More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daud_0927 on replicon NC_010424
Organism: Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  100 
 
 
119 aa  237  5e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3187  ribosome-binding factor A  56.07 
 
 
119 aa  134  4e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.332882 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1661  ribosome-binding factor A  53.51 
 
 
121 aa  123  9e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.661527  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  50.46 
 
 
120 aa  123  1e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  54.63 
 
 
125 aa  122  2e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  53.04 
 
 
131 aa  122  2e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  56.48 
 
 
126 aa  117  7e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  54.63 
 
 
127 aa  116  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  53.64 
 
 
118 aa  115  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  52.73 
 
 
118 aa  114  5e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  52.73 
 
 
118 aa  114  5e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  52.73 
 
 
118 aa  114  5e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  52.73 
 
 
118 aa  113  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  50 
 
 
123 aa  113  8.999999999999998e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  52.73 
 
 
118 aa  112  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  52.73 
 
 
118 aa  112  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  52.73 
 
 
118 aa  112  2.0000000000000002e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  52.73 
 
 
118 aa  112  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  52.73 
 
 
118 aa  112  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  49.53 
 
 
122 aa  112  2.0000000000000002e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  52.73 
 
 
118 aa  112  2.0000000000000002e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  53.27 
 
 
121 aa  110  7.000000000000001e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  46.9 
 
 
119 aa  110  7.000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  46.36 
 
 
116 aa  108  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  44.74 
 
 
118 aa  107  4.0000000000000004e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1210  ribosome-binding factor A  47.71 
 
 
127 aa  107  4.0000000000000004e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00755575  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  45.45 
 
 
130 aa  105  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1939  ribosome-binding factor A  50 
 
 
116 aa  105  2e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1657  ribosome-binding factor A  50 
 
 
116 aa  105  2e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  45.45 
 
 
116 aa  105  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2895  ribosome-binding factor A  49.14 
 
 
137 aa  105  3e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.437558  normal  0.0229957 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3223  ribosome-binding factor A  48.54 
 
 
121 aa  103  7e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  47.66 
 
 
117 aa  103  8e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2204  ribosome-binding factor A  48.57 
 
 
142 aa  102  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1902  ribosome-binding factor A  42.34 
 
 
122 aa  101  3e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0066847  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  43.36 
 
 
118 aa  101  4e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2665  ribosome-binding factor A  47.17 
 
 
133 aa  101  4e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0640591  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1230  ribosome-binding factor A  43.86 
 
 
117 aa  100  5e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.644207  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1670  ribosome-binding factor A  43.86 
 
 
123 aa  100  6e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.014786  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  43.36 
 
 
119 aa  100  7e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000452845  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1589  ribosome-binding factor A  42.99 
 
 
118 aa  100  8e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00426148  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4927  ribosome-binding factor A  46.79 
 
 
132 aa  100  8e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  45.3 
 
 
122 aa  99.4  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000570949  hitchhiker  0.000000154001 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  44.35 
 
 
132 aa  98.2  3e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  41.03 
 
 
119 aa  98.2  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3464  ribosome-binding factor A  45.3 
 
 
133 aa  97.8  4e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  41.03 
 
 
119 aa  98.2  4e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3345  ribosome-binding factor A  45.95 
 
 
132 aa  97.8  4e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.970615  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3474  ribosome-binding factor A  47.79 
 
 
133 aa  97.4  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3642  ribosome-binding factor A  47.79 
 
 
133 aa  97.4  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  43.48 
 
 
132 aa  97.1  7e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  44.34 
 
 
131 aa  97.1  7e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03034  ribosome-binding factor A  46.9 
 
 
133 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.710808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0538  ribosome-binding factor A  46.9 
 
 
133 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3604  ribosome-binding factor A  46.9 
 
 
133 aa  95.5  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3580  ribosome-binding factor A  46.96 
 
 
133 aa  95.5  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02985  hypothetical protein  46.9 
 
 
133 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.757266  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3359  ribosome-binding factor A  46.9 
 
 
133 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3651  ribosome-binding factor A  46.9 
 
 
133 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  44.04 
 
 
141 aa  95.9  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  46.96 
 
 
133 aa  95.5  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4488  ribosome-binding factor A  46.9 
 
 
133 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0531  ribosome-binding factor A  46.9 
 
 
133 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000335299 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3463  ribosome-binding factor A  46.9 
 
 
133 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.287723 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3595  ribosome-binding factor A  42.62 
 
 
136 aa  95.1  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000837981  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3994  ribosome-binding factor A  42.62 
 
 
136 aa  95.1  3e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.405974  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3729  ribosome-binding factor A  42.62 
 
 
136 aa  95.1  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0092978  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0838  ribosome-binding factor A  45.28 
 
 
134 aa  95.1  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.102995 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0490  ribosome-binding factor A  43.44 
 
 
136 aa  94.4  5e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.0536804 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3474  ribosome-binding factor A  46.09 
 
 
133 aa  94  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1052  ribosome-binding factor A  42.34 
 
 
132 aa  94  6e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164371  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1863  ribosome-binding factor A  44.23 
 
 
126 aa  94  7e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0355  ribosome-binding factor A  44.04 
 
 
137 aa  93.2  1e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.417644  normal  0.687785 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42810  ribosome-binding factor A  40.71 
 
 
129 aa  92.8  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1869  ribosome-binding factor A  43.12 
 
 
131 aa  92  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  46.09 
 
 
133 aa  92.4  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0265365 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  44.76 
 
 
130 aa  92  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  44.23 
 
 
129 aa  91.7  3e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  40.38 
 
 
124 aa  91.7  3e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  43.24 
 
 
133 aa  91.7  3e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0780  ribosome-binding factor A  38.39 
 
 
133 aa  90.9  5e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000489115  normal  0.0558247 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2815  ribosome-binding factor A  40.74 
 
 
122 aa  90.1  9e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.473664  hitchhiker  0.00211169 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002610  ribosome-binding factor A  42.98 
 
 
131 aa  90.1  9e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0341  ribosome-binding factor A  41.28 
 
 
134 aa  90.1  1e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2350  ribosome-binding factor A  43.4 
 
 
140 aa  89.7  1e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.840269  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03395  ribosome-binding factor A  42.11 
 
 
137 aa  89.4  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0964  ribosome-binding factor A  43.52 
 
 
122 aa  90.1  1e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.404033  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2819  ribosome-binding factor A  40.37 
 
 
123 aa  89  2e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2688  ribosome-binding factor A  40.37 
 
 
123 aa  89  2e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2451  ribosome-binding factor A  42.31 
 
 
123 aa  88.6  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0315755  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1217  ribosome-binding factor A  41.23 
 
 
128 aa  89.4  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1247  ribosome-binding factor A  41.23 
 
 
128 aa  89.4  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0254008 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0700  ribosome-binding factor A  40.71 
 
 
119 aa  88.6  2e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00262073  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1696  ribosome-binding factor A  41.59 
 
 
138 aa  89  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0822  ribosome-binding factor A  42.2 
 
 
126 aa  88.6  2e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.329178  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  41.51 
 
 
147 aa  87.8  4e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_854  ribosome-binding factor A  39.82 
 
 
118 aa  87.8  5e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000358033  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3607  ribosome-binding factor A  38.94 
 
 
129 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.858095  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4489  ribosome-binding factor A  36.61 
 
 
138 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0856583  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  41.82 
 
 
127 aa  87.4  6e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>