More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_R0020 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_R0004  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000108101  normal  0.807397 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0020  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.71083e-16  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0029  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000220959  unclonable  0.000000053075 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0041  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000493148  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS00330  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00649993  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS05584  tRNA-Ile  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00134136  normal  0.130887 
 
 
-
 
NC_003295  RS05733  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0746893  normal  0.61314 
 
 
-
 
NC_003296  RS05382  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0151411  normal  0.0932844 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0067  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.188044  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_R0068  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000449242  hitchhiker  0.000000587301 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_R0080  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000119822  normal  0.781959 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0006  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.118096  hitchhiker  0.00000272915 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0052  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000478154  hitchhiker  0.000454644 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0062  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000375232  hitchhiker  0.000000804387 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0060  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000596545  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0015  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_R0077  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000309206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_R0079  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000582548  normal  0.0302308 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_R0073  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000385296  hitchhiker  0.0000734054 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0053  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000325055  normal  0.687052 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0046  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.10564  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0047  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.489079  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0043  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0232966  normal  0.0867643 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0010  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.081559  normal  0.0343248 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0056  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.115874  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0051  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.257366  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0061  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0210957  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0072  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00338762  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0080  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0573035  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0011  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0380305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0039  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000177246  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0060  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.245921 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0063  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0096  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000493226 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0003  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0091  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000387028 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0013  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.332941  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0057  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.0056753  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_R0068  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0841557  hitchhiker  0.0022549 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0052  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.70314  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0050  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0018  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.845155 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0004  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000188504  normal  0.758397 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0055  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0151112  normal  0.444616 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0042  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0776895  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0027  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000951116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0072  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000111766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0082  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000104949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0003  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000376598  normal  0.235119 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0009  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000275815  normal  0.23625 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0014  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  6.55572e-16  normal  0.0217689 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0052  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000131419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0062  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.509078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0072  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0130788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0077  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000753043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0040  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0006  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0011  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.620126  normal  0.156635 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0004  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000214056  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0028  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.101563  normal  0.86399 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0053  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0417957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0015  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143157  hitchhiker  0.00508793 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_R0062  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0000193695  normal  0.338495 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0013  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0442856  hitchhiker  0.0033866 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0032  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.244606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0008  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000503883  normal  0.923056 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0004  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171326  hitchhiker  0.00000000652292 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0044  tRNA-Ala  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00327973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0066  tRNA-Ala  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000348959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0073  tRNA-Ala  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000232464  normal  0.0971077 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0030  tRNA-Ala  95.65 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.915184  normal  0.110132 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0020  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0164  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.405268  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1707  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1834  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0065  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0057  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0059  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4325  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00976587  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4349  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.271842  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4354  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.118152  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0051  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0057  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0063  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0038  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.31999 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0052  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0050  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.326292 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0004  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0065  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.195359  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5650  tRNA-Val  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000315313  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0045  tRNA-Val  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000240957  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Val-3  tRNA-Val  93.15 
 
 		 79 bp  105  1e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000108525  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Val-4  tRNA-Val  93.15 
 
 		 79 bp  105  1e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000645962  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Val-6  tRNA-Val  93.15 
 
 		 79 bp  105  1e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000394218  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0093  tRNA-Val  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000186576  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0036  tRNA-Val  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000418472  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Val-3  tRNA-Val  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196603  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Val-4  tRNA-Val  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000015578  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0014  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0634933  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0018  tRNA-Val  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0022012  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>