296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_R0023 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0037  tRNA-Ser  94.19 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.244587  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0035  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 89 bp  123  8e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387862 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0046  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40906  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0029  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0037  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.552726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0006  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0039  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0837952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0026  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0057  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 91 bp  117  5e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0009  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  115  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.56396 
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0044  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  115  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417846 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 91 bp  109  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0006  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 88 bp  107  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0049  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 90 bp  101  3e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430745  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0026  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0009  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0314444  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0026  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.199991  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0025  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.488761  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0049  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 90 bp  101  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0044  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 90 bp  101  3e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.656811 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0026  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0060  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0238234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0041  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 88 bp  99.6  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0730439  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0051  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 88 bp  99.6  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0034  tRNA-Ser  89.77 
 
 		 88 bp  95.6  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0467968  normal  0.352818 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0050  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0567726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0071  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.612949  normal  0.325522 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0001  tRNA-Ser  90 
 
 		 88 bp  91.7  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0008  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.682729 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0040  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 88 bp  85.7  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0008    85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0798492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0002  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0003  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0001  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.981732 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0044  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0003  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0016  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0009  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.4364  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0075  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0030  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0776  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0954361  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0003  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.642958  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  67.9  0.0000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0006  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0021  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00559548  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA5  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0419374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0058  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.325911  normal  0.0387574 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna38  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00055942 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0068  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  63.9  0.000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504463 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0046  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000102929  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000000406758  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0058  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000154227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0055  tRNA-Ser  87.3 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.265922  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0011  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0024  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.107228  normal  0.17939 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0056  tRNA-Ser  87.3 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.124384  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0056  tRNA-Ser  87.3 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.129701  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0036  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0038  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0053  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000135641  normal  0.305478 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t21  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0022  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4596  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0038  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer02  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.111902 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0066  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0055  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267129  decreased coverage  0.00667761 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.981637  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4577  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  100 
 
 		 126 bp  60  0.00000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0052  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.360325 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0056  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0268608  normal  0.036349 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0038  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t15  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  58  0.0000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>