SecD  40.63 
 
 
533 aa  369  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.638067  normal  0.207578 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2350  preprotein translocase subunit SecD  43.54 
 
 
618 aa  368  1e-100  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.951904  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1001  protein-export membrane protein SecD  42.36 
 
 
531 aa  367  1e-100  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541747  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2427  preprotein translocase subunit SecD  43.42 
 
 
614 aa  368  1e-100  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2732  preprotein translocase subunit SecD  40.82 
 
 
533 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.282861 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2079  preprotein translocase protein SecD  44.7 
 
 
604 aa  365  1e-99  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3866  preprotein translocase subunit SecD  43.35 
 
 
626 aa  365  1e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3409  preprotein translocase subunit SecD  43.88 
 
 
621 aa  364  2e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.768129  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1048  preprotein translocase subunit SecD  40.56 
 
 
526 aa  362  9e-99  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0838  preprotein translocase subunit SecD  43.27 
 
 
640 aa  362  1e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0344  preprotein translocase subunit SecD  43.95 
 
 
633 aa  360  3e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3280  preprotein translocase subunit SecD  40.83 
 
 
625 aa  359  8e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.527735  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4087  preprotein translocase subunit SecD  40.94 
 
 
636 aa  358  9.999999999999999e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.15751  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0476  preprotein translocase subunit SecD  41.49 
 
 
526 aa  357  2.9999999999999997e-97  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.45 
 
 
856 aa  357  3.9999999999999996e-97  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.68 
 
 
853 aa  356  5.999999999999999e-97  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1575  preprotein translocase subunit SecD  40.26 
 
 
521 aa  351  2e-95  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1621  protein-export membrane protein SecD  39.52 
 
 
522 aa  348  1e-94  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1769  protein-export membrane protein SecD  40.21 
 
 
512 aa  347  3e-94  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2855  protein-export membrane protein SecD  39.19 
 
 
532 aa  346  6e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.20247 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1303  protein-export membrane protein SecD  43.53 
 
 
622 aa  344  2e-93  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3885  preprotein translocase subunit SecD  41.3 
 
 
625 aa  345  2e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.527535  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1230  preprotein translocase subunit SecD  40.52 
 
 
614 aa  343  5.999999999999999e-93  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.181896  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1236  preprotein translocase subunit SecD  43.13 
 
 
526 aa  341  2e-92  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.543695  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4645  preprotein translocase subunit SecD  42.04 
 
 
624 aa  341  2e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4309  preprotein translocase subunit SecD  39.07 
 
 
535 aa  341  2.9999999999999998e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2959  preprotein translocase subunit SecD  40.43 
 
 
629 aa  340  2.9999999999999998e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0630  preprotein translocase subunit SecD  42.94 
 
 
526 aa  340  4e-92  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1111  preprotein translocase subunit SecD  42.94 
 
 
526 aa  339  7e-92  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.789718  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2549  preprotein translocase subunit SecD  40.62 
 
 
629 aa  339  9e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.370381  normal  0.188242 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0512  protein-export membrane protein SecD  42.28 
 
 
609 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1449  preprotein translocase subunit SecD  40.83 
 
 
616 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00202636  normal  0.0146122 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1437  preprotein translocase subunit SecD  40.83 
 
 
616 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000013441  hitchhiker  0.000143717 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  41.55 
 
 
554 aa  338  1.9999999999999998e-91  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5119  preprotein translocase subunit SecD  41.63 
 
 
627 aa  338  1.9999999999999998e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01048  preprotein translocase subunit SecD  41.87 
 
 
607 aa  337  2.9999999999999997e-91  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3111  preprotein translocase subunit SecD  41.21 
 
 
616 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1453  preprotein translocase subunit SecD  38.1 
 
 
531 aa  337  2.9999999999999997e-91  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004365  protein-export membrane protein SecD  42.07 
 
 
607 aa  337  3.9999999999999995e-91  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.59973  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1572  preprotein translocase subunit SecD  40.64 
 
 
616 aa  336  5e-91  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000232578  hitchhiker  0.00000015395 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2785  preprotein translocase subunit SecD  40.64 
 
 
616 aa  335  1e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000401853  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2880  preprotein translocase subunit SecD  40.64 
 
 
616 aa  335  1e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000488716  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2805  preprotein translocase subunit SecD  40.64 
 
 
616 aa  335  1e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000153559  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2066  preprotein translocase subunit SecD  41.86 
 
 
623 aa  335  1e-90  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.666611  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2191  preprotein translocase subunit SecD  40.6 
 
 
616 aa  335  2e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.111681  decreased coverage  0.00360319 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1063  preprotein translocase subunit SecD  38.51 
 
 
615 aa  335  2e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00256647 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2433  preprotein translocase subunit SecD  41.58 
 
 
618 aa  334  2e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1472  preprotein translocase subunit SecD  41.65 
 
 
610 aa  334  2e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.119469  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1384  preprotein translocase subunit SecD  40.45 
 
 
616 aa  333  6e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000494152  hitchhiker  0.000000727457 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1798  preprotein translocase subunit SecD  40.56 
 
 
554 aa  332  8e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0444  preprotein translocase subunit SecD  40.56 
 
 
554 aa  332  8e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0562014  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0456  preprotein translocase subunit SecD  40.92 
 
 
554 aa  332  1e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.171448  normal  0.0964807 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2715  preprotein translocase subunit SecD  39.96 
 
 
626 aa  331  2e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.177706 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1714  preprotein translocase subunit SecD  37.96 
 
 
537 aa  331  2e-89  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3262  preprotein translocase subunit SecD  37.64 
 
 
604 aa  330  3e-89  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.103027  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1403  preprotein translocase subunit SecD  39.89 
 
 
616 aa  330  3e-89  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00249908  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0277  preprotein translocase subunit SecD  41.8 
 
 
626 aa  331  3e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.130868  normal  0.176148 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2482  preprotein translocase subunit SecD  40.08 
 
 
616 aa  330  3e-89  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000187651  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3121  preprotein translocase subunit SecD  37.64 
 
 
615 aa  330  4e-89  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000987582  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3382  preprotein translocase subunit SecD  37.64 
 
 
615 aa  330  4e-89  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00120261  normal  0.627671 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2810  preprotein translocase subunit SecD  42.48 
 
 
621 aa  329  8e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2073  preprotein translocase subunit SecD  38.03 
 
 
535 aa  328  2.0000000000000001e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3108  preprotein translocase subunit SecD  36.13 
 
 
532 aa  327  3e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.2173 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0563  protein-export membrane protein SecD  43.64 
 
 
473 aa  327  3e-88  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1021  preprotein translocase subunit SecD  37.84 
 
 
604 aa  326  5e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1324  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.81 
 
 
845 aa  325  1e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0375911  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3289  preprotein translocase subunit SecD  37.84 
 
 
604 aa  324  3e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>