More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daud_1867 on replicon NC_010424
Organism: Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010424  Daud_1867  RNP1-like RNA-binding protein  100 
 
 
89 aa  179  1e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000148151  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0191  RNP-1 like RNA-binding protein  73.56 
 
 
87 aa  136  1e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000794742  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2518  RNP-1-like RNA-binding protein  77.22 
 
 
85 aa  129  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0020786  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3309  RNP-1 like RNA-binding protein  69.51 
 
 
82 aa  129  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788689  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0565  RNA-binding region RNP-1  72.84 
 
 
81 aa  126  1.0000000000000001e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4331  RNP-1 like RNA-binding protein  71.79 
 
 
83 aa  119  1.9999999999999998e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  8.3829e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0401  RNP-1 like RNA-binding protein  62.03 
 
 
92 aa  104  4e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000557638  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  57.83 
 
 
146 aa  103  1e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1761  RNP-1 like RNA-binding protein  55.42 
 
 
96 aa  97.1  7e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000000106406  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1806  RNP-1 like RNA-binding protein  52.27 
 
 
90 aa  94.4  4e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  54.76 
 
 
157 aa  94.4  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  47.13 
 
 
88 aa  93.6  8e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1927  RNP-1 like RNA-binding protein  49.38 
 
 
88 aa  93.6  8e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  47.13 
 
 
88 aa  93.6  9e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  52.87 
 
 
89 aa  93.2  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
148 aa  92.4  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
150 aa  92.4  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2093  RNP-1 like RNA-binding protein  55.7 
 
 
91 aa  92.4  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  47.73 
 
 
152 aa  91.7  3e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  55.13 
 
 
85 aa  91.7  3e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  48.86 
 
 
134 aa  92  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  47.73 
 
 
151 aa  91.7  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5290  RNP-1 like RNA-binding protein  47.73 
 
 
181 aa  91.3  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  48.86 
 
 
140 aa  90.9  5e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0150  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
175 aa  90.5  7e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  50 
 
 
176 aa  90.5  7e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1489  RNP-1 like RNA-binding protein  54.32 
 
 
86 aa  90.1  9e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000000319103  unclonable  0.0000000000203081 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  48.86 
 
 
132 aa  90.1  9e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  46.59 
 
 
176 aa  89.7  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  47.73 
 
 
149 aa  89.7  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2964  RNP-1 like RNA-binding protein  47.13 
 
 
88 aa  89.4  1e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  52.5 
 
 
87 aa  89.4  2e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  49.38 
 
 
88 aa  89  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  52.33 
 
 
90 aa  89  2e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  49.4 
 
 
155 aa  89  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  52.94 
 
 
89 aa  89  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  55 
 
 
101 aa  88.6  3e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  48.78 
 
 
87 aa  87.8  5e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  49.41 
 
 
90 aa  87  7e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  48.05 
 
 
88 aa  87  8e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  48.81 
 
 
162 aa  86.7  9e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2364  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
89 aa  86.3  1e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000400721  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  51.76 
 
 
116 aa  85.5  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  53.95 
 
 
90 aa  85.9  2e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  48.28 
 
 
88 aa  85.5  2e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0338  RNA-binding protein  47.19 
 
 
160 aa  84.7  4e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0319  RNP-1 like RNA-binding protein  45.45 
 
 
137 aa  84.7  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4780  RNP-1-like RNA-binding protein  45.45 
 
 
123 aa  84.7  4e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0149  RNP-1 like RNA-binding protein  49.38 
 
 
122 aa  84  6e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1471  RNP-1 like RNA-binding protein  48.81 
 
 
104 aa  83.6  9e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0175415  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  56.25 
 
 
114 aa  83.2  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0084  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
122 aa  83.2  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000718119  unclonable  0.00000880793 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0124  RNP-1 like RNA-binding protein  47.13 
 
 
94 aa  82  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000000291811  decreased coverage  0.0000109119 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2332  RNP-1 like RNA-binding protein  47.56 
 
 
108 aa  81.6  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.200874 
 
 
-
 
NC_002950  PG0627  RNA-binding protein  50.56 
 
 
97 aa  80.9  0.000000000000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.236494 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  49.37 
 
 
82 aa  80.5  0.000000000000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1010  RNA-binding protein  52.5 
 
