More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_5735 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_5735  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
224 aa  458  1e-128  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.419462 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3515  GntR family transcriptional regulator  69.41 
 
 
226 aa  322  3e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.715745  normal  0.6161 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0874  GntR family transcriptional regulator  68.06 
 
 
226 aa  315  5e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.366821  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2173  hypothetical protein  66.98 
 
 
222 aa  311  6e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0421026  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2447  GntR family transcriptional regulator  70.23 
 
 
222 aa  308  4e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5027  transcriptional regulator, GntR family  62.8 
 
 
224 aa  270  1e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3295  transcriptional regulator, GntR family  62.5 
 
 
232 aa  268  7e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0495  transcriptional regulator GntR  61.84 
 
 
249 aa  267  1e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5376  transcriptional regulator, GntR family  59.33 
 
 
221 aa  261  6e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0423654  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5853  transcriptional regulator GntR family  60.1 
 
 
221 aa  233  2e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.110749  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0318  GntR family transcriptional regulator  56.04 
 
 
218 aa  230  1e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3518  transcriptional regulator, GntR family  50 
 
 
219 aa  193  2e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0537  transcriptional regulator, GntR family  53.2 
 
 
245 aa  181  6e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0745569  normal  0.0258493 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2681  transcriptional regulator, GntR family  49.75 
 
 
231 aa  176  2e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6997  transcriptional regulator, GntR family  45.67 
 
 
232 aa  162  3e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3560  transcriptional regulator, GntR family  44.83 
 
 
236 aa  161  7e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.798269  normal  0.770006 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4799  transcriptional regulator, GntR family  45.77 
 
 
233 aa  149  4e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.197176 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0048  GntR family transcriptional regulator  47.73 
 
 
194 aa  147  9e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6353  transcriptional regulator, GntR family  40.82 
 
 
232 aa  146  2e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4225  transcriptional regulator, GntR family  38.31 
 
 
215 aa  134  1e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.625874  normal  0.700845 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00430  transcriptional regulator  38.43 
 
 
227 aa  130  2e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.298541 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0178  transcriptional regulator, GntR family  39.8 
 
 
225 aa  123  3e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0092  GntR family transcriptional regulator  41 
 
 
236 aa  123  3e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4450  GntR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
224 aa  113  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4086  GntR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
224 aa  112  5e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.297751  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3986  GntR family transcriptional regulator  33.97 
 
 
224 aa  110  1e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.963053  normal  0.126753 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3314  transcriptional regulator, GntR family  34.17 
 
 
236 aa  110  1e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2798  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
216 aa  104  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19230  transcriptional regulator  34.13 
 
 
235 aa  101  9e-21  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1313  regulatory protein GntR, HTH  34.72 
 
 
227 aa  90.9  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.568761  hitchhiker  0.00841206 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6333  transcriptional regulator, GntR family  30.77 
 
 
245 aa  88.6  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1752  GntR family transcriptional regulator  35.22 
 
 
217 aa  87.8  1e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  34.84 
 
 
244 aa  87  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  9.51338e-07 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0665  transcriptional regulator, GntR family  33.12 
 
 
249 aa  86.3  3e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0305272 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30150  transcriptional regulator, GntR family  30.46 
 
 
233 aa  85.5  5e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132781  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  36.31 
 
 
265 aa  85.5  6e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4083  GntR domain protein  34.39 
 
 
222 aa  85.1  8e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4755  transcriptional regulator, GntR family  29.74 
 
 
227 aa  84.7  1e-15  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5069  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
247 aa  84.7  1e-15  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.046054  normal  0.249885 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  29.52 
 
 
226 aa  82.4  5e-15  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  34.44 
 
 
223 aa  82  6e-15  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  31.41 
 
 
235 aa  81.6  9e-15  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0013  GntR domain protein  27.94 
 
 
218 aa  81.6  1e-14  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.913161  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  32.92 
 
 
232 aa  81.3  1e-14  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  28.3 
 
 
267 aa  80.5  2e-14  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
233 aa  79.3  5e-14  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2549  GntR family transcriptional regulator  29.76 
 
 
203 aa  79  6e-14  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  8.03432e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3140  GntR family transcriptional regulator  30.49 
 
 
241 aa  79  6e-14  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  1.17475e-07 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  30.8 
 
 
232 aa  77.8  1e-13  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  35.22 
 
 
222 aa  77.8  1e-13  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
223 aa  77.4  2e-13  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  8.31441e-07  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0673  GntR family transcriptional regulator  31.95 
 
