More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_3988 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00976  hydrogenase 1, large subunit  64.55 
 
 		 597 aa  815    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.170036  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2671  nickel-dependent hydrogenase large subunit  64.55 
 
 		 597 aa  815    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00020942  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1592  nickel-dependent hydrogenase large subunit  60.62 
 
 		 572 aa  712    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.663154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1081  hydrogenase 1 large subunit  64.55 
 
 		 597 aa  815    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.674487  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  54.28 
 
 		 570 aa  639    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0165  nickel-iron hydrogenase, large subunit  77.46 
 
 		 597 aa  975    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0497936  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1798  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  72.07 
 
 		 600 aa  909    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.570579  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1209  hydrogenase 1 large subunit  64.38 
 
 		 597 aa  813    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3988  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  100 
 
 		 598 aa  1243    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2144  hydrogenase 1 large subunit  64.55 
 
 		 597 aa  815    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.375749  normal  0.757738 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1650  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  72.07 
 
 		 600 aa  909    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50580  Membrane bound nickel-dependent hydrogenase, large subunit, HoxG  68.06 
 
 		 602 aa  834    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.980558  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1375  Ni-Fe hydrogenase large chain  55.48 
 
 		 596 aa  666    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0200361  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1709  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  72.07 
 
 		 600 aa  909    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0496  hydrogenase protein large subunit  74.54 
 
 		 596 aa  947    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1447  hydrogenase large chain  60.34 
 
 		 572 aa  721    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333249  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1633  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  71.91 
 
 		 600 aa  908    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3286  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  55.41 
 
 		 585 aa  665    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1162  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  72.91 
 
 		 596 aa  930    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.122791  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1266  Ni-Fe hydrogenase large chain  56.25 
 
 		 583 aa  667    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3375  hypothetical protein  74.2 
 
 		 596 aa  950    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.281049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1151  nickel-dependent hydrogenase large subunit  65.19 
 
 		 605 aa  825    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.238677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1155  nickel-dependent hydrogenase large subunit  76.31 
 
 		 597 aa  970    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.295857  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1985  hydrogenase 1 large subunit  64.09 
 
 		 597 aa  816    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3771  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  75.34 
 
 		 597 aa  949    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292608  normal  0.910106 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7264  nickel-dependent hydrogenase large subunit  71.52 
 
 		 596 aa  917    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1163  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  77.36 
 
 		 597 aa  968    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.28682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1297  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  67.15 
 
 		 619 aa  838    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0139093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1861  nickel-dependent hydrogenase large subunit  60.17 
 
 		 572 aa  713    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1929  hydrogenase 1 large subunit  63.93 
 
 		 597 aa  816    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2028  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  73.52 
 
 		 595 aa  934    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  59.38 
 
 		 570 aa  714    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  55.41 
 
 		 585 aa  665    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.308731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1642  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  72.07 
 
 		 600 aa  909    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.251142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1088  hydrogenase 1 large subunit  64.55 
 
 		 597 aa  815    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000594285  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2174  nickel-dependent hydrogenase large subunit  66.83 
 
 		 604 aa  837    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0021467  normal  0.160198 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0337  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  70.18 
 
 		 598 aa  883    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0168031  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2342  hydrogenase 1 large subunit  64.38 
 
 		 597 aa  812    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.514327  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0836  nickel-dependent hydrogenase large subunit  63.55 
 
 		 604 aa  797    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  60.45 
 
 		 572 aa  715    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1997  uptake hydrogenase large subunit precursor  77.09 
 
 		 596 aa  976    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3098  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  73.29 
 
 		 597 aa  936    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  60.45 
 
 		 572 aa  715    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2147  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  74.54 
 
 		 596 aa  947    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0605986  normal  0.266797 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  55.4 
 
 		 578 aa  662    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1925  hydrogenase 1 large subunit  63.93 
 
 		 597 aa  816    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  60.17 
 
 		 572 aa  716    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1347  hydrogenase 1 large subunit  63.93 
 
 		 597 aa  818    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1974  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  68.71 
 
 		 618 aa  877    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.688051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1531  hydrogenase 1 large subunit  63.93 
 
 		 597 aa  815    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.447937  normal  0.256595 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00983  hypothetical protein  64.55 
 
