More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_3790 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_3790  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 235 aa  472  1e-132  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000195314  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3083  transcriptional regulator, GntR family  71.7 
 
 		 237 aa  311  7.999999999999999e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3108  transcriptional regulator, GntR family  65.18 
 
 		 239 aa  296  2e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00120217  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4153  GntR family transcriptional regulator  51.87 
 
 		 244 aa  221  6e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.947697  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2798  GntR family transcriptional regulator  55.77 
 
 		 253 aa  216  2e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.197773  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4641  transcriptional regulator, GntR family  55.77 
 
 		 249 aa  209  4e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3565  transcriptional regulator, GntR family  55.77 
 
 		 249 aa  209  4e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181866  normal  0.165295 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1198  GntR family transcriptional regulator  48.31 
 
 		 245 aa  201  6e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5670  GntR family transcriptional regulator  52.15 
 
 		 242 aa  199  3e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2973  GntR family transcriptional regulator  49.33 
 
 		 251 aa  189  4e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3365  GntR family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 247 aa  187  1e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0204  GntR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 262 aa  181  8.000000000000001e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4203  GntR family transcriptional regulator  46.12 
 
 		 255 aa  178  4.999999999999999e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.137174  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5719  transcriptional regulator, GntR family  43.95 
 
 		 238 aa  172  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5954  transcriptional regulator, GntR family  43.63 
 
 		 222 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0377161 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3903  GntR family transcriptional regulator  42.92 
 
 		 246 aa  155  4e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3165  GntR family transcriptional regulator  42.92 
 
 		 246 aa  155  6e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.728398  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2933  GntR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 245 aa  151  1e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7094  transcriptional regulator, GntR family  41.67 
 
 		 222 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.113037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3023  GntR family transcriptional regulator  43.07 
 
 		 236 aa  149  5e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4680  GntR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 260 aa  146  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.895143  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4309  GntR family transcriptional regulator  41.63 
 
 		 243 aa  146  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.405303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0156  GntR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 241 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3152  GntR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 235 aa  144  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.26318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4140  GntR family transcriptional regulator  43.35 
 
 		 219 aa  144  1e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00242001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2783  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  37.18 
 
 		 266 aa  142  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.987951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1743  GntR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 219 aa  143  3e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.821551  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1997  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  40.95 
 
 		 226 aa  142  4e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2908  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  37.39 
 
 		 231 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00158542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2875  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  36.96 
 
 		 231 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8640  transcriptional regulator, GntR family  39.17 
 
 		 230 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395019  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5085  transcriptional regulator GntR family  35.53 
 
 		 246 aa  140  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.131257  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3096  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  36.97 
 
 		 225 aa  137  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2991  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  36.97 
 
 		 225 aa  137  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0247222 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2939  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  36.97 
 
 		 225 aa  137  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150864 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2907  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  36.97 
 
 		 225 aa  137  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2974  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  36.97 
 
 		 225 aa  137  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554532  normal  0.0581705 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3933  transcriptional regulator, GntR family  41.12 
 
 		 236 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.787186  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5700  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 247 aa  134  8e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.413406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5583  GntR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 241 aa  132  6e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42685 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0876  GntR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 220 aa  132  6.999999999999999e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.398436  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0224  transcriptional regulator, GntR family  42.56 
 
 		 227 aa  131  9e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0960  transcriptional regulator  42.57 
 
 		 226 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.411969 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02520  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.75 
 
 		 220 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1019  transcriptional regulator, GntR family  35.75 
 
 		 220 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1042  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  35.75 
 
 		 220 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02484  hypothetical protein  35.75 
 
 		 220 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2799  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  35.75 
 
 		 220 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2784  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  35.75 
 
 		 220 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.220351 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2944  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  35.75 
 
 		 220 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3906  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  35.75 
 
 		 220 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.429563 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5982  GntR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 235 aa  128  8.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.28377 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3217  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  35.27 
 
 		 220 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7093  transcriptional regulator, GntR family  35.12 
 
 		 224 aa  125  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.119669  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5953  transcriptional regulator, GntR family  35.61 
 
 		 224 aa  123  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651085  normal  0.0380656 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3459  transcriptional regulator, GntR family  39.18 
 
 		 245 aa  122  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3918  regulatory protein GntR HTH  35.44 
 
 		 235 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.306871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00828  hypothetical protein  29.36 
 
 		 225 aa  110  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1944  hypothetical protein  36.08 
 
 		 234 aa  110  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2702  putative transcriptional regulator, GntR family  31.88 
 
 		 219 aa  109  3e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001646  transcriptional regulator LuxZ  30.05 
 
 		 214 aa  103  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000706033  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4402  transcriptional regulator, GntR family  32.89 
 
 		 223 aa  102  5e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225327  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3037  GntR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 221 aa  102  6e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2768  transcriptional regulator, GntR family  35.07 
 
 		 222 aa  97.1  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.319165  normal  0.0289974 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2536  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 242 aa  86.3  3e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00251581  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2023  transcriptional regulator, GntR family  30.84 
 
 		 251 aa  80.9  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 217 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4029  GntR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 215 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3493  GntR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 215 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.552869 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2350  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 242 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 223 aa  78.2  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0163  GntR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 229 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000281276 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0182  GntR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 229 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.167799 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 233 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5066  GntR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 232 aa  75.9  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.219495  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0181  GntR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 229 aa  75.9  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454577  normal  0.894817 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  29.6 
 
 		 226 aa  75.1  0.0000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4649  GntR domain protein  40 
 
 		 140 aa  74.7  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5785  GntR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 231 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.827146  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  31.34 
 
 		 223 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 223 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 229 aa  73.6  0.000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3010  GntR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 209 aa  73.6  0.000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 211 aa  73.2  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 223 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 223 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 223 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2025  transcriptional regulator, GntR family  29.9 
 
 		 232 aa  72.8  0.000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00234923  hitchhiker  0.0065159 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  28.84 
 
 		 223 aa  72.8  0.000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 223 aa  72.8  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1661  GntR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 230 aa  72.4  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 223 aa  72  0.000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273195  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 240 aa  72  0.000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 211 aa  72  0.000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 219 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 219 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 223 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 223 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 213 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 223 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>