233 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_5790 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_5790  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 90 aa  179  1e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.902407  hitchhiker  0.00485473 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0540  helix-turn-helix domain-containing protein  70 
 
 		 90 aa  127  6e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.229999 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1892  transcriptional regulator, XRE family  55.81 
 
 		 89 aa  100  8e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.883347  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  67.21 
 
 		 94 aa  85.1  3e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  67.21 
 
 		 94 aa  85.1  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  67.21 
 
 		 94 aa  85.1  3e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  67.21 
 
 		 94 aa  85.1  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  67.21 
 
 		 94 aa  85.1  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  67.21 
 
 		 94 aa  85.1  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  67.21 
 
 		 94 aa  85.1  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  65 
 
 		 91 aa  80.9  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  63.79 
 
 		 91 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  57.81 
 
 		 73 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  57.81 
 
 		 73 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  57.81 
 
 		 73 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0025  putative DNA-binding protein  51.47 
 
 		 81 aa  67.4  0.00000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0532078  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 79 aa  62.4  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  44.62 
 
 		 101 aa  60.8  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1190  transcriptional regulator, XRE family  40.28 
 
 		 79 aa  57  0.00000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1091  transcriptional regulator, XRE family  40.28 
 
 		 79 aa  56.2  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0596  transcriptional regulator, XRE family  39.73 
 
 		 90 aa  56.6  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1224  transcriptional regulator, XRE family  40.28 
 
 		 79 aa  55.5  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0288237  hitchhiker  0.00260767 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 75 aa  54.3  0.0000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0570  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 79 aa  53.9  0.0000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.532171 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0999  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  41.18 
 
 		 129 aa  52.8  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 76 aa  53.1  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 84 aa  53.1  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  39.06 
 
 		 67 aa  52.4  0.000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 76 aa  52.8  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 76 aa  52.8  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  43.75 
 
 		 70 aa  52.4  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 97 aa  51.6  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0459  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 81 aa  52  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.995488  normal  0.299966 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  38.36 
 
 		 255 aa  52  0.000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  44.29 
 
 		 110 aa  51.6  0.000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 74 aa  51.6  0.000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4456  transcriptional regulator, XRE family  40.85 
 
 		 147 aa  50.8  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2134  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 85 aa  50.8  0.000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3387  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 93 aa  50.4  0.000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  43.28 
 
 		 83 aa  50.4  0.000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2304  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 131 aa  50.4  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0985964 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0669  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 75 aa  49.7  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 75 aa  49.7  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 72 aa  50.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5917  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  39.44 
 
 		 113 aa  49.7  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.19317  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  37.04 
 
 		 207 aa  50.1  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 69 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 67 aa  49.7  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 69 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4174  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 81 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.852413  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 81 aa  49.7  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3538  XRE family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 106 aa  49.7  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.902272  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 81 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 72 aa  50.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 		 81 aa  49.7  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 69 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 83 aa  48.9  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 78 aa  49.3  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.497923 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 81 aa  49.3  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 106 aa  49.7  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 57 aa  49.3  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 76 aa  48.5  0.00003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  45.76 
 
 		 255 aa  48.5  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0130  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 78 aa  48.5  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0877719  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3368  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 78 aa  48.5  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101662 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0645  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 74 aa  48.5  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000232876  normal  0.586198 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1485  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 75 aa  48.5  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 74 aa  48.5  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0873  DNA-binding protein, putative  34.25 
 
 		 222 aa  48.1  0.00004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 90 aa  48.1  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0843  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 71 aa  48.1  0.00004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00421262 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  39.44 
 
 		 75 aa  47.8  0.00005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 76 aa  47.8  0.00005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1806  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 86 aa  47.4  0.00006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.579392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1357  helix-turn-helix domain-containing protein  32.81 
 
 		 76 aa  47.4  0.00006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.222468  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  40.62 
 
 		 68 aa  47  0.00008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 90 aa  47  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 78 aa  47  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3837  helix-turn-helix domain-containing protein  39.06 
 
 		 68 aa  47  0.00008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0965  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 131 aa  47  0.00009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.476266  normal  0.0356883 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2326  hypothetical protein  35.59 
 
 		 87 aa  46.2  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1052  hypothetical protein  35.59 
 
 		 84 aa  46.6  0.0001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 91 aa  46.6  0.0001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 390 aa  46.6  0.0001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  42.65 
 
 		 154 aa  46.6  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 96 aa  46.6  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 		 256 aa  47  0.0001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4018  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 68 aa  47  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0791  XRE family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 214 aa  46.6  0.0001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  41.38 
 
 		 77 aa  46.6  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2655  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 80 aa  46.2  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1848  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 76 aa  45.4  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  38.96 
 
 		 154 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0579  transcriptional regulator, XRE family  38.24 
 
 		 70 aa  45.4  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00759938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1135  XRE family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 99 aa  46.2  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06215  hypothetical protein  40.68 
 
 		 68 aa  45.8  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3171  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 85 aa  45.8  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0931  transcriptional regulator, XRE family  41.51 
 
 		 99 aa  45.4  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4410  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 68 aa  45.4  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 78 aa  45.4  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>