More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_3474 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_3474  porin  100 
 
 
384 aa  758    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00203539  normal  0.190966 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5850  porin  30.69 
 
 
366 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  31.71 
 
 
362 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000207768  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1069  porin Gram-negative type  34.63 
 
 
372 aa  125  9e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.992947  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1907  porin  28.75 
 
 
371 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.178405  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4097  outer membrane porin  29.22 
 
 
374 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.552753  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4644  porin  30.02 
 
 
387 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.182536  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  31.98 
 
 
374 aa  104  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1084  porin Gram-negative type  33.09 
 
 
370 aa  103  5e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0141489  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0682  porin  30.36 
 
 
362 aa  103  7e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.821761  normal  0.272491 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0610  porin Gram-negative type  30.4 
 
 
400 aa  102  8e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2603  porin  36.59 
 
 
335 aa  101  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00285277  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0661  porin Gram-negative type  31.08 
 
 
362 aa  101  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0957089  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1304  porin  30.92 
 
 
349 aa  100  4e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.916901 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5954  porin  29.79 
 
 
327 aa  100  4e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.77832  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  29.53 
 
 
335 aa  100  4e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3532  porin  29.01 
 
 
350 aa  98.2  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.869887 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1088  porin  29.16 
 
 
414 aa  96.3  7e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56864  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  30.69 
 
 
351 aa  96.3  8e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000517962  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0932  porin  30.67 
 
 
344 aa  95.1  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.444223  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  35.71 
 
 
369 aa  93.6  5e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000349197  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  30.34 
 
 
329 aa  93.2  7e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  29.47 
 
 
338 aa  92  1e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4252  porin  30.67 
 
 
385 aa  90.9  4e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.73857  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0338  porin  26.37 
 
 
431 aa  90.5  4e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1984  porin Gram-negative type  27.06 
 
 
367 aa  89.7  7e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000864013  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3158  porin  29.53 
 
 
368 aa  89.4  9e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.410423  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0350  porin  26.89 
 
 
431 aa  89.4  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.675543  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4768  porin  28.84 
 
 
384 aa  89.4  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3751  porin  27.44 
 
 
336 aa  88.6  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3032  porin Gram-negative type  27.95 
 
 
336 aa  88.2  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0983473  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0724  porin  26.28 
 
 
348 aa  88.6  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0829  OmpC family outer membrane porin  29.41 
 
 
362 aa  88.2  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0039007  normal  0.098536 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4436  porin  29.3 
 
 
383 aa  87.8  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.412738 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4344  porin  27.69 
 
 
340 aa  87.4  4e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5190  outer membrane porin  26.63 
 
 
371 aa  86.7  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.353922 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6406  porin Gram-negative type  38.8 
 
 
381 aa  86.3  8e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0225  outer membrane protein (porin)  34 
 
 
383 aa  86.3  8e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.436147  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4383  putative porin precursor transmembrane protein  29.81 
 
 
355 aa  86.3  8e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1085  porin Gram-negative type  29.41 
 
 
381 aa  85.5  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.923155  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4209  porin  29.7 
 
 
395 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0172598  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4157  porin  29.7 
 
 
395 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.142098  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3126  porin  37.97 
 
 
394 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0189644  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2085  porin Gram-negative type  28.19 
 
 
344 aa  84.7  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5966  porin  33.74 
 
 
380 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.084261 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  29.66 
 
 
354 aa  84.7  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1873  outer membrane protein (porin)  31.02 
 
 
395 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000645139  normal  0.212155 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1755  outer membrane protein (porin)  27.47 
 
 
344 aa  84  0.000000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  32.79 
 
 
352 aa  83.6  0.000000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3880  porin  29.04 
 
 
384 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00909398  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  28.46 
 
 
355 aa  83.2  0.000000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  33.47 
 
 
401 aa  82.8  0.000000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7084  outer membrane protein (porin)  33.88 
 
 
394 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6717  porin  37.06 
 
 
382 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.653963  normal  0.435902 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  30.43 
 
 
360 aa  82.8  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6482  porin  37.06 
 
 
382 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0226396  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0812  OmpC family outer membrane porin  33.73 
 
 
388 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.366822 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1725  porin  27.08 
 
 
348 aa  81.6  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.340698 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0649  porin  30.87 
 
 
344 aa  81.3  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220947  normal  0.240142 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4283  porin  33.6 
 
 
380 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0748908  normal  0.344647 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3679  porin  28.97 
 
 
339 aa  80.5  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0438317  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6095  porin  32.51 
 
 
405 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0168383  normal  0.319683 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2679  putative outer membrane protein (porin)  28.75 
 
 
394 aa  80.5  0.00000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1231  OmpC family outer membrane porin  32.92 
 
 
396 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00623674  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0158  porin Gram-negative type  28.07 
 
 
347 aa  79.7  0.00000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0527  porin  30.9 
 
 
352 aa  80.1  0.00000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3288  porin  32.63 
 
 
380 aa  79.3  0.00000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0452  porin  33.47 
 
 
385 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14543  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5311  porin  34.27 
 
 
386 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0464  porin  37.01 
 
 
345 aa  79.3  0.0000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000937994  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2179  porin Gram-negative type  27.47 
 
 
344 aa  79  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2739  OmpC family outer membrane porin  29.38 
 
 
364 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0788528 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3359  porin  29.43 
 
 
394 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00120299  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0477  porin  33.06 
 
 
385 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4384  outer membrane protein, (porin)  28.2 
 
 
356 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1679  outer membrane protein (porin)  34 
 
 
380 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.537554  normal  0.868597 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5955  porin Gram-negative type  34.16 
 
 
384 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.144043  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3342  porin  34.27 
 
 
386 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592431 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2894  OmpC family outer membrane porin  38.5 
 
 
387 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.33569  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6063  porin  32.64 
 
 
390 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5837  porin  32.64 
 
 
390 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.543767 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7493  porin  36.67 
 
 
383 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0254041  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5195  outer membrane porin  25.31 
 
 
382 aa  77.8  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.163302  normal  0.133933 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  28.74 
 
 
386 aa  77.4  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1141  porin  28.15 
 
 
327 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.259275 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6078  porin  33.78 
 
 
390 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2847  porin  32.65 
 
 
389 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2803  outer membrane protein (porin)  34.82 
 
 
387 aa  77  0.0000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0760601  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0594  porin  27.07 
 
 
354 aa  76.3  0.0000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000227625  unclonable  3.1886500000000004e-18 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1003  porin  32.39 
 
 
383 aa  76.3  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000241018  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0963  porin  32.75 
 
 
383 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000213989  normal  0.474423 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6157  porin  38.42 
 
 
355 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0964625  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  26.8 
 
 
355 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  28.27 
 
 
386 aa  76.3  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  26.8 
 
 
355 aa  75.5  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  30.09 
 
 
379 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1453  outer membrane porin  32.23 
 
 
430 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3798  porin  31.4 
 
 
375 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0973702 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1232  OmpC family outer membrane porin  32.27 
 
 
402 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000106128  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0769  porin  28.05 
 
 
356 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.8463  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>