More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daud_R0021 on replicon NC_010424
Organism: Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010424  Daud_R0021  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.359257  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0050  tRNA-Tyr  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.563652  normal  0.998749 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0015  tRNA-Tyr  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0063  tRNA-Tyr  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0528292  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0033  tRNA-Tyr  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90982  normal  0.487146 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0013  tRNA-Tyr  91.03 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000223303  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0013  tRNA-Tyr  91.03 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000469327  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0015  tRNA-Tyr  89.53 
 
 		 86 bp  91.7  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000666826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna4  tRNA-Tyr  89.53 
 
 		 86 bp  91.7  2e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.619166  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0027  tRNA-Tyr  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.645758  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0046  tRNA-Tyr  92.19 
 
 		 82 bp  87.7  4e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0051  tRNA-Tyr  91.55 
 
 		 88 bp  85.7  0.000000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0589159  unclonable  6.439e-24 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0020  tRNA-Tyr  91.55 
 
 		 88 bp  85.7  0.000000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000168001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0038  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000000481051  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0054  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000219013  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0043  tRNA-Tyr  92.31 
 
 		 87 bp  83.8  0.000000000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000118909  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0054  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000000756603  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0012  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000201631  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0021  tRNA-Tyr  89.04 
 
 		 82 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000249749  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0007  tRNA-Tyr  94.34 
 
 		 83 bp  81.8  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0265739 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTyr01  tRNA-Tyr  87.06 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000618223  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0010  tRNA-Tyr  93.85 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000000367926  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0065  tRNA-Tyr  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135481  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0020  tRNA-Tyr  87.36 
 
 		 87 bp  79.8  0.00000000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0057  tRNA-Tyr  90.62 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0012008 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0023  tRNA-Tyr  92.06 
 
 		 87 bp  79.8  0.00000000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000432297  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0059  tRNA-Tyr  90.62 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.234282  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0024  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000291994  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0003  tRNA-Tyr  92.06 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0028  tRNA-Tyr  89.39 
 
 		 83 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0846245 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0065  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.560905  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0005  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309794  hitchhiker  0.000058152 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0047  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.460212  normal  0.496186 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0023  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000280598  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0009  tRNA-Tyr  89.39 
 
 		 83 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0057  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.343924  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0021  tRNA-Tyr  92.45 
 
 		 83 bp  73.8  0.000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0016  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000373252  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t006  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t045  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t046  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t047  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0067  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00323795 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0086  tRNA-Tyr  87.06 
 
 		 84 bp  73.8  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000985673  normal  0.992402 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0017  tRNA-Tyr  87.06 
 
 		 84 bp  73.8  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0316061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0008  tRNA-Tyr  87.67 
 
 		 82 bp  73.8  0.000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0024  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0002  tRNA-Tyr  90.77 
 
 		 86 bp  73.8  0.000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000899619  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0013  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000242624  normal  0.0244003 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0095  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000654361  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0096  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00070521  normal  0.980641 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0097  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00186117  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0013  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000911406  hitchhiker  0.00984378 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0093  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00406786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0094  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000412805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0095  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000439573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0014  tRNA-Tyr  87.06 
 
 		 84 bp  73.8  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000673515  normal  0.0123004 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0013  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000166479  normal  0.0855349 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0092  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000450413  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0093  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000411147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0094  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000444037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0008  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0166209  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0011  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000044302  hitchhiker  0.000585411 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0070  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.157981  normal  0.850187 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0071  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0977282  normal  0.857098 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0072  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0964412  normal  0.850187 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0048  tRNA-Tyr  91.23 
 
 		 82 bp  73.8  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.116331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0011  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0587696  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0008  tRNA-Tyr  86.25 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0037  tRNA-Tyr  90.48 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000333812  normal  0.463641 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0003  tRNA-Tyr  90.48 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0002  tRNA-Tyr  90.48 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t05  tRNA-Tyr  86.59 
 
 		 81 bp  67.9  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000929423  unclonable  0.000000191468 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4783  tRNA-Tyr  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0161693  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0436  tRNA-Tyr  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000899619  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0114  tRNA-Tyr  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.524989  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0014  tRNA-Tyr  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.64782e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0115  tRNA-Tyr  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.542258  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0034  tRNA-Tyr  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0365863  normal  0.384153 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2441  tRNA-Tyr  87.01 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2146  tRNA-Tyr  87.01 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2148  tRNA-Tyr  87.01 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2151  tRNA-Tyr  87.01 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0067  tRNA-Tyr  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.11453  normal  0.549704 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0010  tRNA-Tyr  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000604621  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0067  tRNA-Tyr  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.439921  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0068  tRNA-Tyr  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.314206  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0069  tRNA-Tyr  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.304114  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0012  tRNA-Tyr  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000467845  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0066  tRNA-Tyr  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.119149  normal  0.555945 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0057  tRNA-Tyr  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.172076  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0021  tRNA-Tyr  95.12 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000000055523  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t04  tRNA-Tyr  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t05  tRNA-Tyr  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t06  tRNA-Tyr  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0048  tRNA-Tyr  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.293169  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0049  tRNA-Tyr  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.293169  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0050  tRNA-Tyr  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.399527  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0132  tRNA-Tyr  84.71 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000516023  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>