 
233 aa  77  2e-13  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.990367 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  31.32 
 
 
229 aa  77  2e-13  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2025  transcriptional regulator, GntR family  31.25 
 
 
232 aa  76.3  3e-13  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00234923  hitchhiker  0.0065159 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  32.45 
 
 
223 aa  76.3  4e-13  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  32.45 
 
 
223 aa  76.3  4e-13  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  32.45 
 
 
223 aa  76.3  4e-13  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2643  GntR family transcriptional regulator  28.16 
 
 
206 aa  75.9  4e-13  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.577807 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  30.86 
 
 
225 aa  75.9  4e-13  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  30.43 
 
 
229 aa  76.3  4e-13  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5240  transcriptional regulator, GntR family  29.55 
 
 
227 aa  76.3  4e-13  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  32.45 
 
 
223 aa  76.3  4e-13  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  1.08879e-05 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
223 aa  76.3  4e-13  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
223 aa  75.9  5e-13  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1124  transcriptional regulator, GntR family  34.44 
 
 
223 aa  75.5  6e-13  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  35.12 
 
 
222 aa  75.1  9e-13  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3051  GntR family transcriptional regulator  28.16 
 
 
231 aa  75.1  9e-13  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.487001  normal  0.14634 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3197  GntR family transcriptional regulator  29.55 
 
 
242 aa  74.7  1e-12  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3183  Transcriptional regulators-like protein  35.58 
 
 
242 aa  74.7  1e-12  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.138815  normal  0.149663 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1304  GntR family transcriptional regulator  27.04 
 
 
234 aa  74.7  1e-12  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0497792 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3082  GntR family transcriptional regulator  29.55 
 
 
241 aa  74.7  1e-12  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0349212 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1653  GntR family transcriptional regulator  29.81 
 
 
238 aa  73.9  2e-12  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6499  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 
242 aa  73.9  2e-12  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.348019  normal  0.174024 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2569  GntR family transcriptional regulator  42.22 
 
 
227 aa  73.6  3e-12  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.107235 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1966  GntR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
234 aa  73.2  3e-12  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6111  GntR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
234 aa  73.2  3e-12  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1990  GntR family transcriptional regulator  26.02 
 
 
234 aa  72.8  4e-12  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.964349 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0417  GntR family transcriptional regulator  28.96 
 
 
254 aa  72.8  4e-12  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3719  GntR family transcriptional regulator  32.9 
 
 
232 aa  72.8  4e-12  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329499  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1505  transcriptional regulator, GntR family  29.06 
 
 
243 aa  72.8  4e-12  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160619  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 
228 aa  72  7e-12  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  31.08 
 
 
231 aa  72  7e-12  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2536  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
242 aa  71.2  1e-11  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00251581  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1081  transcriptional regulator GntR family  30.19 
 
 
222 aa  70.9  1e-11  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1979  transcriptional regulator, GntR family  30.87 
 
 
220 aa  71.2  1e-11  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.053401  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  28.12 
 
 
235 aa  71.6  1e-11  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3164  GntR family transcriptional regulator  29.13 
 
 
242 aa  71.2  1e-11  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0161984 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1661  GntR family transcriptional regulator  32.08 
 
 
230 aa  71.2  1e-11  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0568  GntR family transcriptional regulator  27.73 
 
 
396 aa  71.2  1e-11  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4119  GntR family transcriptional regulator  28.44 
 
 
258 aa  71.2  1e-11  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.260522  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5281  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 
234 aa  71.2  1e-11  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0412197 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2595  GntR domain protein  28.3 
 
 
227 aa  70.9  2e-11  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.709124  normal  0.171909 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1913  transcriptional regulator, GntR family  26.18 
 
 
223 aa  70.5  2e-11  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0946  transcriptional regulator, GntR family  31.43 
 
 
239 aa  70.1  2e-11  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.961128  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  33.55 
 
 
233 aa  70.9  2e-11  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  31.13 
 
 
223 aa  70.9  2e-11  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  2.73195e-08  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3144  GntR family transcriptional regulator  32.08 
 
 
242 aa  70.5  2e-11  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2531  GntR family transcriptional regulator  32.08 
 
 
242 aa  70.5  2e-11  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2064  GntR family transcriptional regulator  27.04 
 
 
231 aa  70.5  2e-11  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3629  transcriptional regulator, GntR family  30.19 
 
 
233 aa  69.7  3e-11  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>