 
95 aa  80.1  0.000000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4127  RNP-1 like RNA-binding protein  45.68 
 
 
121 aa  80.5  0.000000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1551  RNA recognition motif-containing protein  46.51 
 
 
90 aa  80.5  0.000000000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000189829  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4708  RNP-1 like RNA-binding protein  45.35 
 
 
156 aa  80.1  0.000000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000908664  normal  0.0456447 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3485  RNP-1 like RNA-binding protein  45.68 
 
 
121 aa  79.7  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6046  RNP-1 like RNA-binding protein  45.45 
 
 
124 aa  79.7  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.35961  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1863  RNA-binding region RNP-1  49.38 
 
 
89 aa  79.3  0.00000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.253261  normal  0.255815 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4705  RNP-1 like RNA-binding protein  50.62 
 
 
99 aa  78.2  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.433444  normal  0.441649 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1603  RNP-1 like RNA-binding protein  51.28 
 
 
103 aa  78.2  0.00000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.799719 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  45.88 
 
 
99 aa  78.6  0.00000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1303  RNP-1 like RNA-binding protein  46.51 
 
 
114 aa  77.8  0.00000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1394  RNP-1 like RNA-binding protein  47.37 
 
 
95 aa  77.8  0.00000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000346845  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  46.51 
 
 
101 aa  77.8  0.00000000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  49.38 
 
 
102 aa  78.2  0.00000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0140  RNP-1-like RNA-binding protein  45.24 
 
 
152 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0664394 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0637  RNP-1 like RNA-binding protein  45.78 
 
 
160 aa  77.8  0.00000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  46.84 
 
 
90 aa  77.8  0.00000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0106  RNP-1 like RNA-binding protein  44.74 
 
 
90 aa  77.8  0.00000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  48.15 
 
 
97 aa  77  0.00000000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2962  RNP-1 like RNA-binding protein  47.5 
 
 
102 aa  76.3  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.177581  normal  0.715358 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1038  RNP-1 like RNA-binding protein  48.81 
 
 
98 aa  76.3  0.0000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  44.05 
 
 
115 aa  76.3  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2389  RNP-1 like RNA-binding protein  47.5 
 
 
102 aa  76.3  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175672  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1984  RNA-binding region RNP-1  45.78 
 
 
109 aa  76.6  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2769  RNA-binding protein, RNP-1  44.19 
 
 
119 aa  76.6  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.00000000000135251  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0233  RNA-binding protein  45 
 
 
149 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000540695  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4532  RNP-1 like RNA-binding protein  49.38 
 
 
98 aa  75.9  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.319676 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4336  RNP-1-like RNA-binding protein  43.02 
 
 
155 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000106713  hitchhiker  0.0000013394 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_12693  predicted protein  49.35 
 
 
151 aa  75.5  0.0000000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.689101  normal  0.262863 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0656  RNP-1 like RNA-binding protein  43.9 
 
 
110 aa  75.9  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.827058 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  46.43 
 
 
143 aa  75.9  0.0000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  42.17 
 
 
147 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000340315  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0356  RNA recognition motif-containing protein  48.1 
 
 
103 aa  75.1  0.0000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0992503  normal  0.0823842 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0195  RNA-binding protein  42.86 
 
 
151 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237988  normal  0.0118199 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  42.35 
 
 
90 aa  74.3  0.0000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0088  RNA recognition motif-containing protein  47.95 
 
 
99 aa  73.9  0.0000000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  43.68 
 
 
98 aa  73.6  0.0000000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00121  RNA recognition motif-containing protein  46.84 
 
 
222 aa  73.6  0.0000000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.239184  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1079  RNP-1 like RNA-binding protein  43.68 
 
 
98 aa  73.6  0.0000000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000508915  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2980  RNP-1 like RNA-binding protein  48.1 
 
 
241 aa  73.2  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0728065  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2340  RNA-binding protein  43.42 
 
 
152 aa  72.4  0.000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000791168  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00131  RNA recognition motif-containing protein  43.53 
 
 
202 aa  72.8  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1510  RNA recognition motif-containing protein  44.3 
 
 
81 aa  72.4  0.000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.206818  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1499  RNA-binding region RNP-1  42.53 
 
 
100 aa  72  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.212691  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>