58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_4017 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_4017  malonate decarboxylase gamma subunit  100 
 
 
240 aa  475  1e-133  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1078  malonate decarboxylase, gamma subunit  53.65 
 
 
236 aa  224  1e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1143  putative malonate decarboxylase gamma subunit  45.96 
 
 
238 aa  210  1e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.216529  normal  0.546838 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0791  malonate decarboxylase gamma subunit  50.86 
 
 
239 aa  207  8e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0107616  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5371  malonate decarboxylase, gamma subunit  45.57 
 
 
233 aa  206  3e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0278339  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2892  malonate decarboxylase gamma subunit  46.84 
 
 
233 aa  202  3e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.473236  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0076  malonate decarboxylase, gamma subunit  48.95 
 
 
233 aa  197  9e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.658515 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1765  malonate decarboxylase, gamma subunit  45.06 
 
 
233 aa  192  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.928487  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1846  malonate decarboxylase gamma subunit  48.78 
 
 
232 aa  192  5e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.336793  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2893  malonate decarboxylase gamma subunit  53.77 
 
 
226 aa  172  2.9999999999999996e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.187079  normal  0.0693579 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6854  malonate decarboxylase, gamma subunit  37.92 
 
 
238 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0027  malonate decarboxylase, gamma subunit  37.08 
 
 
238 aa  137  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.2409  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0028  malonate decarboxylase, gamma subunit  37.5 
 
 
238 aa  136  2e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.31944  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0049  malonate decarboxylase, gamma subunit  37.97 
 
 
238 aa  137  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.210818  normal  0.0466048 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2495  hypothetical protein  30.21 
 
 
239 aa  135  8e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1244  malonate decarboxylase, gamma subunit  39.04 
 
 
235 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.58858  normal  0.076268 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1162  malonate decarboxylase, gamma subunit  35.62 
 
 
235 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.166916 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2047  malonate decarboxylase, gamma subunit  37.45 
 
 
235 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0791  malonate decarboxylase gamma subunit  37.33 
 
 
235 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.107283  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1272  malonate decarboxylase gamma subunit  37.33 
 
 
235 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00955431  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2800  malonate decarboxylase, gamma subunit  38.89 
 
 
241 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.176554  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3154  malonate decarboxylase, gamma subunit  36.1 
 
 
238 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1150  malonate decarboxylase gamma subunit  34.75 
 
 
235 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.945666  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4289  malonate decarboxylase gamma subunit  39.75 
 
 
240 aa  128  9.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.399455  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0542  malonate decarboxylase, gamma subunit  40 
 
 
241 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.960263  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1455  malonate decarboxylase, gamma subunit  40 
 
 
241 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0490368  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0611  malonate decarboxylase, gamma subunit  40 
 
 
241 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.345802  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3034  malonate decarboxylase, gamma subunit  40 
 
 
241 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1259  malonate decarboxylase, gamma subunit  40 
 
 
241 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.341202  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1485  malonate decarboxylase, gamma subunit  40 
 
 
241 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.359721  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4415  malonate decarboxylase gamma subunit  34.15 
 
 
235 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.664444  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1585  malonate decarboxylase, gamma subunit  39.58 
 
 
241 aa  125  6e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.911971  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3189  malonate decarboxylase, gamma subunit  35.27 
 
 
245 aa  108  6e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.620399 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0170  malonate decarboxylase, gamma subunit  36.04 
 
 
238 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.212333  normal  0.869946 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1060  malonate decarboxylase gamma subunit  32.04 
 
 
294 aa  79  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0857455  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2471  malonate decarboxylase gamma subunit  29.6 
 
 
499 aa  75.9  0.0000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.719653  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1325  hypothetical protein  34.71 
 
 
297 aa  75.5  0.0000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3295  malonate decarboxylase gamma subunit  31.76 
 
 
294 aa  74.7  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.937702 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0446  malonate decarboxylase gamma subunit  35.56 
 
 
266 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02590  malonate decarboxylase gamma subunit  35.48 
 
 
268 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0619996  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0296  malonate decarboxylase subunit gamma  35.48 
 
 
268 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.526825  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5298  malonate decarboxylase gamma subunit  35.56 
 
 
261 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.47948  normal  0.25811 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2608  malonate decarboxylase, gamma subunit  32.14 
 
 
266 aa  59.7  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0803004  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5083  malonate decarboxylase, gamma subunit  33.33 
 
 
266 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2442  malonate decarboxylase, gamma subunit  36.57 
 
 
263 aa  58.9  0.00000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.556713  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4929  malonate decarboxylase gamma subunit  38.46 
 
 
273 aa  57  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.616549  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0950  malonate decarboxylase gamma subunit  36.75 
 
 
268 aa  56.2  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10320  Malonate decarboxylase gamma subunit  32.85 
 
 
268 aa  55.5  0.0000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.056312  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4589  malonate decarboxylase gamma subunit  30.23 
 
 
280 aa  55.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1243  malonate decarboxylase, gamma subunit  32.79 
 
 
267 aa  53.5  0.000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3656  malonate decarboxylase gamma subunit  30.49 
 
 
264 aa  53.1  0.000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2879  malonate decarboxylase, gamma subunit  34.81 
 
 
263 aa  52.4  0.000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.994306 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3775  malonate decarboxylase gamma subunit  33.33 
 
 
266 aa  52.4  0.000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0108609 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5083  malonate decarboxylase, gamma subunit  30.53 
 
 
272 aa  51.2  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.172964  normal  0.178528 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1848  putative malonate decarboxylase gamma subunit  34.75 
 
 
272 aa  51.6  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.415688  normal  0.0801286 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4943  malonate decarboxylase, gamma subunit  32.65 
 
 
276 aa  48.5  0.00009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0583911 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3867  malonate decarboxylase, gamma subunit  32.65 
 
 
276 aa  48.5  0.00009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4817  malonate decarboxylase, gamma subunit  32.31 
 
 
272 aa  48.1  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0587607  normal  0.0256459 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>