More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_4009 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_4009  PAS  100 
 
 
172 aa  358  2e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0920  putative PAS/PAC sensor protein  52.33 
 
 
170 aa  192  2e-48  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4683  putative PAS/PAC sensor protein  49.13 
 
 
173 aa  188  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1413  putative PAS/PAC sensor protein  47.4 
 
 
185 aa  181  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.026067  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1312  putative PAS/PAC sensor protein  47.93 
 
 
174 aa  180  7e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.723682  normal  0.171791 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4662  putative PAS/PAC sensor protein  49.1 
 
 
168 aa  180  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.193201 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1393  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.09 
 
 
182 aa  179  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4792  putative PAS/PAC sensor protein  46.15 
 
 
174 aa  179  2e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1071  putative PAS/PAC sensor protein  50.57 
 
 
178 aa  178  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3403  PAS sensor protein  46.15 
 
 
189 aa  178  4e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.263742  normal  0.531721 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4975  putative PAS/PAC sensor protein  50.57 
 
 
178 aa  177  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161434  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1962  methyl-accepting chemotaxis protein  51.52 
 
 
166 aa  177  9e-44  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0044  putative PAS/PAC sensor protein  50.93 
 
 
162 aa  173  9e-43  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3908  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.75 
 
 
174 aa  173  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2378  transcriptional regulator  46.75 
 
 
174 aa  172  1.9999999999999998e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4977  putative PAS/PAC sensor protein  47.09 
 
 
177 aa  171  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13761  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05500  PAS domain S-box  45.56 
 
 
194 aa  168  3e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.414164  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0368  PAS sensor protein  50.96 
 
 
168 aa  168  4e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3464  transcriptional regulator  45.93 
 
 
174 aa  167  5e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0964  putative PAS domain signal transduction sensor protein  46.95 
 
 
163 aa  167  9e-41  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.695373  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1233  methyl-accepting chemotaxis protein  48.15 
 
 
166 aa  166  2e-40  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1325  methyl-accepting chemotaxis protein  45.91 
 
 
164 aa  164  5e-40  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0735034  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1206  methyl-accepting chemotaxis protein  45.28 
 
 
164 aa  163  1.0000000000000001e-39  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2233  putative PAS/PAC sensor protein  43.9 
 
 
177 aa  160  6e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.17522 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1323  methyl-accepting chemotaxis protein  44.03 
 
 
165 aa  159  1e-38  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1204  methyl-accepting chemotaxis protein  44.03 
 
 
165 aa  159  1e-38  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0158  PAS sensor protein  45.06 
 
 
170 aa  157  5e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00559927  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0540  methyl-accepting chemotaxis protein  43.12 
 
 
166 aa  153  1e-36  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0963  putative PAS domain signal transduction sensor protein  42.68 
 
 
163 aa  150  7e-36  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.598174  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1012  methyl-accepting chemotaxis protein  40.49 
 
 
171 aa  149  1e-35  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.63093  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1223  signal-transduction sensor protein  46.62 
 
 
189 aa  145  2.0000000000000003e-34  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.658782  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2812  putative PAS/PAC sensor protein  48.18 
 
 
166 aa  143  1e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.494423  decreased coverage  0.000000324615 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3951  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  40.41 
 
 
529 aa  135  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.226395  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4064  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  40.41 
 
 
529 aa  135  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0995  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.31 
 
 
517 aa  134  5e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0729  PAS  45.45 
 
 
945 aa  132  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0635035  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2022  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  46.1 
 
 
748 aa  132  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1652  putative PAS/PAC sensor protein  45.97 
 
 
127 aa  131  5e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.129926  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03711  methyl-accepting chemotaxis transducer transmembrane protein  41.78 
 
 
529 aa  130  6e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.784638  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1888  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  40.56 
 
 
521 aa  130  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.378373  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3481  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.56 
 
 
521 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.41765 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0659  putative PAS/PAC sensor protein  50.83 
 
 
164 aa  129  1.0000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3595  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.91 
 
 
515 aa  130  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1522  PAS sensor protein  38.82 
 
 
225 aa  127  6e-29  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.533099  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2257  aerotaxis receptor Aer-1  39.86 
 
