More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_3354 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
637 aa  1283    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.86 
 
 
637 aa  576  1.0000000000000001e-163  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.6 
 
 
637 aa  558  1e-157  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1559  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.15 
 
 
703 aa  466  9.999999999999999e-131  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.311559  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  38.9 
 
 
635 aa  417  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.63 
 
 
648 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.81 
 
 
638 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.79 
 
 
632 aa  400  9.999999999999999e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  38.47 
 
 
650 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.01 
 
 
650 aa  372  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  36.76 
 
 
650 aa  374  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  36.76 
 
 
650 aa  370  1e-101  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.36 
 
 
648 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.59 
 
 
648 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.36 
 
 
648 aa  357  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  37.36 
 
 
648 aa  357  5e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  37.83 
 
 
650 aa  347  4e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.57 
 
 
640 aa  318  2e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.37 
 
 
642 aa  277  5e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.66 
 
 
663 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  27.98 
 
 
639 aa  261  2e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  27.98 
 
 
639 aa  260  5.0000000000000005e-68  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.69 
 
 
645 aa  246  6.999999999999999e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.18 
 
 
649 aa  245  1.9999999999999999e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  26.81 
 
 
641 aa  238  2e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  27.26 
 
 
640 aa  230  6e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.29 
 
 
663 aa  228  3e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.37 
 
 
645 aa  221  3e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  27.05 
 
 
627 aa  217  5e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.19 
 
 
640 aa  216  9.999999999999999e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0160  hypothetical protein  26.76 
 
 
636 aa  213  1e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.22 
 
 
639 aa  209  1e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0574936  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  27.36 
 
 
649 aa  208  2e-52  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  26.11 
 
 
640 aa  209  2e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.07 
 
 
639 aa  208  3e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0227071  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.07 
 
 
639 aa  208  3e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0402432  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.52 
 
 
639 aa  207  4e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.27 
 
 
640 aa  207  6e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068585  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4323  GGDEF domain-containing protein  25.85 
 
 
639 aa  206  8e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.03 
 
 
640 aa  206  1e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  26.88 
 
 
639 aa  204  4e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  25.83 
 
 
649 aa  200  7e-50  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4104  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.38 
 
 
639 aa  200  7.999999999999999e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.950897  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4010  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.76 
 
 
639 aa  199  9e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.105132  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3911  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  25.76 
 
 
639 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.76 
 
 
639 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.27 
 
 
639 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230248  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.81 
 
 
640 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.78 
 
 
696 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.51 
 
 
644 aa  193  7e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  24.4 
 
 
654 aa  187  7e-46  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.29 
 
 
632 aa  172  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  26.68 
 
 
634 aa  171  5e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.99 
 
 
634 aa  167  6.9999999999999995e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.33 
 
 
642 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1449  cyclic-di-GMP regulatory protein  23.85 
 
 
640 aa  163  7e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957057  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.99 
 
 
783 aa  154  4e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.218721 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  30.5 
 
 
1076 aa  154  4e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.42 
 
 
634 aa  153  8.999999999999999e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1660  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.4 
 
 
698 aa  152  2e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.771152 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.59 
 
 
634 aa  150  7e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.38 
 
 
817 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.78 
 
 
928 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.575219 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.74 
 
 
583 aa  147  6e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.260448  normal  0.637098 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.14 
 
 
634 aa  146  1e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  28.48 
 
 
646 aa  145  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.14 
 
 
634 aa  145  2e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  25.73 
 
 
634 aa  144  4e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0465  regulatory protein CsrD  25.4 
 
 
661 aa  144  4e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.22 
 
 
803 aa  144  6e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  25.82 
 
 
634 aa  144  6e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.82 
 
 
634 aa  144  6e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.9 
 
 
731 aa  143  8e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00840861 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.99 
 
 
634 aa  143  8e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.52 
 
 
634 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.99 
 
 
634 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0034  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  29.71 
 
 
806 aa  140  4.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.75 
 
 
632 aa  140  6e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0397  regulatory protein CsrD  25.62 
 
 
638 aa  139  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.793153  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0464  regulatory protein CsrD  25.62 
 
 
638 aa  139  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01356  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  26.21 
 
 
635 aa  139  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1199  regulatory protein CsrD  25.62 
 
 
637 aa  139  1e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00499457  normal  0.0245438 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4116  regulatory protein CsrD  25.66 
 
 
631 aa  139  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0517  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.36 
 
 
1072 aa  139  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.251594  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.75 
 
 
738 aa  138  3.0000000000000003e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.21 
 
 
769 aa  136  9.999999999999999e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3491  regulatory protein CsrD  26.12 
 
 
636 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.4 
 
 
638 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2048  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.49 
 
 
671 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.127113  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2338  sensory box protein  29.98 
 
 
800 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.31 
 
 
623 aa  135  3e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3678  regulatory protein CsrD  26.18 
 
 
640 aa  135  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.012256  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0461  regulatory protein CsrD  25.89 
 
 
636 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3166  GGDEF domain-containing protein  27.38 
 
 
755 aa  134  5e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4658  hypothetical protein  29.67 
 
 
818 aa  134  6e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142401  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.86 
 
 
960 aa  134  6e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.433871 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.04 
 
 
951 aa  133  7.999999999999999e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2229  hypothetical protein  29.58 
 
 
1201 aa  133  9e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.186545  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.16 
 
 
818 aa  133  9e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.260128  decreased coverage  0.0078854 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1385  sensory box diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  29.67 
 
 
872 aa  133  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.562276  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>