More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_0083 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_0083  fumarate hydratase  100 
 
 
466 aa  951    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0240  fumarate hydratase  72.73 
 
 
466 aa  647    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2918  fumarate hydratase, class II  68.48 
 
 
464 aa  635    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3201  fumarate hydratase, class II  68.7 
 
 
464 aa  637    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2731  fumarate hydratase, class II  67.47 
 
 
471 aa  628  1e-179  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.799595  normal  0.207959 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1238  fumarate hydratase  64.84 
 
 
459 aa  619  1e-176  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1197  fumarate hydratase  64.84 
 
 
459 aa  617  1e-175  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1328  fumarate hydratase  65 
 
 
469 aa  614  9.999999999999999e-175  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.50715  normal  0.832729 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1627  fumarate hydratase  64.35 
 
 
468 aa  601  1.0000000000000001e-171  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3005  fumarate hydratase  62.72 
 
 
464 aa  590  1e-167  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2866  fumarate hydratase  62.99 
 
 
463 aa  588  1e-167  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2881  fumarate hydratase  63.71 
 
 
468 aa  582  1.0000000000000001e-165  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0494  fumarate hydratase, class II  62.17 
 
 
464 aa  575  1.0000000000000001e-163  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.172647  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3367  fumarate hydratase  61.47 
 
 
463 aa  577  1.0000000000000001e-163  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.328502  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1667  fumarate hydratase  61 
 
 
462 aa  574  1.0000000000000001e-163  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0452593 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2129  fumarate hydratase  63.26 
 
 
487 aa  568  1e-161  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  unclonable  0.000218779  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1279  fumarate hydratase  61.84 
 
 
461 aa  561  1.0000000000000001e-159  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0721  fumarate hydratase  59.31 
 
 
464 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.764225 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_85745  fumarase  59.87 
 
 
463 aa  563  1.0000000000000001e-159  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2138  fumarate hydratase  59.31 
 
 
464 aa  560  1e-158  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.273045  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1576  fumarate hydratase  58.23 
 
 
482 aa  558  1e-158  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0866386  normal  0.827447 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2445  fumarate hydratase  58.7 
 
 
466 aa  561  1e-158  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.890321  normal  0.353648 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1071  fumarate hydratase  60.56 
 
 
465 aa  557  1e-157  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1908  fumarate hydratase  58.49 
 
 
465 aa  555  1e-157  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.856676  normal  0.217565 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08707  fumarate hydratase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G02470)  59.14 
 
 
544 aa  552  1e-156  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4239  fumarate hydratase  60.75 
 
 
461 aa  553  1e-156  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0283  fumarate hydratase, class II  60.52 
 
 
468 aa  554  1e-156  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.136542 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0812  fumarate hydratase  59.52 
 
 
464 aa  551  1e-156  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.661312 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4127  fumarate hydratase  60.75 
 
 
461 aa  553  1e-156  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.542273  normal  0.221641 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2353  fumarate hydratase  60.87 
 
 
469 aa  550  1e-155  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.499046  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1007  fumarate hydratase  60.17 
 
 
463 aa  548  1e-155  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0281395  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_74587  Fumarase converts fumaric acid to L-malic acid in the TCA cycle  58.75 
 
 
492 aa  549  1e-155  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.595402 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2040  fumarate hydratase  59.04 
 
 
465 aa  545  1e-154  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.938947  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1452  fumarate hydratase  58.44 
 
 
465 aa  546  1e-154  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.315875 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3664  fumarate hydratase  60.7 
 
 
462 aa  548  1e-154  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2151  fumarate hydratase, class II  60.87 
 
 
467 aa  543  1e-153  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0733926 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6106  fumarate hydratase  58.82 
 
 
474 aa  544  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1556  fumarate hydratase  57.21 
 
 
463 aa  541  1e-153  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.433937  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1366  fumarate hydratase  57.21 
 
 
463 aa  541  1e-153  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.862526  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1901  fumarate hydratase  60.35 
 
 
470 aa  543  1e-153  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.687119  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2341  fumarate hydratase  58.82 
 
 
465 aa  544  1e-153  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2394  fumarate hydratase  58.23 
 
 
462 aa  544  1e-153  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.344054  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2077  fumarate hydratase  59.52 
 
 
463 aa  542  1e-153  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2047  fumarate hydratase  60.48 
 
 
474 aa  544  1e-153  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57514  normal  0.0269276 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2334  fumarate hydratase  58.9 
 
 
465 aa  541  1e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00667023  normal  0.148736 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2016  fumarate hydratase  57.79 
 
 
463 aa  541  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006685  CNC01700  fumarate hydratase, putative  59.35 
 
 
510 aa  541  9.999999999999999e-153  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0425  fumarate hydratase  59.17 
 
 
498 aa  541  9.999999999999999e-153  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0285  fumarate hydratase  56.99 
 
