More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_5610 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_5610  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
354 aa  716  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.519955 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3810  LysR family transcriptional regulator  77.38 
 
 
312 aa  484  1e-135  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.251082 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3039  LysR family transcriptional regulator  80.72 
 
 
309 aa  478  1e-134  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.275315  normal  0.0769631 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0127  LysR family transcriptional regulator  71.1 
 
 
311 aa  444  1e-123  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.191807  hitchhiker  0.00233416 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0071  LysR family transcriptional regulator  68.2 
 
 
314 aa  414  1e-115  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16172  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0061  transcriptional regulator, LysR family  68.85 
 
 
314 aa  416  1e-115  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1521  transcriptional regulator CysB-like protein  58.9 
 
 
308 aa  385  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2476  transcriptional regulator CysB-like protein  60.94 
 
 
308 aa  384  1e-106  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1632  transcriptional regulator CysB-like protein  59.22 
 
 
308 aa  385  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4743  transcriptional regulator CysB-like protein  59.22 
 
 
308 aa  385  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.217696  normal  0.701162 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1501  transcriptional regulator CysB-like protein  58.9 
 
 
308 aa  385  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.33535  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2018  transcriptional regulator CysB-like protein  60.61 
 
 
308 aa  383  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.962244  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1865  transcriptional regulator CysB-like protein  60.61 
 
 
308 aa  383  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.625225  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0350  transcriptional regulator CysB-like protein  60.61 
 
 
308 aa  383  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0871745  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1851  transcriptional regulator CysB-like protein  60.61 
 
 
308 aa  383  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1205  transcriptional regulator CysB-like protein  60.61 
 
 
308 aa  383  1e-105  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.215298  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0810  transcriptional regulator CysB-like protein  60.61 
 
 
308 aa  383  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.259681  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1694  transcriptional regulator CysB-like protein  60.61 
 
 
308 aa  383  1e-105  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.272702  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1582  transcriptional regulator CysB-like protein  59.22 
 
 
308 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.610687  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1605  transcriptional regulator CysB-like protein  59.22 
 
 
308 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.339549  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1125  transcriptional regulator CysB-like protein  59.22 
 
 
308 aa  383  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1625  transcriptional regulator CysB-like protein  59.09 
 
 
308 aa  380  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.879627  normal  0.658708 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1777  transcriptional regulator CysB-like protein  58.58 
 
 
308 aa  380  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.16529  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2466  transcriptional regulator CysB-like protein  58.58 
 
 
308 aa  380  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.387168 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1224  transcriptional regulator CysB-like protein  59.22 
 
 
319 aa  372  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.178615  normal  0.191747 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1348  transcriptional regulator CysB-like protein  59.55 
 
 
327 aa  371  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1287  transcriptional regulator CysB-like protein  59.55 
 
 
319 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.767639  normal  0.313196 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1379  transcriptional regulator CysB-like protein  59.34 
 
 
316 aa  372  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0800  transcriptional regulator CysB-like protein  58.12 
 
 
313 aa  370  1e-101  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1967  transcriptional regulator CysB-like protein  59.34 
 
 
315 aa  367  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0621  transcriptional regulator CysB-like protein  58.69 
 
 
309 aa  367  1e-100  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0818  transcriptional regulator CysB-like protein  54.25 
 
 
313 aa  360  3e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2292  transcriptional regulator CysB-like protein  55.41 
 
 
306 aa  360  3e-98  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.524252  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2231  transcriptional regulator CysB-like protein  56.11 
 
 
313 aa  358  9e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2691  transcriptional regulator CysB-like protein  56.11 
 
 
313 aa  358  1e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.644017  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1739  transcriptional regulator CysB-like protein  56.27 
 
 
314 aa  358  1e-97  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  2.79611e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2427  transcriptional regulator CysB-like protein  56.44 
 
 
313 aa  358  1e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2818  transcriptional regulator CysB-like protein  55.08 
 
 
313 aa  357  1e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5807  transcriptional regulator CysB-like protein  53.92 
 
 
313 aa  357  2e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0834641 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2481  transcriptional regulator CysB-like protein  53.59 
 
 
313 aa  357  2e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2476  transcriptional regulator CysB-like protein  53.59 
 
 
313 aa  357  2e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.14516  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1865  transcriptional regulator CysB-like protein  53.59 
 
 
313 aa  357  2e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2525  transcriptional regulator CysB-like protein  53.59 
 
 
313 aa  357  2e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2393  transcriptional regulator CysB-like protein  53.59 
 
 
313 aa  357  2e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1165  transcriptional regulator CysB-like protein  53.92 
 
 
313 aa  356  4e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2349  transcriptional regulator CysB-like protein  53.92 
 
 
313 aa  356  4e-97  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2936  transcriptional regulator CysB-like protein  53.92 
 
 
313 aa  356  4e-97  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1005  transcriptional regulator CysB-like protein  53.92 
 
 
313 aa  356  4e-97  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0662  transcriptional regulator CysB-like protein  53.92 
 
 
313 aa  356  4e-97  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.631688  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1663  transcriptional regulator CysB-like protein  53.92 
 
 
313 aa  356  4e-97  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1012  transcriptional regulator CysB-like protein  53.92 
 
 
313 aa  356  4e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0813  transcriptional regulator CysB-like protein  54.25 
 
