More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_0038 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_0038  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 
307 aa  610  9.999999999999999e-175  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4549  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.06 
 
 
1060 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2021  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.84 
 
 
1516 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2420  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.32 
 
 
933 aa  107  4e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.42243  hitchhiker  0.0000359369 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4905  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.97 
 
 
822 aa  102  6e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.28937 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0558  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 
893 aa  99.8  5e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.843554  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1390  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.31 
 
 
1977 aa  97.4  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4563  signal transduction histidine kinase  35.9 
 
 
771 aa  96.7  4e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.633448 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1053  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.58 
 
 
1059 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.111783  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32 
 
 
821 aa  90.5  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2383  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.84 
 
 
1177 aa  90.5  4e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.467753 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2173  LuxR family transcriptional regulator  29.36 
 
 
269 aa  90.1  5e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0064  Signal transduction histidine kinase  34.53 
 
 
1714 aa  89  9e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.274411 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1366  probable regulatory protein, LuxR domain protein  32.9 
 
 
324 aa  89  9e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3272  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.24 
 
 
1011 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3102  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  30.77 
 
 
1418 aa  89  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1559  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  37.82 
 
 
508 aa  87.8  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0906975 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.4 
 
 
1071 aa  87.4  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00592248 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1031  transcriptional regulator, LuxR family  35.21 
 
 
439 aa  87  4e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  35.37 
 
 
2693 aa  87  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.12 
 
 
1015 aa  86.3  5e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3579  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.16 
 
 
1432 aa  86.7  5e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.133683  normal  0.981214 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4783  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.28 
 
 
680 aa  86.3  7e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.302794  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3300  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.46 
 
 
745 aa  85.9  8e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.705901 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4442  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.08 
 
 
1267 aa  85.1  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  35.38 
 
 
3706 aa  84.7  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1478  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.09 
 
 
527 aa  84  0.000000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0904  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.6 
 
 
785 aa  84  0.000000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2048  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.31 
 
 
827 aa  83.6  0.000000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589876  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1404  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  35.44 
 
 
1759 aa  83.6  0.000000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.96 
 
 
1086 aa  83.6  0.000000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1976  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.6 
 
 
1383 aa  81.6  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.624185 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3820  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.12 
 
 
881 aa  79.7  0.00000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00620  two-component system sensor protein  36.5 
 
 
1131 aa  79.3  0.00000000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.282271  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0929  transcriptional regulator, LuxR family  32.97 
 
 
498 aa  79  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.661011 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4990  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.35 
 
 
955 aa  78.6  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1173  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.87 
 
 
795 aa  79  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524225  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0379  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.78 
 
 
647 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0664  putative response regulator protein  29.17 
 
 
508 aa  78.2  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.17 
 
 
1092 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0366  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  33.77 
 
 
1081 aa  77  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0936  signal transduction histidine kinase  36.44 
 
 
1177 aa  77  0.0000000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.194621  normal  0.0190935 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.06 
 
 
832 aa  76.6  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.425647  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  35.46 
 
 
1086 aa  76.6  0.0000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.53 
 
 
1057 aa  76.3  0.0000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4307  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.87 
 
 
806 aa  76.3  0.0000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.767019  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3477  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.12 
 
 
1465 aa  75.9  0.0000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1346  PAS sensor protein  30.61 
 
 
803 aa  75.9  0.0000000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03078  sensor histidine kinase  29.04 
 
 
678 aa  75.5  0.0000000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2895  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
705 aa  75.5  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2107  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  30.43 
 
 
617 aa  75.1  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00105125  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3580  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.79 
 
 
1428 aa  75.5  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.506123  normal  0.532587 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2814  putative PAS/PAC sensor protein  34.21 
 
 
1335 aa  75.1  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.988399 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.39 
 
 
1381 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1795  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.82 
 
 
1330 aa  74.7  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.173382  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0295  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.49 
 
 
655 aa  73.9  0.000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0361  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
647 aa  73.9  0.000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00025473 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3141  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.06 
 
 
1406 aa  73.2  0.000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.367834  normal  0.195519 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1525  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.23 
 
 
653 aa  73.2  0.000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0183917  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1922  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.4 
 
 
558 aa  72.8  0.000000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0947  two component LuxR family transcriptional regulator  29.22 
 
 
310 aa  72.8  0.000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00385235  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0118  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.67 
 
 
1927 aa  72.4  0.000000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.125924 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6854  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.03 
 
 
886 aa  72.4  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2234  signal transduction histidine kinase  30.19 
 
 
1676 aa  72  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1421  putative PAS/PAC sensor protein  31.16 
 
 
588 aa  72  0.00000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0454368  normal  0.405903 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4541  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.84 
 
 
896 aa  71.6  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9041  two component sensor kinase/response regulator hybrid  29.8 
 
 
701 aa  70.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1997  histidine kinase/response regulator hybrid protein  27.98 
 
 
558 aa  71.2  0.00000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.947527  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.78 
 
 
1076 aa  70.5  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.715458 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4603  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.41 
 
 
783 aa  70.5  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3322  transcriptional regulator, LuxR family  26.55 
 
 
375 aa  70.9  0.00000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.304808  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3478  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.82 
 
 
1021 aa  70.1  0.00000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.48 
 
 
604 aa  70.5  0.00000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00702406  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0272  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.13 
 
 
1113 aa  70.1  0.00000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0294  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.5 
 
 
1071 aa  70.1  0.00000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.565561 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1287  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.7 
 
 
570 aa  69.7  0.00000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2727  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25 
 
 
576 aa  69.7  0.00000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2975  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.2 
 
 
1084 aa  69.3  0.00000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1673  sensory box protein  30.46 
 
 
1346 aa  69.3  0.00000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.338574  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.37 
 
 
966 aa  69.3  0.00000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3771  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.47 
 
 
1391 aa  68.6  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0172  signal transduction histidine kinase  30.56 
 
 
897 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1405  sensor histidine kinase/response regulator  29.31 
 
 
1379 aa  68.6  0.0000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1881  PAS sensor protein  33.08 
 
 
872 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4608  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.81 
 
 
1645 aa  68.6  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.284957  normal  0.407853 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.53 
 
 
1108 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000213837 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0971  PAS  30.15 
 
 
1187 aa  68.2  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.875405  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.05 
 
 
878 aa  68.2  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00150219 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1659  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32 
 
 
833 aa  67.8  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0467119  normal  0.0611646 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4119  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.69 
 
 
1331 aa  67.8  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3561  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.86 
 
 
1051 aa  67.4  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0205417  normal  0.226343 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1984  signal transduction histidine kinase  30.41 
 
 
713 aa  67  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2022  PAS sensor protein  30.28 
 
 
717 aa  67.4  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.620506 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2299  signal transduction histidine kinase  30.28 
 
 
713 aa  67  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.924903  normal  0.101705 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1419  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.13 
 
 
831 aa  67.4  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2487  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  28.18 
 
 
1535 aa  67.4  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.162467  normal  0.455724 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2187  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.48 
 
 
705 aa  67  0.0000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5524  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 
796 aa  67  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.536522  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.07 
 
 
833 aa  66.6  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.58 
 
 
830 aa  66.6  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>