More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daud_0839 on replicon NC_010424
Organism: Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010424  Daud_0839  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  100 
 
 
450 aa  893    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3110  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  50.68 
 
 
446 aa  458  1e-127  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000143108  normal  0.954122 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0716  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  50.79 
 
 
448 aa  442  1e-123  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000599844  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3199  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  50.45 
 
 
449 aa  440  9.999999999999999e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  50 
 
 
450 aa  438  9.999999999999999e-123  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000316014  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0678  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  46.95 
 
 
446 aa  437  1e-121  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000258003  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3205  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  50.68 
 
 
447 aa  434  1e-120  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.112948  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1926  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  49.2 
 
 
444 aa  424  1e-117  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.587814  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0632  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  48.53 
 
 
448 aa  422  1e-117  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.3058599999999997e-35 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0618  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  47.85 
 
 
448 aa  420  1e-116  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000754849  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3124  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  46.15 
 
 
442 aa  419  1e-116  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000009336  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1630  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  45.27 
 
 
436 aa  420  1e-116  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0566409  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3205  hypothetical protein  48.98 
 
 
445 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000023464  hitchhiker  3.0015199999999995e-20 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  53.32 
 
 
436 aa  414  1e-114  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146576  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0034  2-methylthioadenine synthetase  46.34 
 
 
455 aa  409  1e-113  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1929  putative tRNA modifying protein  45.62 
 
 
445 aa  409  1e-113  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11970  MiaB-like tRNA modifying enzyme  44.34 
 
 
442 aa  410  1e-113  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000060077  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1647  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  45.16 
 
 
445 aa  407  1.0000000000000001e-112  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2455  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  44.24 
 
 
440 aa  403  1e-111  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000298883  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0100  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  50.45 
 
 
469 aa  400  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0256489  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0111  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  50 
 
 
469 aa  398  1e-109  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0983  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.73 
 
 
440 aa  396  1e-109  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000730864  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0093  hypothetical protein  49.78 
 
 
483 aa  394  1e-108  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.73 
 
 
453 aa  395  1e-108  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000162674  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  47.19 
 
 
470 aa  380  1e-104  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.199384 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1074  hypothetical protein  48.71 
 
 
432 aa  378  1e-103  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1262  2-methylthioadenine synthetase  43.68 
 
 
439 aa  375  1e-103  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.467346  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2498  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  44.76 
 
 
486 aa  369  1e-101  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.620801  normal  0.98842 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1467  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.92 
 
 
444 aa  368  1e-100  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.369998  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2144  hypothetical protein  40.41 
 
 
504 aa  366  1e-100  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0641  hypothetical protein  41.89 
 
 
440 aa  357  1.9999999999999998e-97  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.170936 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01181  Fe-S oxidoreductase  40.27 
 
 
454 aa  357  2.9999999999999997e-97  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.681569  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01171  Fe-S oxidoreductase  40.04 
 
 
454 aa  355  1e-96  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.72418  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1671  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  43.15 
 
 
487 aa  354  1e-96  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.813765  normal  0.219751 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13538  putative Fe-S oxidoreductase  38.22 
 
 
435 aa  352  5.9999999999999994e-96  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.505425  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0106  hypothetical protein  40.04 
 
 
471 aa  351  2e-95  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01141  Fe-S oxidoreductase  40.04 
 
 
454 aa  349  5e-95  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1025  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.72 
 
 
433 aa  349  6e-95  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.813856  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0470  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40 
 
 
438 aa  348  1e-94  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0353  hypothetical protein  41.08 
 
 
466 aa  346  6e-94  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0377  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.18 
 
 
450 aa  345  1e-93  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3568  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.48 
 
 
471 aa  345  1e-93  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02161  Fe-S oxidoreductase  40.67 
 
 
472 aa  344  2e-93  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1585  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  43.99 
 
 
444 aa  343  2e-93  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.678841  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2337  hypothetical protein  41.4 
 
 
458 aa  343  2.9999999999999997e-93  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.587976  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41 
 
 
437 aa  343  4e-93  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0588845  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01161  Fe-S oxidoreductase  41.12 
 
 
462 aa  342  5.999999999999999e-93  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.924562 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3231  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  43.22 
 
