More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daud_1317 on replicon NC_010424
Organism: Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  100 
 
 		 307 aa  614  1e-175  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  44.09 
 
 		 341 aa  254  1.0000000000000001e-66  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  40.5 
 
 		 338 aa  240  2e-62  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  40.65 
 
 		 337 aa  238  1e-61  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  42.96 
 
 		 318 aa  237  2e-61  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  39.93 
 
 		 338 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  39.93 
 
 		 338 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  45.32 
 
 		 351 aa  229  3e-59  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  40.99 
 
 		 331 aa  219  6e-56  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  40.65 
 
 		 315 aa  215  7e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  40.65 
 
 		 315 aa  215  7e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  38.03 
 
 		 300 aa  214  9.999999999999999e-55  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  38.99 
 
 		 322 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  42.36 
 
 		 354 aa  211  1e-53  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  38.93 
 
 		 321 aa  209  4e-53  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  40.61 
 
 		 328 aa  207  3e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  38.05 
 
 		 318 aa  204  1e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  38.12 
 
 		 318 aa  204  1e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  36.98 
 
 		 335 aa  203  3e-51  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  40.79 
 
 		 356 aa  196  3e-49  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  39.64 
 
 		 517 aa  192  5e-48  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  37.5 
 
 		 318 aa  188  8e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  35.22 
 
 		 379 aa  182  8.000000000000001e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  36.62 
 
 		 363 aa  179  8e-44  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  37.17 
 
 		 296 aa  178  8e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  34.53 
 
 		 309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  36.04 
 
 		 293 aa  171  1e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  36.43 
 
 		 339 aa  171  1e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  37.58 
 
 		 289 aa  170  3e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  35.11 
 
 		 289 aa  166  4e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  38.02 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  34.13 
 
 		 478 aa  164  2.0000000000000002e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  32.63 
 
 		 483 aa  159  5e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  32.31 
 
 		 322 aa  158  1e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  35.38 
 
 		 304 aa  156  3e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0218  periplasmic binding protein  35.94 
 
 		 333 aa  155  9e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.311188  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  36.76 
 
 		 287 aa  154  1e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0656  ABC Fe3+-hydroxamate transporter substrate-binding protein  34.35 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.485376  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  30.99 
 
 		 297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  32.81 
 
 		 275 aa  153  4e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  31.29 
 
 		 299 aa  152  8e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  34.39 
 
 		 291 aa  152  8.999999999999999e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0719  periplasmic binding protein  33.08 
 
 		 274 aa  150  3e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  31.75 
 
 		 293 aa  150  3e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  33.46 
 
 		 300 aa  150  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2522  periplasmic binding protein  32.06 
 
 		 321 aa  148  9e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.760229 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  36.33 
 
 		 318 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  36.1 
 
 		 318 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  30.48 
 
 		 305 aa  146  5e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  32.49 
 
 		 299 aa  146  5e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  31.79 
 
 		 312 aa  146  5e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1112  periplasmic binding protein  29.84 
 
 		 293 aa  145  6e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1518  periplasmic binding protein  32.72 
 
 		 315 aa  142  7e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  34.52 
 
 		 312 aa  141  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  30.48 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0555  periplasmic binding protein  30.16 
 
 		 317 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  31.46 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.68 
 
 		 304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  34.48 
 
 		 300 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  29.66 
 
 		 309 aa  140  3.9999999999999997e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3547  periplasmic binding protein  38.2 
 
 		 304 aa  139  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102299  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  32.36 
 
 		 287 aa  139  4.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  32.81 
 
 		 274 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  32.31 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  31.62 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1231  periplasmic binding protein  30.87 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.432846 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0038  periplasmic binding protein  30.36 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000608499  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4081  periplasmic binding protein  34.29 
 
 		 404 aa  137  2e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.575326  normal  0.031541 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  35.27 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3615  periplasmic binding protein  37.08 
 
 		 304 aa  136  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  32.82 
 
 		 278 aa  136  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  34.72 
 
 		 313 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  30.19 
 
 		 295 aa  135  6.0000000000000005e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  30.19 
 
 		 295 aa  135  6.0000000000000005e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0257  periplasmic binding protein  31.07 
 
 		 296 aa  135  9e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000185774  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1449  periplasmic binding protein  32.67 
 
 		 316 aa  135  9.999999999999999e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.301306  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  30.92 
 
 		 274 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0895  periplasmic binding protein  32.02 
 
 		 288 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1959  hypothetical protein  31.66 
 
 		 276 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  33.33 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2494  periplasmic binding protein  33.45 
 
 		 406 aa  134  1.9999999999999998e-30  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  30.92 
 
 		 274 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  33.85 
 
 		 276 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2853  periplasmic binding protein  30.71 
 
 		 294 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4501  periplasmic binding protein  31.38 
 
 		 312 aa  132  6.999999999999999e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.927448  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  30.88 
 
 		 300 aa  132  6.999999999999999e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  33.2 
 
 		 254 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6329  periplasmic binding protein  32.71 
 
 		 297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.683898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0995  periplasmic binding protein  30.08 
 
 		 288 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2234  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compound-binding protein, putative  29.39 
 
 		 311 aa  130  3e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.281475  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3106  iron compound ABC transporter, periplasmic iron compount-binding protein, putative  30.79 
 
 		 312 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1523  periplasmic binding protein  30.43 
 
 		 299 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.137922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  34.75 
 
 		 311 aa  129  5.0000000000000004e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5751  periplasmic binding protein  31.53 
 
 		 313 aa  129  6e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48327  hitchhiker  0.000000000101276 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  30.88 
 
 		 310 aa  129  6e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  30.88 
 
 		 310 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  30.88 
 
 		 310 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  30.88 
 
 		 332 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  30.88 
 
 		 310 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  30.88 
 
 		 310 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>