280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_2199 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_2199  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  100 
 
 
339 aa  696    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1737  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.71 
 
 
348 aa  257  2e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00179211  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2098  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  43.55 
 
 
354 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.438328  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  43.96 
 
 
336 aa  237  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0137829  normal  0.0659803 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2505  folate-binding protein YgfZ  43.53 
 
 
345 aa  237  2e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.438476  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1464  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.47 
 
 
354 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.24907  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1881  folate-binding protein YgfZ  39.64 
 
 
348 aa  215  8e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.428189  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1432  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  41.4 
 
 
373 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2265  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  40.06 
 
 
361 aa  211  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.305668 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1041  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  38.06 
 
 
349 aa  210  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255858  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1937  folate-binding protein YgfZ  39.62 
 
 
357 aa  209  8e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.180565  normal  0.508771 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1379  folate-binding protein YgfZ  40.79 
 
 
345 aa  208  1e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1832  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.4 
 
 
344 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1804  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  39.6 
 
 
344 aa  207  3e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.173465  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1427  folate-binding protein YgfZ  38.89 
 
 
346 aa  204  1e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.345601  normal  0.255059 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6184  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.79 
 
 
344 aa  205  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2152  glycine cleavage T-protein superfamily protein  38.98 
 
 
348 aa  204  2e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.101306  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1468  folate-binding protein YgfZ  38.65 
 
 
346 aa  203  3e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.606747  normal  0.0230828 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1895  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.46 
 
 
344 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2322  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  38.56 
 
 
348 aa  203  4e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.200302  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3386  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  38.56 
 
 
348 aa  202  5e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1427  hypothetical protein  38.56 
 
 
348 aa  202  5e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2445  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  38.56 
 
 
348 aa  202  5e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2283  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  38.56 
 
 
348 aa  202  5e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.695664  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1191  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  38.56 
 
 
348 aa  202  5e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1918  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  38.56 
 
 
348 aa  202  5e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1918  folate-binding protein YgfZ  39.67 
 
 
310 aa  202  8e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.208988 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5195  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  39 
 
 
344 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.377997 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1904  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.59 
 
 
334 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.195861  normal  0.523701 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1946  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  39.64 
 
 
317 aa  189  8e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1782  hypothetical protein  37.35 
 
 
346 aa  186  4e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000345252  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2253  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.73 
 
 
317 aa  186  6e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2474  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.44 
 
 
347 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.839994  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2860  folate-binding protein YgfZ  39.06 
 
 
308 aa  183  4.0000000000000006e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0240  hypothetical protein  35.82 
 
 
356 aa  179  7e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.116766  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3414  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.78 
 
 
304 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.215504  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1876  folate-binding protein YgfZ  39.53 
 
 
319 aa  173  2.9999999999999996e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0515526 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2521  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.58 
 
 
317 aa  172  5.999999999999999e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0149913  hitchhiker  0.00318223 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1715  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.23 
 
 
311 aa  169  5e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.2209 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1989  folate-binding protein YgfZ  38.23 
 
 
311 aa  169  6e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1112  folate-binding protein YgfZ  36.4 
 
 
321 aa  169  6e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1391  folate-binding protein YgfZ  36.4 
 
 
321 aa  169  6e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1862  hypothetical protein  36.96 
 
 
323 aa  168  1e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.171418 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1003  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.1 
 
 
303 aa  166  5e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.82421  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3386  folate-binding protein YgfZ  39.1 
 
 
315 aa  165  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00306542  normal  0.164661 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4298  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.54 
 
 
313 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1423  hypothetical protein  37.2 
 
 
313 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3962  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.62 
 
 
315 aa  159  8e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.812707  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1357  glycine cleavage T protein  36.3 
 
 
313 aa  159  8e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.99203  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4228  hypothetical protein  37.42 
 
 
315 aa  158  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4388  folate-binding protein YgfZ  36.52 
 
 
313 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.410002  normal  0.740627 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1063  hypothetical protein  37.12 
 
 
313 aa  157  4e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1330  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.14 
 
 
328 aa  156  5.0000000000000005e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54480  hypothetical protein  34.6 
 
 
314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.812982 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0968  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.75 
 
 
336 aa  146  5e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.776071  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0727  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.24 
 
 
354 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000639994  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0047  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.42 
 
 
318 aa  139  6e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.21464  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13620  ygfZ-like protein  35.69 
 
 
315 aa  138  1e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3948  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.34 
 
 
321 aa  136  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.828839  normal  0.672374 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4761  hypothetical protein  35.29 
 
 
314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1463  GcvT-like aminomethyltransferase  37.33 
 
 
313 aa  134  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0953124  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2950  hypothetical protein  33.33 
 
 
321 aa  133  3e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.128339 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0881  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.86 
 
 
335 aa  134  3e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.876961 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0630  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.47 
 
 
323 aa  130  3e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.31258  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3890  folate-binding protein YgfZ  33.47 
 
 
320 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00117726  hitchhiker  0.00000179046 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4132  putative aminomethyltransferase  32.54 
 
 
324 aa  127  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.510492  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0557  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.82 
 
 
320 aa  126  5e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.17 
 
 
348 aa  126  6e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0717  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.79 
 
 
318 aa  126  6e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.822858  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0872  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.58 
 
 
320 aa  126  7e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3417  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.75 
 
 
318 aa  125  9e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0861  hypothetical protein  32.92 
 
 
318 aa  124  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0860  folate-binding protein YgfZ  31.17 
 
 
320 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0811  putative global regulator  30.77 
 
 
326 aa  123  4e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.535495  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3305  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.79 
 
 
318 aa  123  4e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0837  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.17 
 
 
320 aa  122  7e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3031  putative global regulator  30.77 
 
 
326 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3319  putative global regulator  30.9 
 
 
326 aa  121  9.999999999999999e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3198  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.18 
 
 
322 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4190  putative global regulator  30.77 
 
 
326 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3503  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.77 
 
 
320 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03546  aminomethyltransferase  31.11 
 
 
322 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1643  aminomethyltransferase family protein  29.37 
 
 
258 aa  120  3e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0969533  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0537  glycine cleavage T-protein  29.37 
 
 
258 aa  120  3e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000137098  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02730  putative global regulator  30.47 
 
 
326 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.302082  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0794  folate-binding protein YgfZ  30.47 
 
 
326 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3225  putative global regulator  30.47 
 
 
326 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3057  putative global regulator  30.47 
 
 
326 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02693  hypothetical protein  30.47 
 
 
326 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.345451  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3899  putative global regulator  28.82 
 
 
330 aa  117  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3217  putative global regulator  30.08 
 
 
326 aa  117  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.499063 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0851  putative global regulator  28.62 
 
 
333 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0637  putative global regulator  30.77 
 
 
333 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3205  putative global regulator  30.08 
 
 
326 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3283  putative global regulator  30.08 
 
 
326 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3280  putative global regulator  30.08 
 
 
326 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3140  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.25 
 
 
318 aa  116  5e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3385  putative global regulator  30.08 
 
 
326 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3316  putative global regulator  29.32 
 
 
326 aa  112  6e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0872  putative global regulator  28.52 
 
 
330 aa  112  7.000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>