More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_1156 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 
469 aa  965    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1267  putative PAS/PAC sensor protein  43.39 
 
 
849 aa  286  5.999999999999999e-76  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0446298  normal  0.4297 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  39.5 
 
 
328 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2379  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.98 
 
 
1509 aa  183  5.0000000000000004e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0965  PAS:hemerythrin HHE cation binding region  52.35 
 
 
681 aa  177  3e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.94683  normal  0.555707 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0040  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.83 
 
 
1193 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.802864 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0081  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.83 
 
 
804 aa  174  3.9999999999999995e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0064  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.34 
 
 
803 aa  172  7.999999999999999e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.59154e-21 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2004  multi-sensor signal transduction histidine kinase  49.1 
 
 
634 aa  172  1e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000423635  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.85 
 
 
335 aa  172  1e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  33.24 
 
 
425 aa  171  3e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.74 
 
 
301 aa  171  4e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1062  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.63 
 
 
1027 aa  166  5.9999999999999996e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.782086  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.54 
 
 
424 aa  166  8e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0767  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.64 
 
 
1278 aa  158  2e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.74653 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  39.38 
 
 
492 aa  157  4e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.8 
 
 
419 aa  156  7e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.29 
 
 
820 aa  155  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  49.12 
 
 
342 aa  155  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.27 
 
 
314 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1469  HD-GYP domain-containing protein  32.8 
 
 
803 aa  154  2.9999999999999998e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0538  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.66 
 
 
860 aa  154  4e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.883741  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0771  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.66 
 
 
880 aa  154  5e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  33.23 
 
 
307 aa  153  5e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.85 
 
 
646 aa  153  5.9999999999999996e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  44.67 
 
 
343 aa  152  1e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  48.5 
 
 
353 aa  151  2e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.78 
 
 
578 aa  152  2e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.35 
 
 
705 aa  151  3e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.263072  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.48 
 
 
564 aa  150  5e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.04 
 
 
1078 aa  150  5e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  33.33 
 
 
320 aa  150  6e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.94 
 
 
505 aa  149  8e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.98 
 
 
352 aa  148  2.0000000000000003e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  32.01 
 
 
548 aa  147  3e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0589  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.01 
 
 
305 aa  147  3e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352095  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  35.26 
 
 
437 aa  147  4.0000000000000006e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  34.45 
 
 
312 aa  147  5e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  37.38 
 
 
634 aa  146  6e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.63 
 
 
730 aa  146  7.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  32.5 
 
 
316 aa  145  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  28.99 
 
 
418 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  32.4 
 
 
323 aa  146  1e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4141  diguanylate cyclase  49.06 
 
 
312 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00274749 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  50 
 
 
308 aa  145  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.22 
 
 
444 aa  145  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  32.93 
 
 
319 aa  145  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.66 
 
 
769 aa  145  2e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  47.78 
 
 
464 aa  145  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0936  GGDEF domain-containing protein  34.08 
 
 
301 aa  145  2e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000986982  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0630  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.94 
 
 
699 aa  145  2e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.37 
 
 
351 aa  145  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  39.02 
 
 
316 aa  145  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.86 
 
 
322 aa  144  3e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.31 
 
 
308 aa  144  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.86 
 
 
322 aa  144  3e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.31 
 
 
308 aa  144  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.65 
 
 
686 aa  144  3e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.51 
 
 
315 aa  144  4e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  42.73 
 
 
498 aa  144  4e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  33.33 
 
 
324 aa  144  5e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1622  putative PAS/PAC sensor protein  44.67 
 
 
565 aa  144  5e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0238251 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  42.49 
 
 
316 aa  143  6e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  43.41 
 
 
336 aa  143  6e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  46.43 
 
 
353 aa  143  7e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1933  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.86 
 
 
589 aa  143  7e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  47.34 
 
 
291 aa  143  8e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  40.82 
 
 
569 aa  142  9e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  33.02 
 
 
328 aa  142  9e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.29 
 
 
1000 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.48 
 
 
797 aa  142  9.999999999999999e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  41.36 
 
 
459 aa  142  9.999999999999999e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.12 
 
 
438 aa  142  1.9999999999999998e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  45.41 
 
 
565 aa  142  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2629  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.08 
 
 
607 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  47.13 
 
 
471 aa  141  1.9999999999999998e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  32.35 
 
 
736 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  39.77 
 
 
775 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  43.98 
 
 
457 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  42.31 
 
 
237 aa  141  1.9999999999999998e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  33.12 
 
 
320 aa  141  3e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  31.75 
 
 
324 aa  141  3e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  32.18 
 
 
323 aa  141  3e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1163  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.67 
 
 
325 aa  141  3e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  0.538197 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  28.67 
 
 
499 aa  141  3e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  31.75 
 
 
324 aa  141  3e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  31.75 
 
 
324 aa  141  3e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.56 
 
 
792 aa  140  3.9999999999999997e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  44.5 
 
 
457 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5563  putative two-component response regulator  45.09 
 
 
542 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.591571  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  44.38 
 
 
278 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  33.02 
 
 
328 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  46.51 
 
 
498 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  33.02 
 
 
328 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64050  putative two-component response regulator  45.09 
 
 
542 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  33.02 
 
 
328 aa  140  6e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2538  GGDEF domain-containing protein  41.85 
 
 
648 aa  139  7e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000110944  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0545  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.68 
 
 
896 aa  140  7e-32  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.91043  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.77 
 
 
309 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  34.55 
 
 
374 aa  139  7.999999999999999e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>