 		 597 aa  815    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.201249  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2826  nickel-iron hydrogenase, large subunit  70.32 
 
 		 618 aa  883    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.652434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  54.02 
 
 		 570 aa  632  1e-180  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0179  uptake hydrogenase large subunit  53.97 
 
 		 570 aa  631  1e-180  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00347  Ni-Fe hydrogenase large chain  50.39 
 
 		 625 aa  630  1e-179  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  54.11 
 
 		 566 aa  625  1e-178  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  53.95 
 
 		 564 aa  619  1e-176  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.254382  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  53.94 
 
 		 566 aa  618  1e-176  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0053  nickel-dependent hydrogenase large subunit  51.11 
 
 		 633 aa  614  9.999999999999999e-175  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000725575  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  52.83 
 
 		 569 aa  608  9.999999999999999e-173  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  51.97 
 
 		 566 aa  600  1e-170  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  51.02 
 
 		 573 aa  582  1.0000000000000001e-165  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  51.37 
 
 		 546 aa  565  1e-160  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  47.19 
 
 		 571 aa  542  1e-153  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3136  nickel-dependent hydrogenase large subunit  46.94 
 
 		 559 aa  539  9.999999999999999e-153  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  46.77 
 
 		 560 aa  541  9.999999999999999e-153  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1946  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  47.62 
 
 		 560 aa  539  9.999999999999999e-153  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2915  nickel-dependent hydrogenase large subunit  47.02 
 
 		 571 aa  536  1e-151  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.289083 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1126  Cytochrome-c3 hydrogenase  46.77 
 
 		 559 aa  537  1e-151  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2129  nickel-dependent hydrogenase large subunit  45.81 
 
 		 585 aa  535  1e-150  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.85862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  46.42 
 
 		 559 aa  530  1e-149  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3971  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  47.72 
 
 		 570 aa  513  1e-144  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.533836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2503  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  47.55 
 
 		 567 aa  514  1e-144  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.153272 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02870  hydrogenase 2, large subunit  45.88 
 
 		 567 aa  504  1e-141  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0702  nickel-dependent hydrogenase large subunit  45.88 
 
 		 567 aa  504  1e-141  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02819  hypothetical protein  45.88 
 
 		 567 aa  504  1e-141  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  45.88 
 
 		 567 aa  503  1e-141  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3421  hydrogenase 2 large subunit  45.88 
 
 		 567 aa  504  1e-141  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4306  hydrogenase 2 large subunit  45.88 
 
 		 567 aa  504  1e-141  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.228665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4091  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  47.14 
 
 		 568 aa  505  1e-141  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0995107  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  45.88 
 
 		 567 aa  504  1e-141  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3174  hydrogenase 2 large subunit  45.88 
 
 		 567 aa  504  1e-141  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  45.88 
 
 		 567 aa  504  1e-141  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  46.02 
 
 		 568 aa  500  1e-140  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  45.28 
 
 		 566 aa  495  1e-139  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3520  nickel-dependent hydrogenase large subunit  44.89 
 
 		 567 aa  496  1e-139  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3495  hydrogenase 2 large subunit  45.04 
 
 		 567 aa  494  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.233634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3320  hydrogenase 2 large subunit  45.04 
 
 		 567 aa  494  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.118706  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3400  hydrogenase 2 large subunit  45.04 
 
 		 567 aa  494  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3394  hydrogenase 2 large subunit  45.04 
 
 		 567 aa  494  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.571998 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3329  hydrogenase 2 large subunit  45.04 
 
 		 567 aa  494  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  44.94 
 
 		 567 aa  488  1e-136  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4240  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  44.92 
 
 		 563 aa  488  1e-136  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0766  nickel-dependent hydrogenase large subunit  45.47 
 
 		 569 aa  484  1e-135  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1038  nickel-dependent hydrogenase large subunit  45.19 
 
 		 558 aa  479  1e-134  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.368471  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1821  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  44.1 
 
 		 567 aa  479  1e-134  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.545248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1678  hydrogenase large chain  43.76 
 
 		 567 aa  481  1e-134  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  44.43 
 
 		 566 aa  481  1e-134  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2098  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, large subunit  43.76 
 
 		 567 aa  476  1e-133  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1879  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  43.93 
 
 		 567 aa  478  1e-133  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>