More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daud_0588 on replicon NC_010424
Organism: Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010424  Daud_0588  hypothetical protein  100 
 
 
469 aa  954    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.414158  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2009  hypothetical protein  56.03 
 
 
466 aa  489  1e-137  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000964515  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1153  domain of unknown function DUF1727  53.36 
 
 
474 aa  488  1e-137  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0443  domain of unknown function DUF1727  55.9 
 
 
463 aa  456  1e-127  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1345  domain of unknown function DUF1727  44.89 
 
 
476 aa  379  1e-104  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000649333  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0966  hypothetical protein  43.56 
 
 
464 aa  380  1e-104  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0008  hypothetical protein  39.49 
 
 
446 aa  339  8e-92  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1627  domain of unknown function DUF1727  41.23 
 
 
462 aa  335  7e-91  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0440  hypothetical protein  39.87 
 
 
467 aa  328  9e-89  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2069  domain of unknown function DUF1727  37.66 
 
 
467 aa  325  1e-87  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0981076  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0013  domain of unknown function DUF1727  40.53 
 
 
444 aa  320  3e-86  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1980  hypothetical protein  36.94 
 
 
437 aa  303  6.000000000000001e-81  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.270286  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1946  hypothetical protein  36.94 
 
 
437 aa  303  6.000000000000001e-81  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.102068  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0500  hypothetical protein  41.93 
 
 
491 aa  300  5e-80  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.496593  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3016  hypothetical protein  44.58 
 
 
436 aa  298  2e-79  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1027  domain of unknown function DUF1727  43.42 
 
 
456 aa  293  4e-78  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.964533  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1430  Mur ligase family protein  35.38 
 
 
437 aa  289  6e-77  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.67526  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3614  hypothetical protein  39.35 
 
 
463 aa  287  2e-76  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.529006  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3270  domain of unknown function DUF1727  39.04 
 
 
458 aa  280  5e-74  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.704416  normal  0.0775739 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1785  domain of unknown function DUF1727  36.26 
 
 
446 aa  275  9e-73  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0144804  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2945  domain of unknown function DUF1727  40.66 
 
 
474 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.833945  hitchhiker  0.00605856 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0996  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  40.62 
 
 
455 aa  269  8e-71  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00110541  normal  0.028804 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0514  hypothetical protein  37.5 
 
 
445 aa  268  2e-70  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.265585  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3001  domain of unknown function DUF1727  38.32 
 
 
744 aa  265  1e-69  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.954679 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3012  domain of unknown function DUF1727  35.79 
 
 
448 aa  259  7e-68  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3108  domain of unknown function DUF1727  35.79 
 
 
448 aa  259  7e-68  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1255  hypothetical protein  37.8 
 
 
507 aa  258  2e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4285  hypothetical protein  36.7 
 
 
447 aa  256  5e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1559  domain of unknown function DUF1727  33.99 
 
 
445 aa  251  2e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.181708 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1233  Mur ligase family protein  33.56 
 
 
441 aa  251  2e-65  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.198792  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0450  hypothetical protein  34.92 
 
 
445 aa  249  8e-65  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1208  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  32.59 
 
 
449 aa  247  4e-64  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.970096  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0884  mur ligase family protein  32.43 
 
 
447 aa  246  9e-64  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1392  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthetase MurC-like protein  33.71 
 
 
451 aa  243  6e-63  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0524526  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1206  Mur ligase family protein  33.71 
 
 
451 aa  242  9e-63  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0554717  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1250  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  33.33 
 
 
455 aa  236  1.0000000000000001e-60  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000000012325  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0985  domain of unknown function DUF1727  31.49 
 
 
443 aa  225  2e-57  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000265712  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1788  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  31.33 
 
 
452 aa  216  8e-55  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1599  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  31.07 
 
 
445 aa  215  1.9999999999999998e-54  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.709076  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1231  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  33.9 
 
 
490 aa  190  4e-47  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.661721  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2036  domain of unknown function DUF1727  34.67 
 
 
430 aa  183  5.0000000000000004e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000388378 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4298  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase-like protein  34.06 
 
 
411 aa  181  2e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17860  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  30.45 
 
 
445 aa  181  2.9999999999999997e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.934196  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0648  domain of unknown function DUF1727  31.36 
 
 
412 aa  175  1.9999999999999998e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2306  hypothetical protein  34.33 
 
 
429 aa  171  4e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0105732  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4901  hypothetical protein  32.64 
 
 
408 aa  169  7e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4990  hypothetical protein  32.64 
 
 
408 aa  169  7e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0076  Mur ligase middle domain protein  31.13 
 
 
472 aa  168  1e-40  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000585492 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5269  hypothetical protein  33.5 
 
 
408 aa  168  2e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.235064  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13744  ligase  33.1 
 
