More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_4199 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  100 
 
 
548 aa  1146    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  42.08 
 
 
484 aa  409  1e-113  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  42.13 
 
 
472 aa  396  1e-109  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  42.62 
 
 
472 aa  391  1e-107  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  41.01 
 
 
472 aa  385  1e-106  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  40.42 
 
 
473 aa  382  1e-105  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  31.88 
 
 
529 aa  189  1e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  30.29 
 
 
489 aa  180  8e-44  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  33.85 
 
 
488 aa  179  9e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  31.75 
 
 
501 aa  179  9e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  28.18 
 
 
470 aa  175  1.9999999999999998e-42  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  29.57 
 
 
494 aa  175  1.9999999999999998e-42  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  33.59 
 
 
487 aa  174  3.9999999999999995e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  29.57 
 
 
494 aa  174  5e-42  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  28.85 
 
 
494 aa  170  6e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  28.85 
 
 
494 aa  170  7e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  29.48 
 
 
521 aa  170  7e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  27.8 
 
 
459 aa  168  2e-40  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  29.38 
 
 
518 aa  167  5.9999999999999996e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  30.03 
 
 
471 aa  167  5.9999999999999996e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  30.3 
 
 
502 aa  157  4e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  31.68 
 
 
576 aa  157  5.0000000000000005e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  31.68 
 
 
576 aa  156  9e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  33.52 
 
 
520 aa  156  1e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  29.45 
 
 
723 aa  155  2e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  29.39 
 
 
564 aa  155  2e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  31.16 
 
 
677 aa  155  2e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  30.05 
 
 
524 aa  155  2e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  29.51 
 
 
556 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 
520 aa  153  8e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.65 
 
 
567 aa  152  1e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.05 
 
 
546 aa  152  1e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  26.02 
 
 
864 aa  151  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  30.25 
 
 
459 aa  151  3e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  28.61 
 
 
563 aa  151  3e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.48 
 
 
546 aa  150  4e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.75 
 
 
546 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  27.37 
 
 
468 aa  149  1.0000000000000001e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  29.6 
 
 
462 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  28.8 
 
 
475 aa  148  2.0000000000000003e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.95 
 
 
528 aa  147  4.0000000000000006e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  31.29 
 
 
583 aa  147  4.0000000000000006e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.67 
 
 
546 aa  147  6e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  28.57 
 
 
1250 aa  144  3e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.75 
 
 
546 aa  144  5e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  29.03 
 
 
473 aa  144  5e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  30.08 
 
 
681 aa  144  5e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.62 
 
 
527 aa  143  8e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  28.9 
 
 
475 aa  143  9e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  31.72 
 
 
476 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.02 
 
 
547 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.53 
 
 
520 aa  141  3e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  28.45 
 
 
461 aa  141  3e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.19 
 
 
546 aa  141  3.9999999999999997e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.27 
 
 
441 aa  140  6e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  31.13 
 
 
554 aa  140  7e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  28.41 
 
 
497 aa  140  7e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.53 
 
 
478 aa  140  7e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  25 
 
 
506 aa  139  2e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  25.63 
 
 
566 aa  138  2e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  25.4 
 
 
506 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  30.75 
 
 
475 aa  137  5e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  27.32 
 
 
487 aa  136  9e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  26.81 
 
 
441 aa  136  9.999999999999999e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  28.13 
 
 
476 aa  136  9.999999999999999e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  27.01 
 
 
564 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.71 
 
 
535 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  25 
 
 
506 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  27.1 
 
 
426 aa  135  3e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1836  radical SAM domain-containing protein  26.39 
 
 
474 aa  134  3e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.08 
 
 
512 aa  134  5e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0033  B12-binding/radical SAM domain-containing protein  25.38 
 
 
647 aa  134  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  29.62 
 
 
476 aa  134  5e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3408  radical SAM family protein  26.37 
 
 
473 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0893  Radical SAM domain protein  25.74 
 
 
681 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.878222  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0030  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.77 
 
 
647 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  27.99 
 
 
450 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.26 
 
 
580 aa  131  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1927  cobalamin B12-binding domain protein  29.59 
 
 
288 aa  131  3e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.2434  normal  0.204325 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4964  radical SAM family protein  26.56 
 
 
476 aa  131  3e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.576294  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  26.9 
 
 
507 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  26.14 
 
 
547 aa  130  5.0000000000000004e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  30.23 
 
 
674 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  27.35 
 
 
484 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  28.53 
 
 
473 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.71 
 
 
567 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  28.53 
 
 
473 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0047  Fe-S oxidoreductase  25.33 
 
 
647 aa  128  3e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.982872  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.36 
 
 
565 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  26.61 
 
 
444 aa  127  5e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1009  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26.36 
 
 
479 aa  126  8.000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1038  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26.36 
 
 
479 aa  126  8.000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0027  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.33 
 
 
651 aa  126  9e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1180  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.33 
 
 
647 aa  126  9e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0033  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.33 
 
 
647 aa  126  9e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1460  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.33 
 
 
651 aa  126  9e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1535  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.07 
 
 
651 aa  126  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  28.2 
 
 
608 aa  126  1e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2201  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.3 
 
 
473 aa  125  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.43 
 
 
548 aa  125  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>