298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_5935 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010513  Xfasm12_0063  outer membrane usher protein precursor  43.6 
 
 		 901 aa  689    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0335545  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0563  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  42.77 
 
 		 861 aa  638    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375359 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5935  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  100 
 
 		 1040 aa  2127    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0838  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  46.24 
 
 		 852 aa  656    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1696  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  45.06 
 
 		 872 aa  659    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5938  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  57.53 
 
 		 963 aa  1009    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2970  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  45.78 
 
 		 880 aa  687    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0574  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  45.53 
 
 		 852 aa  659    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4252  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  46.65 
 
 		 850 aa  679    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.22475 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4959  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  44.65 
 
 		 867 aa  659    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.45862 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4024  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  54.29 
 
 		 866 aa  931    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.469528 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0052  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  43.71 
 
 		 901 aa  691    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6927  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  44.75 
 
 		 886 aa  681    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.425262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1677  fimbrial usher protein  41.23 
 
 		 870 aa  605  1.0000000000000001e-171  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1788  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  41.23 
 
 		 870 aa  604  1.0000000000000001e-171  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0202884  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1151  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  41.32 
 
 		 866 aa  600  1e-170  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6638  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  43.27 
 
 		 884 aa  589  1e-167  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00144126  decreased coverage  0.000000000434399 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1016  usher CupB3  40.7 
 
 		 842 aa  578  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11080  usher CupB3  40.17 
 
 		 844 aa  575  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3032  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  39.71 
 
 		 930 aa  551  1e-155  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6669  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  39.15 
 
 		 856 aa  546  1e-154  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.124902 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0117  outer membrane usher protein  39.07 
 
 		 939 aa  533  1e-150  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1817  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.33 
 
 		 851 aa  523  1e-147  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513641 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1600  outer membrane usher protein  38.7 
 
 		 913 aa  524  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.68483  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0128  fimbrial usher protein  38.7 
 
 		 914 aa  524  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0152  fimbrial usher protein  38.45 
 
 		 914 aa  521  1e-146  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1534  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.94 
 
 		 880 aa  511  1e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.155889  normal  0.781332 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3021  usher  38.41 
 
 		 868 aa  509  1e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.383508  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37030  usher  38.23 
 
 		 872 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.302573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3520  putative outer membrane usher protein  36.83 
 
 		 866 aa  500  1e-140  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.315338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4044  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.2 
 
 		 883 aa  501  1e-140  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.318083  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00138  predicted outer membrane usher protein  36.25 
 
 		 866 aa  497  1e-139  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.242509  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3463  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.21 
 
 		 865 aa  499  1e-139  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.93384  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0169  fimbrial usher protein  35.09 
 
 		 883 aa  499  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00137  hypothetical protein  36.25 
 
 		 861 aa  497  1e-139  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.206495  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0168  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.84 
 
 		 864 aa  489  1e-137  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2874  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.86 
 
 		 840 aa  492  1e-137  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0142  putative outer membrane usher protein  36.13 
 
 		 866 aa  492  1e-137  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0236514  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0148  putative outer membrane usher protein  35.67 
 
 		 866 aa  487  1e-136  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.234756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0501  fimbrial usher protein  34.97 
 
 		 875 aa  488  1e-136  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.316711  decreased coverage  0.00141222 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2281  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.82 
 
 		 876 aa  485  1e-135  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2235  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.11 
 
 		 819 aa  478  1e-133  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0323635 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2831  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.74 
 
 		 887 aa  477  1e-133  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3755  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.31 
 
 		 851 aa  479  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5823  outer membrane usher protein fimD  34.71 
 
 		 878 aa  473  1e-132  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50645  normal  0.941906 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04186  outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis  34.36 
 
 		 878 aa  474  1e-132  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2274  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.22 
 
 		 863 aa  474  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04148  hypothetical protein  34.36 
 
 		 878 aa  474  1e-132  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1665  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.63 
 
 		 929 aa  474  1e-132  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2165  fimbrial usher protein  36.22 
 
 		 854 aa  474  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.795647  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0150  putative outer membrane usher protein  35.71 
 
 		 866 aa  473  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0557898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2108  fimbrial usher protein  36.1 
 
 		 854 aa  471  1.0000000000000001e-131  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0164187  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3680  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.24 
 