 
440 aa  342  5.999999999999999e-93  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.12995  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5359  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.59 
 
 
437 aa  342  5.999999999999999e-93  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0256  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.41 
 
 
430 aa  342  5.999999999999999e-93  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0443  MiaB family RNA modification protein  39.41 
 
 
440 aa  341  1e-92  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3733  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.46 
 
 
441 aa  341  1e-92  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0655484 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2512  hypothetical protein  41.82 
 
 
452 aa  338  9.999999999999999e-92  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0314686 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4276  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.5 
 
 
449 aa  332  8e-90  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4336  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.5 
 
 
449 aa  332  9e-90  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.412924 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0653  2-methylthioadenine synthetase  36.34 
 
 
437 aa  330  3e-89  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.835098  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3525  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.05 
 
 
444 aa  330  4e-89  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0078  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.59 
 
 
435 aa  329  7e-89  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.68199  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1405  hypothetical protein  40.93 
 
 
440 aa  328  1.0000000000000001e-88  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.248691 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3605  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.41 
 
 
436 aa  328  2.0000000000000001e-88  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.757621 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1623  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.84 
 
 
452 aa  326  5e-88  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0150  hypothetical protein  39.46 
 
 
434 aa  325  7e-88  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26767  predicted protein  40.93 
 
 
450 aa  325  1e-87  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.071035 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3092  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.95 
 
 
435 aa  325  1e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.949904  normal  0.038543 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1464  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.76 
 
 
440 aa  324  2e-87  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0865  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.16 
 
 
440 aa  323  5e-87  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0318613  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0735  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.07 
 
 
463 aa  322  7e-87  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.512918  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1592  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.91 
 
 
429 aa  322  9.999999999999999e-87  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000486202  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1606  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.13 
 
 
456 aa  315  9.999999999999999e-85  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.132217 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1284  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.54 
 
 
482 aa  313  2.9999999999999996e-84  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.323089 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0675  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.16 
 
 
430 aa  312  1e-83  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00122823  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1513  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.76 
 
 
433 aa  311  2e-83  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.627818  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0935  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.08 
 
 
430 aa  310  2.9999999999999997e-83  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000136513  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1757  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.64 
 
 
431 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0531  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.39 
 
 
472 aa  307  3e-82  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.680198  normal  0.538373 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0957  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.9 
 
 
430 aa  307  3e-82  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00162656  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0963  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.51 
 
 
442 aa  305  9.000000000000001e-82  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0713  hypothetical protein  39.04 
 
 
438 aa  304  2.0000000000000002e-81  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0146  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.21 
 
 
438 aa  303  5.000000000000001e-81  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00677283  normal  0.468317 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1063  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.13 
 
 
458 aa  303  6.000000000000001e-81  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.270511  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4495  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.87 
 
 
469 aa  301  2e-80  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000507978  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1288  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.84 
 
 
431 aa  298  1e-79  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.68 
 
 
470 aa  298  1e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07500  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG, TIGR01125  39.26 
 
 
477 aa  298  1e-79  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0247514  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1760  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.13 
 
 
432 aa  296  5e-79  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1979  hypothetical protein  39.47 
 
 
448 aa  295  8e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1764  hypothetical protein  41.32 
 
 
443 aa  295  9e-79  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.341507  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1003  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  41.33 
 
 
441 aa  295  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.902435  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0127  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  42.16 
 
 
446 aa  295  1e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0728871  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1673  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.52 
 
 
442 aa  295  1e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.548183  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0894  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  41.33 
 
 
441 aa  295  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.917524  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0953  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  41.33 
 
 
441 aa  295  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.433184  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0920  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  41.33 
 
 
441 aa  295  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0127  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  42.48 
 
 
442 aa  294  2e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0233399  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.53 
 
 
441 aa  294  3e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2510  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40.53 
 
 
441 aa  294  3e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.105116  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40.53 
 
 
441 aa  294  3e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0895  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40.53 
 
 
441 aa  294  3e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.465773  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00819  hypothetical protein  40.53 
 
 
441 aa  294  3e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0906  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40.53 
 
 
441 aa  294  3e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>