 
313 aa  355  7e-97  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2129  transcriptional regulator CysB-like protein  53.92 
 
 
311 aa  355  8e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  2.74673e-16  decreased coverage  1.24662e-06 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2910  transcriptional regulator CysB-like protein  54.55 
 
 
313 aa  355  8e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.170902  normal  0.254391 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2698  transcriptional regulator CysB-like protein  54.43 
 
 
313 aa  353  3e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1669  transcriptional regulator CysB-like protein  53.25 
 
 
312 aa  352  7e-96  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0453898  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0969  transcriptional regulator CysB-like protein  52.61 
 
 
313 aa  351  1e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1697  transcriptional regulator CysB  53.85 
 
 
326 aa  351  1e-95  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.828749 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3665  transcriptional regulator CysB-like protein  52.61 
 
 
313 aa  350  3e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.891363 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2236  transcriptional regulator CysB-like protein  52.61 
 
 
313 aa  349  4e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0620  transcriptional regulator CysB-like protein  52.26 
 
 
313 aa  349  5e-95  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0418657  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0963  LysR family transcriptional regulator  52.94 
 
 
308 aa  348  7e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.377381  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1296  transcriptional regulator, LysR family  52.43 
 
 
320 aa  348  7e-95  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.842409  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0847  transcriptional regulator, LysR family  51.46 
 
 
320 aa  347  1e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.960379 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0699  sulfur assimilation transcriptional regulator, LysR family  51.46 
 
 
320 aa  347  1e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.735105  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1145  transcriptional regulator CysB-like protein  53.75 
 
 
308 aa  347  2e-94  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.207377  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0341  transcriptional regulator CysB  52.29 
 
 
333 aa  337  2e-91  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.136754  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2077  transcriptional regulator CysB  50.98 
 
 
324 aa  332  7e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0047105 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1624  transcriptional regulator CysB  47.44 
 
 
324 aa  331  1e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.483368  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4003  transcriptional regulator CysB  51.31 
 
 
324 aa  330  2e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.260583  normal  0.45598 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2279  Cys regulon transcriptional activator  50.98 
 
 
324 aa  329  4e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.0003435  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1658  transcriptional regulator Cbl  51.6 
 
 
316 aa  329  5e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  7.65107e-08  normal  0.0208007 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2831  transcriptional regulator Cbl  51.28 
 
 
316 aa  329  5e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  1.01541e-08  normal  0.682702 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2341  transcriptional regulator CysB  50.65 
 
 
335 aa  329  5e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00664929 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3443  transcriptional regulator CysB  50.65 
 
 
324 aa  328  9e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0457028  hitchhiker  0.00255719 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3553  transcriptional regulator CysB  50.98 
 
 
324 aa  328  1e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1668  transcriptional regulator, LysR family  51.6 
 
 
316 aa  327  1e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.12362e-11  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01897  DNA-binding transcriptional activator of cysteine biosynthesis  51.6 
 
 
316 aa  327  1e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000685239  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2269  transcriptional regulator Cbl  51.6 
 
 
316 aa  328  1e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  8.89139e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2428  transcriptional regulator CysB  50.97 
 
 
323 aa  327  1e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2327  transcriptional regulator CysB  50.65 
 
 
324 aa  328  1e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.184075  hitchhiker  4.6762e-05 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01886  hypothetical protein  51.6 
 
 
316 aa  327  1e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000554591  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1928  transcriptional regulator CysB  50.65 
 
 
324 aa  328  1e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0221409  hitchhiker  1.99307e-11 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1137  transcriptional regulator Cbl  51.6 
 
 
316 aa  327  2e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  1.42733e-08  hitchhiker  5.52963e-05 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1768  transcriptional regulator CysB  50.33 
 
 
324 aa  327  2e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  1.42013e-07 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0971  transcriptional regulator Cbl  51.6 
 
 
316 aa  327  3e-88  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000168411  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2248  transcriptional regulator CysB  47.87 
 
 
325 aa  326  4e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.841929  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41870  transcriptional regulator CysB  50.65 
 
 
324 aa  326  5e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1662  transcriptional regulator CysB  47.87 
 
 
324 aa  325  9e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0319237  unclonable  1.81404e-05 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1587  transcriptional regulator CysB  47.87 
 
 
324 aa  325  9e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.296126  normal  0.104148 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1731  transcriptional regulator CysB  47.87 
 
 
324 aa  325  9e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00171097  normal  0.293254 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2110  transcriptional regulator Cbl  51.28 
 
 
316 aa  324  2e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.31787e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2649  transcriptional regulator CysB  47.87 
 
 
324 aa  323  2e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2917  transcriptional regulator CysB-like protein  55.41 
 
 
317 aa  323  2e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1667  transcriptional regulator CysB  49.51 
 
 
324 aa  324  2e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00185974  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2546  transcriptional regulator CysB  50.33 
 
 
324 aa  322  6e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  8.91923e-06 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1497  transcriptional regulator CysB  47.21 
 
 
324 aa  322  7e-87  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.66035e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2705  transcriptional regulator CysB-like protein  55.08 
 
 
317 aa  320  2e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2353  transcriptional regulator CysB  48.85 
 
 
324 aa  320  3e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0011024  unclonable  2.2716e-08 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1475  transcriptional regulator CysB  48.85 
 
 
324 aa  320  3e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00044374  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>