128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daud_R0042 on replicon NC_010424
Organism: Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010424  Daud_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110634  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0047  tRNA-Arg  94.94 
 
 		 79 bp  123  6e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.116443  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0017  tRNA-Arg  92.65 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.233738  normal  0.0801926 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0048  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.109665  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0021  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.191091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0086  tRNA-Arg  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0052  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.108148  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0020  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0001  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.285544  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0069  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0034  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00361303  normal  0.0286488 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0032  tRNA-Arg  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0048  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0506396  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0022  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00454117  normal  0.0684867 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30020  tRNA-Arg  91.94 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00306954  normal  0.612102 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0045  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0049  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.428212 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0016  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0798603  decreased coverage  0.00114239 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0014  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0043  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.473325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0047  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0001  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00219476  hitchhiker  0.0000103826 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0091  tRNA-Arg  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000342931  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0097  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000263693  normal  0.142126 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4199  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  6.81521e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0003  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000103446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0049  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.198977  normal  0.0146611 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0525  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000996192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0042  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00513283  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0089  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0091  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000235506  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18410  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0950297  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0045  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0128095  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0034  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.1136  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0065  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna022  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000131099  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2557  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.55794e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00485  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0012  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251285  normal  0.0396852 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3097t  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000646764  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00067  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000401991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0107  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  9.38441e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0009  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.184283 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0028  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.586961  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0056  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4710  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  6.38627e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5087  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000056915  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0124  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000592514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4161  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000189132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4322  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.17442e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4211  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000122851  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4260  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000095495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4142  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000739333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4157  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000133465  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4319  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000432818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5230  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196112  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0001  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.265637  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0008  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000368398  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0001  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.436716 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0015  tRNA-Arg  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.165278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0065  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0019  tRNA-Arg  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.414165 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0048  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.593319  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0003  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.972856  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0035  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg01  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 80 bp  54  0.000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000810736  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0002  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.259161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0067  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00550976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0054  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.403688  hitchhiker  0.000271304 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0018  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000528633  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0042  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0415114  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0055  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0039  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.780721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0043  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0039  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0198165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0032  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.151331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0048  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00910953  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0001  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0035  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0002  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000177149  normal  0.0400034 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0015  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000253898  normal  0.0315467 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0007  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0004  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0001  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.179964  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0060  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0026  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0263257  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0014  tRNA-Arg  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.951342 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0051  tRNA-Arg  90 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0856263  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0054  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0015  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.776869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0019  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0987359  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0055  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.763699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14018  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0028  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19370  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>