62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_1235 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_1235  DNA ligase  100 
 
 
279 aa  556  1e-157  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0812  DNA ligase  60.78 
 
 
306 aa  309  3e-83  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1359  DNA ligase  60.32 
 
 
290 aa  292  4e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0077  DNA ligase  55.21 
 
 
298 aa  278  9e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1436  DNA ligase  54.69 
 
 
298 aa  273  2e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0073  DNA ligase  51.17 
 
 
279 aa  272  4e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.555561  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2019  DNA ligase  50.56 
 
 
295 aa  271  1e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1157  DNA ligase  49.63 
 
 
279 aa  269  3e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148017  normal  0.132142 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2204  DNA ligase  48.06 
 
 
311 aa  266  3e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2416  DNA ligase  51.92 
 
 
306 aa  266  3e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1484  DNA ligase  50 
 
 
282 aa  263  3e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2712  DNA ligase  56.86 
 
 
303 aa  263  3e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226859 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1838  DNA ligase  49.62 
 
 
315 aa  261  8e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00105408  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2191  DNA ligase  47.97 
 
 
302 aa  261  9e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.163072  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1886  DNA ligase  50.38 
 
 
315 aa  261  9e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  normal  0.840695 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2401  DNA ligase  48.21 
 
 
304 aa  261  1e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.980486 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2439  DNA ligase  50 
 
 
309 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.488176  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2268  DNA ligase  47.6 
 
 
302 aa  260  2e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.819174  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1852  DNA ligase  48.67 
 
 
315 aa  259  2e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0107738  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3497  DNA ligase  53.63 
 
 
337 aa  259  5e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2511  DNA ligase  50 
 
 
291 aa  253  2e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3695  DNA ligase  50.36 
 
 
295 aa  253  2e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1990  DNA ligase  51.57 
 
 
288 aa  251  8e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00542431 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1748  DNA ligase  48.85 
 
 
309 aa  249  3e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2739  DNA ligase  50.2 
 
 
283 aa  248  6e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003526  ATP-dependent DNA ligase  43.91 
 
 
281 aa  242  5e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2251  DNA ligase  51.55 
 
 
375 aa  241  1e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4404  DNA ligase  41.52 
 
 
292 aa  238  7e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2761  DNA ligase  51.55 
 
 
326 aa  237  1e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1587  DNA ligase  50 
 
 
270 aa  238  1e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  normal  0.257911 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1148  DNA ligase  42.5 
 
 
282 aa  236  3e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269751  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2639  DNA ligase  49.61 
 
 
281 aa  235  6e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00943925  normal  0.0523485 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1366  DNA ligase  42.55 
 
 
284 aa  235  6e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.332373  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03421  DNA ligase  45.19 
 
 
317 aa  234  9e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2369  DNA ligase  45.49 
 
 
279 aa  227  2e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.815308  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0584  DNA ligase  41.33 
 
 
272 aa  218  7e-56  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  2.50691e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1395  DNA ligase  41.11 
 
 
272 aa  214  2e-54  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.168291  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0782  DNA ligase  36.76 
 
 
275 aa  213  4e-54  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.200091  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1995  DNA ligase  49.17 
 
 
282 aa  212  4e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0244293  normal  0.371724 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1225  DNA ligase  42.62 
 
 
302 aa  209  3e-53  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0877468  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1841  DNA ligase  38.18 
 
 
282 aa  206  2e-52  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1665  DNA ligase  37.45 
 
 
282 aa  206  4e-52  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0036  DNA ligase  36.3 
 
 
312 aa  205  6e-52  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2043  DNA ligase  37.45 
 
 
282 aa  205  7e-52  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  1.83031e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1672  DNA ligase  40.55 
 
 
266 aa  199  3e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1324  DNA ligase  36.53 
 
 
269 aa  196  3e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1796  DNA ligase (ATP)  38.19 
 
 
271 aa  195  9e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0465  DNA ligase  36.68 
 
 
275 aa  174  1e-42  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51001  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18701  ATP-dependent DNA ligase  44.44 
 
 
437 aa  60.1  4e-08  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.570895  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18891  ATP-dependent DNA ligase  43.21 
 
 
437 aa  59.7  6e-08  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1772  ATP-dependent DNA ligase  43.21 
 
 
437 aa  58.9  8e-08  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18701  ATP-dependent DNA ligase  40.96 
 
 
412 aa  56.2  5e-07  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1648  PBCV-1 DNA ligase  24.66 
 
 
306 aa  51.2  2e-05  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.176774  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  41.89 
 
 
831 aa  49.3  7e-05  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  26.64 
 
 
864 aa  48.5  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  26.51 
 
 
825 aa  48.1  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  3.59668e-09 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  29.77 
 
 
901 aa  46.6  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.45 
 
 
522 aa  45.8  0.0008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1534  DNA ligase, ATP-dependent  26.06 
 
 
432 aa  44.7  0.002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  1.20841e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  38.89 
 
 
845 aa  43.5  0.004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  25.73 
 
 
847 aa  42.7  0.006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006687  CNE00160  expressed protein  29.38 
 
 
674 aa  42.7  0.006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.377444  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>