More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daud_0929 on replicon NC_010424
Organism: Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010424  Daud_0929  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 305 aa  600  1e-170  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.590741  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  49.02 
 
 		 310 aa  273  3e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  48.7 
 
 		 309 aa  260  2e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  48.63 
 
 		 297 aa  236  5.0000000000000005e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  49.82 
 
 		 303 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  46.04 
 
 		 294 aa  218  1e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  47.4 
 
 		 305 aa  210  2e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  46.26 
 
 		 309 aa  211  2e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  40.27 
 
 		 303 aa  208  8e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  47.29 
 
 		 283 aa  208  9e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  46.07 
 
 		 302 aa  206  4e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  44.61 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  44.23 
 
 		 307 aa  200  3e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  44.23 
 
 		 307 aa  200  3e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  44.62 
 
 		 307 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  44.62 
 
 		 307 aa  199  7e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  39.5 
 
 		 294 aa  198  1.0000000000000001e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  44.23 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  44.23 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  44.23 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  44.32 
 
 		 302 aa  196  3e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  47.97 
 
 		 306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1447  tRNA pseudouridine synthase B  47.52 
 
 		 299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000785982  normal  0.274975 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  43.85 
 
 		 307 aa  195  6e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  39.15 
 
 		 294 aa  196  6e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  45.57 
 
 		 371 aa  195  9e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  43.24 
 
 		 307 aa  195  1e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  43.24 
 
 		 307 aa  193  2e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  40.43 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  45.11 
 
 		 308 aa  192  5e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  42.76 
 
 		 304 aa  192  9e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  41.37 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  43.54 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  43.18 
 
 		 307 aa  186  4e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  42.91 
 
 		 302 aa  185  8e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  43.36 
 
 		 304 aa  185  9e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  42.91 
 
 		 311 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  42.91 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  42.91 
 
 		 321 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  42.91 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  42.91 
 
 		 321 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  42.91 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  43.36 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  45.35 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0727  tRNA pseudouridine synthase B  43.33 
 
 		 319 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  41.32 
 
 		 300 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  37.68 
 
 		 299 aa  182  7e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  43.98 
 
 		 314 aa  182  9.000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  36.33 
 
 		 300 aa  181  9.000000000000001e-45  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0998  tRNA pseudouridine synthase B  42.92 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0507198  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  41.2 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  43.57 
 
 		 314 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  44.63 
 
 		 292 aa  181  2e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  46.86 
 
 		 293 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1232  tRNA pseudouridine synthase B  45.12 
 
 		 306 aa  179  2.9999999999999997e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  46.86 
 
 		 293 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  44.41 
 
 		 305 aa  179  4.999999999999999e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  42.76 
 
 		 304 aa  179  4.999999999999999e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  42.21 
 
 		 311 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  44.34 
 
 		 314 aa  179  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  44.34 
 
 		 314 aa  179  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  42.36 
 
 		 310 aa  178  8e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  42.66 
 
 		 305 aa  178  9e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0612  tRNA pseudouridine synthase B  38.49 
 
 		 298 aa  178  9e-44  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.259864  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  45.63 
 
 		 328 aa  178  9e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  43.02 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  42.74 
 
 		 314 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  42.01 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  42.42 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  39.29 
 
 		 308 aa  178  1e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  42.74 
 
 		 314 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  41.87 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  41.87 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2771  tRNA pseudouridine synthase B  39.49 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1692  tRNA pseudouridine synthase B  37.96 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1249  tRNA pseudouridine synthase B  45.88 
 
 		 333 aa  177  3e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0328015  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  35.03 
 
 		 301 aa  177  3e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  44.44 
 
 		 314 aa  176  4e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  44.44 
 
 		 314 aa  176  4e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  44.44 
 
 		 314 aa  176  4e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  44.44 
 
 		 314 aa  176  4e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  44.44 
 
 		 314 aa  176  4e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  42.01 
 
 		 310 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  42.59 
 
 		 309 aa  176  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  44.44 
 
 		 314 aa  176  4e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  38.7 
 
 		 307 aa  176  4e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  44.44 
 
 		 314 aa  176  5e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  40.7 
 
 		 303 aa  175  7e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  43.98 
 
 		 314 aa  175  7e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  40.97 
 
 		 310 aa  175  8e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0838  tRNA pseudouridine synthase B  38.15 
 
 		 305 aa  175  9e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  40.17 
 
 		 293 aa  175  9.999999999999999e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  41.26 
 
 		 306 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  44.02 
 
 		 295 aa  174  1.9999999999999998e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  43.98 
 
 		 314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  39.72 
 
 		 318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  41.11 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1029  tRNA pseudouridine synthase B  39.65 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0136597  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3344  tRNA pseudouridine synthase B  43.32 
 
 		 318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  41.96 
 
 		 305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>