More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daud_0002 on replicon NC_010424
Organism: Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010424  Daud_0002  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 
389 aa  780  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.105928  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.28 
 
 
365 aa  283  3e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.73 
 
 
367 aa  243  6e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.06 
 
 
367 aa  238  1e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.226085  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.77 
 
 
370 aa  210  3e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0003  DNA polymerase III, beta subunit  36.18 
 
 
374 aa  207  3e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00459981  hitchhiker  1.16577e-06 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0002  DNA polymerase III subunit beta  31.36 
 
 
379 aa  206  7e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0872061  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.36 
 
 
379 aa  205  9e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.478099 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.36 
 
 
379 aa  205  9e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00656712  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0002  DNA polymerase III subunit beta  31.36 
 
 
379 aa  205  9e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  8.20509e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.36 
 
 
379 aa  205  1e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0173994  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0002  DNA polymerase III subunit beta  31.36 
 
 
379 aa  204  2e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.341639  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.36 
 
 
379 aa  204  2e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0132884  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  32.22 
 
 
367 aa  203  5e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5318  DNA polymerase III subunit beta  31.45 
 
 
381 aa  202  8e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.00172021  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0002  DNA polymerase III subunit beta  31.45 
 
 
381 aa  202  8e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  3.41772e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.42 
 
 
378 aa  199  5e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  1.67002e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.2 
 
 
381 aa  198  2e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.71 
 
 
381 aa  197  3e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000678483  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.44 
 
 
380 aa  195  9e-49  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  30.75 
 
 
377 aa  193  5e-48  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.5 
 
 
377 aa  191  1e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00213885  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.5 
 
 
377 aa  191  1e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0177596  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.67 
 
 
378 aa  191  2e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  30.33 
 
 
366 aa  187  2e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.56 
 
 
369 aa  188  2e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  30.25 
 
 
374 aa  180  4e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0002  DNA polymerase sliding clamp subunit  30.85 
 
 
376 aa  176  9e-43  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  1.88302e-11  unclonable  1.4129e-28 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.84 
 
 
366 aa  171  3e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.84 
 
 
366 aa  171  3e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  31.3 
 
 
366 aa  169  7e-41  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.38 
 
 
374 aa  167  3e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.017071  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.2 
 
 
375 aa  167  4e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  4.18991e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0002  DNA-directed DNA polymerase  29.93 
 
 
409 aa  163  5e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  29.8 
 
 
376 aa  163  6e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.28 
 
 
366 aa  160  4e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00001  DNA polymerase III subunit beta  29.07 
 
 
397 aa  160  4e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.284448  normal  0.0167825 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.76 
 
 
372 aa  159  8e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  28.57 
 
 
365 aa  159  1e-37  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  27.92 
 
 
366 aa  158  1e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  5.53224e-06  hitchhiker  3.89013e-07 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1036  DNA polymerase III, beta subunit  27.09 
 
 
378 aa  157  4e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  3.28779e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1227  DNA polymerase III, beta subunit  26.84 
 
 
378 aa  156  5e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  1.28167e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1009  DNA polymerase III, beta subunit  26.84 
 
 
378 aa  156  5e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  5.12645e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.7 
 
 
378 aa  155  8e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.065739  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2430  DNA polymerase III subunit beta  27.59 
 
 
376 aa  155  9e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  8.41235e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.06 
 
 
370 aa  155  1e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  7.29086e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3374  DNA polymerase III subunit beta  29.72 
 
 
372 aa  155  1e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.86 
 
 
378 aa  155  1e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.51 
 
 
387 aa  154  2e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.273248  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00001  DNA polymerase III subunit beta  29.21 
 
 
388 aa  154  3e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.98 
 
 
374 aa  153  6e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2699  DNA polymerase III subunit beta  27.34 
 
 
376 aa  152  7e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.0623e-09 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2499  DNA polymerase III subunit beta  27.34 
 
 
376 aa  152  9e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000103767  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.97 
 
 
374 aa  152  9e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.5514e-14 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00001  DNA polymerase III subunit beta  27.57 
 
 
385 aa  152  9e-36  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.280893  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2684  DNA polymerase III subunit beta  27.34 
 
 
376 aa  152  9e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2460  DNA polymerase III subunit beta  27.86 
 
 
376 aa  152  1e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  8.10658e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.57 
 
 
370 aa  152  1e-35  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2720  DNA polymerase III subunit beta  28.15 
 
 
376 aa  152  1e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.001463  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.43 
 
 
367 aa  151  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  3.48538e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0001  DNA polymerase III subunit beta  29.57 
 
 
385 aa  150  3e-35  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.392011  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0749  DNA polymerase III, beta subunit  28.75 
 
 
377 aa  150  3e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00160623  normal  0.0661529 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00001  DNA polymerase III subunit beta  27.07 
 
 
385 aa  150  3e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.64 
 
 
375 aa  150  3e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.64 
 
 
375 aa  150  4e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0001  DNA polymerase III subunit beta  27.32 
 
 
385 aa  150  5e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.65 
 
 
375 aa  149  6e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0002  DNA polymerase III subunit beta  29.82 
 
 
372 aa  149  8e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0019  DNA polymerase III, beta subunit  28.1 
 
 
378 aa  149  9e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  28.09 
 
 
366 aa  147  2e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2750  DNA polymerase III subunit beta  27.14 
 
 
376 aa  148  2e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2604  DNA polymerase III subunit beta  26.83 
 
 
376 aa  148  2e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.756021  hitchhiker  4.91978e-05 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2706  DNA polymerase III subunit beta  27.21 
 
 
376 aa  147  2e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0340  DNA polymerase III subunit beta  29.59 
 
 
394 aa  147  3e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4406  DNA polymerase III, beta subunit  27.82 
 
 
377 aa  147  3e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.150139  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.64 
 
 
369 aa  147  4e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.89 
 
 
376 aa  147  4e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  28.89 
 
 
382 aa  146  6e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  30.53 
 
 
390 aa  146  6e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2834  DNA polymerase III subunit beta  28.93 
 
 
372 aa  145  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1549  DNA polymerase III, beta subunit  28.32 
 
 
374 aa  144  2e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.15445  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.14 
 
 
378 aa  145  2e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1513  DNA polymerase III, beta subunit  28.32 
 
 
381 aa  144  3e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  1.66783e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0001  DNA polymerase III subunit beta  28.57 
 
 
385 aa  144  3e-33  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.26 
 
 
370 aa  144  3e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.01 
 
 
388 aa  144  4e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.93 
 
 
372 aa  144  4e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.474691  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.82 
 
 
372 aa  144  4e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.59068e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  28.1 
 
 
373 aa  142  7e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.57 
 
 
380 aa  142  7e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.376275  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  26.72 
 
 
396 aa  141  2e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00001  DNA polymerase III subunit beta  27 
 
 
385 aa  141  2e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.354313  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  28.72 
 
 
372 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  25.88 
 
 
372 aa  141  3e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.66 
 
 
376 aa  140  4e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2456  DNA polymerase III subunit beta  26.67 
 
 
376 aa  140  4e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0115889  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.65 
 
 
370 aa  140  5e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00017376  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.25 
 
 
379 aa  139  6e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  27.85 
 
 
373 aa  139  8e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2720  DNA polymerase III, beta subunit  27.78 
 
 
372 aa  139  9e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.737243  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>