 
521 aa  127  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.215452  normal  0.0215353 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1618  chemotaxis sensory transducer  43.97 
 
 
557 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.126465 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1800  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.93 
 
 
521 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.258308  normal  0.504821 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1536  methyl-accepting chemotaxis protein  44.78 
 
 
716 aa  125  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.566253  normal  0.284447 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2406  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.8 
 
 
566 aa  125  3e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3109  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.94 
 
 
522 aa  125  3e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2808  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  45.45 
 
 
522 aa  125  3e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2891  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  46.83 
 
 
522 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0389  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.13 
 
 
419 aa  124  5e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2111  aerotaxis receptor Aer-2  45.6 
 
 
521 aa  124  6e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0317394 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1630  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  40.88 
 
 
521 aa  124  6e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.814601 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1280  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  45.97 
 
 
522 aa  124  6e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.160306 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1653  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  45.6 
 
 
521 aa  124  7e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.976535  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0130  PAS sensor protein  37.5 
 
 
451 aa  124  8.000000000000001e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3097  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.97 
 
 
522 aa  124  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0674  PAS  40.88 
 
 
544 aa  124  9e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3628  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.8 
 
 
521 aa  124  9e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2648  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  45.19 
 
 
520 aa  124  9e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1385  methyl-accepting chemotaxis protein  47.2 
 
 
520 aa  123  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3240  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.16 
 
 
533 aa  123  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2987  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  46.03 
 
 
522 aa  123  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2525  putative PAS/PAC sensor protein  42.21 
 
 
208 aa  123  1e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0659487  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3813  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.97 
 
 
521 aa  122  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.629648  normal  0.0156802 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3087  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.97 
 
 
522 aa  122  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5601  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.7 
 
 
551 aa  122  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.510218  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44300  aerotaxis receptor Aer  44.09 
 
 
521 aa  122  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3519  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  42.11 
 
 
514 aa  122  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1196  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.88 
 
 
522 aa  122  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1933  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  45.53 
 
 
598 aa  122  3e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0064  PAS sensor protein  39.46 
 
 
456 aa  121  5e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.106866  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24380  aerotaxis receptor Aer  45.67 
 
 
567 aa  120  6e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0650163  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3770  aerotaxis receptor Aer  44.09 
 
 
521 aa  120  7e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0805  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.09 
 
 
511 aa  120  8e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3406  PAS  40.88 
 
 
521 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.387271  normal  0.671486 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0530  methyl-accepting chemotaxis protein  44.19 
 
 
569 aa  120  9.999999999999999e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.667624  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1867  chemotaxis sensory transducer  44.29 
 
 
714 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.133032 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3682  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.7 
 
 
552 aa  119  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0302709 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000496  methyl-accepting chemotaxis protein  42.55 
 
 
520 aa  120  9.999999999999999e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0232366  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3735  PAS  43.51 
 
 
521 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.065462 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2936  putative PAS/PAC sensor protein  37.14 
 
 
201 aa  119  1.9999999999999998e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.178135  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1648  aerotaxis receptor  39.31 
 
 
521 aa  119  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2920  aerotaxis sensor receptor  47.06 
 
 
549 aa  119  3e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1902  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.78 
 
 
521 aa  119  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00326538  normal  0.948878 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3295  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.41 
 
 
519 aa  118  3.9999999999999996e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2984  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer, Pas/Pac sensor  47.9 
 
 
565 aa  118  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6942  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.24 
 
 
566 aa  118  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.819674  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2014  aerotaxis receptor  42.74 
 
 
521 aa  118  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0223  PAS  43.55 
 
 
1214 aa  117  4.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1363  PAS  40 
 
 
544 aa  118  4.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000284571 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38670  aerotaxis sesnor; AerP  41.83 
 
 
313 aa  117  4.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3219  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  45.76 
 
 
516 aa  117  6e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.1353  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1324  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  39.58 
 
 
523 aa  117  7e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.587106  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3460  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.41 
 
 
520 aa  117  7.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1621  methyl-accepting chemotaxis protein  47.32 
 
 
513 aa  116  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.113175  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2372  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  48 
 
 
579 aa  116  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0839  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  41.73 
 
 
511 aa  116  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>