 		 878 aa  470  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3974  putative outer membrane usher protein  37.35 
 
 		 866 aa  473  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.183336  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4844  outer membrane usher protein fimD  34.59 
 
 		 856 aa  470  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1053  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.65 
 
 		 837 aa  471  1.0000000000000001e-131  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0207  putative outer membrane usher protein  36.71 
 
 		 888 aa  473  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4543  outer membrane usher protein fimD  34.53 
 
 		 863 aa  473  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0863199  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1133  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.93 
 
 		 844 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.127861 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1071  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.04 
 
 		 877 aa  468  9.999999999999999e-131  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.176017 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1666  fimbrial usher family protein  34.65 
 
 		 871 aa  465  1e-129  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.504139 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4405  usher CupC3  35.29 
 
 		 839 aa  462  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0763  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.53 
 
 		 852 aa  462  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.794501  normal  0.0266103 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0300  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.37 
 
 		 850 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0209  putative outer membrane usher protein  35.77 
 
 		 865 aa  458  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.747927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0025  outer membrane usher protein FimD  35.26 
 
 		 888 aa  450  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0588197  normal  0.0296149 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3044  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.41 
 
 		 828 aa  450  1e-125  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.120847  normal  0.603969 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3292  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.07 
 
 		 835 aa  449  1e-125  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0249983 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0024  outer membrane usher protein FimD  35.26 
 
 		 873 aa  450  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.267854  normal  0.163844 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51450  usher CupC3  34.06 
 
 		 839 aa  451  1e-125  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.390609  hitchhiker  0.000267992 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1521  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.37 
 
 		 871 aa  450  1e-125  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.911092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0025  outer membrane usher protein FimD  35.26 
 
 		 888 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.028823  normal  0.118886 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3924  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.13 
 
 		 875 aa  448  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.215778  normal  0.607518 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0026  outer membrane usher protein FimD  35.26 
 
 		 888 aa  449  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.213099  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0026  outer membrane usher protein FimD  35.26 
 
 		 888 aa  449  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0792355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3960  outer membrane usher protein FimD  35.48 
 
 		 842 aa  446  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0832  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.55 
 
 		 853 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.646384  normal  0.17108 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0592  outer membrane usher protein SfmD  34.93 
 
 		 870 aa  448  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0701442  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0656  outer membrane usher protein SfmD  34.93 
 
 		 870 aa  446  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3811  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.13 
 
 		 875 aa  448  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.647139  normal  0.153634 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4155  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.02 
 
 		 836 aa  449  1.0000000000000001e-124  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0595  outer membrane usher protein SfmD  35.05 
 
 		 870 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232455 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3851  outer membrane usher protein FimD  35.48 
 
 		 842 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3916  fimbrial usher protein  35.48 
 
 		 842 aa  445  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.834184 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0599  fimbrial usher protein  34.93 
 
 		 870 aa  446  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0484781 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0591  outer membrane usher protein SfmD  34.93 
 
 		 870 aa  446  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.053453 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03011  predicted outer membrane protein  34.12 
 
 		 838 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0561  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.12 
 
 		 838 aa  442  9.999999999999999e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02962  hypothetical protein  34.12 
 
 		 838 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1477  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.01 
 
 		 890 aa  440  9.999999999999999e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.432789  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4462  fimbrial usher family protein  34.24 
 
 		 863 aa  442  9.999999999999999e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0554  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.04 
 
 		 838 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0981109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1365  fimbrial usher protein  34.01 
 
 		 833 aa  441  9.999999999999999e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.347917  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0990  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.06 
 
 		 833 aa  442  9.999999999999999e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709661 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3626  fimbrial usher family protein  34.12 
 
 		 838 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3336  fimbrial usher family protein  33.91 
 
 		 838 aa  436  1e-120  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.559371  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0577  outer membrane usher protein SfmD  33.33 
 
 		 869 aa  433  1e-120  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.5582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2179  outer membrane usher protein fimD-like protein  33.37 
 
 		 866 aa  433  1e-120  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.932643  normal  0.834799 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1023  outer membrane usher protein  33.73 
 
 		 850 aa  431  1e-119  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1055  outer membrane usher protein fimD  33.25 
 
 		 866 aa  432  1e-119  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>