 
463 aa  539  9.999999999999999e-153  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2279  fumarate hydratase  58.39 
 
 
465 aa  540  9.999999999999999e-153  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2882  fumarate hydratase  60.09 
 
 
463 aa  540  9.999999999999999e-153  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.405622  normal  0.452741 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0424  fumarate hydratase  57.17 
 
 
463 aa  541  9.999999999999999e-153  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2237  fumarate hydratase  57.58 
 
 
463 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.416397 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0355  fumarate hydratase  58.66 
 
 
463 aa  538  9.999999999999999e-153  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0771995  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2270  fumarate hydratase  58.61 
 
 
465 aa  536  1e-151  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0174  fumarate hydratase  57.24 
 
 
478 aa  535  1e-151  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.000137978  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0192  fumarate hydratase  57.24 
 
 
463 aa  535  1e-151  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1874  fumarate hydratase  58.39 
 
 
467 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0300838  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1686  fumarate hydratase  57.94 
 
 
467 aa  535  1e-151  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.569967  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3022  fumarate hydratase  56.8 
 
 
463 aa  535  1e-151  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1095  fumarate hydratase, class II  59.91 
 
 
469 aa  536  1e-151  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0144003 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1449  fumarate hydratase  56.18 
 
 
513 aa  535  1e-151  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.352432 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1568  fumarate hydratase  58.39 
 
 
467 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.366448  normal  0.0865298 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2030  fumarate hydratase  61.44 
 
 
472 aa  537  1e-151  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.212557 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1873  fumarate hydratase  58.61 
 
 
465 aa  535  1e-151  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0104019  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4014  fumarate hydratase  60.78 
 
 
475 aa  538  1e-151  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2732  fumarate hydratase  60.52 
 
 
471 aa  536  1e-151  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1189  fumarate hydratase, class II  58.75 
 
 
466 aa  535  1e-151  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0920131 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1637  fumarate hydratase  58.39 
 
 
467 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.799774 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2137  fumarate hydratase  59.26 
 
 
465 aa  537  1e-151  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1985  fumarate hydratase  58.17 
 
 
465 aa  532  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0695  fumarate hydratase, class II  59.26 
 
 
469 aa  532  1e-150  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259805  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2522  fumarate hydratase  59.3 
 
 
465 aa  532  1e-150  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0492  fumarate hydratase  57.11 
 
 
464 aa  534  1e-150  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.212311  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1705  fumarate hydratase  58.17 
 
 
467 aa  534  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0627343  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3215  fumarate hydratase, class II  60.22 
 
 
468 aa  533  1e-150  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.587959  normal  0.482278 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1578  fumarate hydratase  58.17 
 
 
467 aa  534  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.952 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1724  fumarate hydratase  55.97 
 
 
513 aa  532  1e-150  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.90897  decreased coverage  0.00664146 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2515  fumarate hydratase  59.12 
 
 
464 aa  530  1e-149  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.324013  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1637  fumarate hydratase  56.74 
 
 
462 aa  528  1e-149  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.156374  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1617  fumarate hydratase  57.39 
 
 
462 aa  531  1e-149  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1587  fumarate hydratase  57.39 
 
 
462 aa  531  1e-149  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0493  fumarate hydratase  59.12 
 
 
464 aa  530  1e-149  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1819  fumarate hydratase  57.39 
 
 
462 aa  530  1e-149  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1627  fumarate hydratase class II  61.49 
 
 
463 aa  530  1e-149  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2940  fumarate hydratase  59.12 
 
 
464 aa  530  1e-149  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00014001  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1767  fumarate hydratase  56.74 
 
 
462 aa  528  1e-149  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0889  fumarate hydratase  59.12 
 
 
464 aa  530  1e-149  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.445127  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2471  fumarate hydratase  58.82 
 
 
462 aa  529  1e-149  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1783  fumarate hydratase  57.39 
 
 
462 aa  530  1e-149  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.943509  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3242  fumarate hydratase, class II  58.23 
 
 
465 aa  528  1e-149  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0259  fumarate hydratase  59.12 
 
 
464 aa  530  1e-149  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.389024  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1841  fumarate hydratase  56.96 
 
 
462 aa  526  1e-148  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.194885  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2019  fumarate hydratase  57.94 
 
 
467 aa  526  1e-148  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1796  fumarate hydratase  57.94 
 
 
467 aa  526  1e-148  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.114122  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4521  fumarate hydratase, class II  57.92 
 
 
469 aa  527  1e-148  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1685  fumarate hydratase  58.46 
 
 
464 aa  527  1e-148  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2655  fumarate hydratase  58.39 
 
 
463 aa  528  1e-148  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0321342  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1832  fumarate hydratase  57.3 
 
 
464 aa  525  1e-148  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.87946  hitchhiker  0.00222416 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2886  fumarate hydratase  59.12 
 
 
631 aa  528  1e-148  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.205063  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>