More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_5250 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 
360 aa  731    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2604  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  75.29 
 
 
341 aa  495  1e-139  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.224021  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3251  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  75 
 
 
341 aa  493  9.999999999999999e-139  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.61058  normal  0.330404 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.1 
 
 
313 aa  270  2e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.28 
 
 
303 aa  237  3e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.8 
 
 
434 aa  232  9e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.38 
 
 
338 aa  228  1e-58  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.75 
 
 
330 aa  224  2e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.31 
 
 
337 aa  209  4e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.16 
 
 
316 aa  202  9e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.5 
 
 
353 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05729  putative diguanylate cyclase  38.56 
 
 
323 aa  201  1.9999999999999998e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.74 
 
 
312 aa  200  3e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.42 
 
 
341 aa  200  3.9999999999999996e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.01 
 
 
344 aa  197  3e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.92 
 
 
349 aa  196  7e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  40.98 
 
 
310 aa  196  7e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.5 
 
 
322 aa  195  9e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.75 
 
 
308 aa  194  2e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  39.03 
 
 
327 aa  192  7e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.38 
 
 
310 aa  191  1e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000121  response regulator  37.17 
 
 
319 aa  191  2e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0601608  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  34.49 
 
 
315 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.54 
 
 
312 aa  189  8e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.38 
 
 
301 aa  188  1e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.45 
 
 
359 aa  186  6e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  35.67 
 
 
306 aa  186  7e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.66 
 
 
322 aa  185  1.0000000000000001e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.36 
 
 
308 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.35 
 
 
334 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.01 
 
 
306 aa  182  6e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  38.3 
 
 
347 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.88 
 
 
333 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.69 
 
 
306 aa  181  1e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.09 
 
 
319 aa  181  2e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.04 
 
 
334 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.15 
 
 
334 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  36.19 
 
 
335 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.04 
 
 
340 aa  180  2.9999999999999997e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.39 
 
 
310 aa  179  4.999999999999999e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  36.73 
 
 
335 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  37.89 
 
 
327 aa  179  9e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.14 
 
 
344 aa  178  1e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  35.71 
 
 
334 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  36.02 
 
 
334 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.69 
 
 
308 aa  177  2e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  34.2 
 
 
304 aa  177  3e-43  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  35.53 
 
 
312 aa  177  3e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  32.35 
 
 
323 aa  176  6e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.64 
 
 
315 aa  176  7e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.83 
 
 
312 aa  175  9.999999999999999e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.75 
 
 
324 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.06 
 
 
352 aa  174  1.9999999999999998e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.25 
 
 
372 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.86 
 
 
455 aa  173  5e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.12 
 
 
322 aa  172  9e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1645  hypothetical protein  34.16 
 
 
344 aa  172  9e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.88 
 
 
316 aa  171  1e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.12 
 
 
322 aa  172  1e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4177  diguanylate cyclase  33.63 
 
 
347 aa  171  1e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.63 
 
 
310 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2939  GGDEF  34.56 
 
 
318 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417006  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.53 
 
 
634 aa  171  2e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.31 
 
 
310 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.49 
 
 
351 aa  170  3e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  34.15 
 
 
316 aa  170  4e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.46 
 
 
310 aa  170  4e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.46 
 
 
303 aa  170  4e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  47.74 
 
 
518 aa  169  6e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.41 
 
 
660 aa  169  6e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  35.14 
 
 
301 aa  169  6e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.41 
 
 
660 aa  169  8e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.65 
 
 
355 aa  168  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  46.89 
 
 
1262 aa  166  6.9999999999999995e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0135  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30 
 
 
306 aa  165  9e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.48 
 
 
309 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1525  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.62 
 
 
316 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.15223e-23 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.37 
 
 
314 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.3 
 
 
314 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.14 
 
 
461 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.4 
 
 
362 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1665  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.74 
 
 
313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.24 
 
 
353 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.96 
 
 
345 aa  164  3e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.26 
 
 
357 aa  164  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  34.88 
 
 
357 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  36.01 
 
 
305 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  45.5 
 
 
591 aa  163  5.0000000000000005e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  39.58 
 
 
516 aa  163  5.0000000000000005e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  34.24 
 
 
354 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.51 
 
 
481 aa  162  6e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  34.24 
 
 
354 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.51 
 
 
481 aa  162  1e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0794  diguanylate cyclase  44.95 
 
 
394 aa  160  2e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  45.92 
 
 
555 aa  161  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  46.11 
 
 
960 aa  161  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.53 
 
 
335 aa  160  2e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00724  putative response regulator  32.03 
 
 
329 aa  160  3e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.67 
 
 
308 aa  159  5e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.67 
 
 
308 aa  159  5e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>