 
413 aa  167  4e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00431951  normal  0.370504 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0442  domain of unknown function DUF1727  33.01 
 
 
425 aa  167  4e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.624005  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2714  putative ligase  34.03 
 
 
418 aa  166  8e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0468  hypothetical protein  33.89 
 
 
424 aa  166  9e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.748006 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1706  hypothetical protein  36.52 
 
 
421 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0418667  hitchhiker  0.00728652 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1034  domain of unknown function DUF1727  36.07 
 
 
394 aa  164  4.0000000000000004e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0282  Mur ligase  35.27 
 
 
416 aa  164  4.0000000000000004e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0913  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase-like protein  33.33 
 
 
429 aa  161  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.323703  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4348  domain of unknown function DUF1727  34.57 
 
 
418 aa  161  2e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0229746  normal  0.964565 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4002  domain of unknown function DUF1727  33.41 
 
 
412 aa  160  3e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6531  hypothetical protein  35.54 
 
 
417 aa  158  2e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.830465  normal  0.333233 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1291  hypothetical protein  32.33 
 
 
406 aa  154  2e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2661  hypothetical protein  33.56 
 
 
410 aa  153  7e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.857902  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3448  hypothetical protein  31.94 
 
 
420 aa  151  3e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00766091 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3222  hypothetical protein  31.94 
 
 
415 aa  150  6e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0406463 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5520  hypothetical protein  31.83 
 
 
425 aa  150  6e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.33342  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1327  Mur ligase middle domain protein  28.57 
 
 
470 aa  144  3e-33  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.00000399076  decreased coverage  0.000242236 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1442  domain of unknown function DUF1727  33.87 
 
 
408 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3978  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanyl ligase  29.05 
 
 
468 aa  67  0.0000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0448  UDP-N-acetylmuramoylalanine/D-glutamate ligase  34.11 
 
 
471 aa  66.6  0.0000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.483949  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0843  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  24.81 
 
 
518 aa  62.4  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0977  UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D- alanine ligase  24.16 
 
 
457 aa  60.1  0.00000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000230391  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0487  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanyl ligase  35.4 
 
 
469 aa  58.9  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2203  UDP-N-acetylmuramoylalanine/D-glutamate ligase  30.22 
 
 
448 aa  58.5  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.936604  normal  0.962369 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0686  UDP-N-acetylmuramate  23.7 
 
 
461 aa  58.9  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0504  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate/D-alanyl-D-alanyl ligase  34.16 
 
 
467 aa  59.3  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2786  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  26.22 
 
 
457 aa  58.2  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0486  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  32.24 
 
 
489 aa  58.2  0.0000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00092134  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3147  UDP-N-acetylmuramate  25.91 
 
 
465 aa  58.5  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3633  UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D- alanine ligase  28.25 
 
 
458 aa  57.8  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.637392 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0820  UDP-N-acetylmuramate  25.58 
 
 
465 aa  57.8  0.0000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.700017  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0791  UDP-N-acetylmuramate  25.91 
 
 
465 aa  57.8  0.0000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0480  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate/D-alanyl-D-alanyl ligase  24.47 
 
 
459 aa  57.4  0.0000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000047898  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0844  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  32.43 
 
 
468 aa  57.4  0.0000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.952175 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2206  UDP-N-acetylmuramyl pentapeptide synthase  25.19 
 
 
463 aa  57  0.0000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0725  UDP-N-acetylmuramate  25 
 
 
466 aa  56.6  0.0000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.729179 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2371  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  23.84 
 
 
493 aa  56.2  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00139261  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2989  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  31.21 
 
 
475 aa  55.8  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0256473 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3592  UDP-N-acetylmuramate  25.25 
 
 
463 aa  56.2  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.421536  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1435  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  30 
 
 
455 aa  55.8  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3715  UDP-N-acetylmuramate  25.25 
 
 
463 aa  56.2  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.284127  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3523  UDP-N-acetylmuramate  25.64 
 
 
463 aa  56.2  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000995767 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0719  UDP-N-acetylmuramate  25.25 
 
 
463 aa  55.5  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.161321  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1050  UDP-N-acetylmuramyl-tripeptide synthetase  23.34 
 
 
498 aa  55.8  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0364721  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2457  UDP-N-acetylmuramyl-tripeptide synthetase  26.81 
 
 
494 aa  55.5  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.562045  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2414  Mur ligase family protein  23.49 
 
 
401 aa  55.1  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00339863  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2645  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  27.3 
 
 
495 aa  55.1  0.000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2195  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  31.01 
 
 
449 aa  55.1  0.000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.253495  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2052  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  27.87 
 
 
491 aa  55.1  0.000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0758  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  22.94 
 
 
495 aa  54.3  0.000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0827  UDP-N-acetylmuramate  22.35 
 
 
464 aa  54.3  0.000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>