More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_5026 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 
356 aa  718    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  72.21 
 
 
334 aa  471  1e-132  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1083  pseudouridine synthase, RluA family  71.6 
 
 
334 aa  467  9.999999999999999e-131  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0421612  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1417  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  68.71 
 
 
339 aa  442  1e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2314  pseudouridine synthase, RluD  63.58 
 
 
334 aa  424  1e-117  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.651442  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0087  RluA family pseudouridine synthase  66.26 
 
 
344 aa  418  1e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  64.4 
 
 
344 aa  419  1e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63.11 
 
 
344 aa  417  9.999999999999999e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2180  pseudouridine synthase, RluA family  64.31 
 
 
327 aa  410  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2003  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.31 
 
 
334 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.704766  normal  0.26865 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.13 
 
 
403 aa  288  9e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  51.57 
 
 
370 aa  281  2e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  51.23 
 
 
370 aa  279  6e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.28 
 
 
403 aa  275  8e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2875  RluA family pseudouridine synthase  52.53 
 
 
369 aa  273  4.0000000000000004e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.767163 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.3 
 
 
391 aa  272  6e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  50.48 
 
 
358 aa  269  5.9999999999999995e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  48.37 
 
 
318 aa  268  8.999999999999999e-71  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.55 
 
 
395 aa  266  5e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.55 
 
 
395 aa  266  5e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  51.55 
 
 
389 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  51.24 
 
 
395 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  51.55 
 
 
389 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  51.55 
 
 
389 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  51.24 
 
 
389 aa  265  8e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  50.31 
 
 
400 aa  265  8e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  51.74 
 
 
436 aa  265  1e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.04 
 
 
318 aa  263  4.999999999999999e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  45.91 
 
 
407 aa  260  2e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.72 
 
 
402 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  51.11 
 
 
405 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  46.72 
 
 
402 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  46.72 
 
 
402 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  51.3 
 
 
360 aa  257  2e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.32 
 
 
438 aa  257  3e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  48.39 
 
 
325 aa  252  7e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  49.35 
 
 
431 aa  251  2e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.16 
 
 
313 aa  249  8e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  48.71 
 
 
327 aa  244  9.999999999999999e-64  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  48.71 
 
 
331 aa  244  9.999999999999999e-64  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  48.68 
 
 
327 aa  244  9.999999999999999e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  44.52 
 
 
328 aa  243  1.9999999999999999e-63  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.78 
 
 
321 aa  243  3.9999999999999997e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.95 
 
 
318 aa  243  5e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  47.59 
 
 
329 aa  242  7.999999999999999e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  44.55 
 
 
302 aa  239  5.999999999999999e-62  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  43.64 
 
 
302 aa  238  1e-61  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.3 
 
 
300 aa  236  3e-61  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.45 
 
 
325 aa  237  3e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1127  pseudouridine synthase, RluD  40.35 
 
 
396 aa  236  3e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  46.74 
 
 
304 aa  235  8e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0921  pseudouridine synthase, RluA family  42.69 
 
 
344 aa  234  1.0000000000000001e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0921  RluA family pseudouridine synthase  48.36 
 
 
318 aa  234  1.0000000000000001e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  41.82 
 
 
420 aa  234  2.0000000000000002e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.41 
 
 
356 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1257  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.39 
 
 
400 aa  233  5e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.810064 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  47.26 
 
 
320 aa  233  5e-60  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  44.05 
 
 
325 aa  231  1e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  43.23 
 
 
302 aa  231  2e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  43.23 
 
 
302 aa  231  2e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.96 
 
 
300 aa  231  2e-59  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.23 
 
 
302 aa  230  3e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  43.23 
 
 
302 aa  230  3e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  43.23 
 
 
302 aa  230  3e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.23 
 
 
302 aa  229  4e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.73 
 
 
325 aa  229  6e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.530574  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.79 
 
 
302 aa  229  7e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.6 
 
 
333 aa  229  7e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1370  pseudouridine synthase, RluD  44.52 
 
 
352 aa  229  8e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  45.33 
 
 
304 aa  228  9e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01440  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.09 
 
 
327 aa  228  1e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  42.9 
 
 
302 aa  228  1e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  42.57 
 
 
302 aa  228  1e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.94 
 
 
305 aa  228  2e-58  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  42.11 
 
 
306 aa  228  2e-58  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  44.08 
 
 
323 aa  226  3e-58  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  41.78 
 
 
306 aa  227  3e-58  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  45.36 
 
 
313 aa  226  5.0000000000000005e-58  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  44.72 
 
 
352 aa  225  9e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0367  23S rRNA pseudouridine synthase D  42.36 
 
 
321 aa  224  1e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  43.28 
 
 
323 aa  224  1e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.3 
 
 
312 aa  224  2e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.13 
 
 
303 aa  224  2e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  44.41 
 
 
352 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  45.78 
 
 
319 aa  224  2e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2975  23S rRNA pseudouridine synthase D  42.9 
 
 
326 aa  223  3e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0427325  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  39.6 
 
 
304 aa  223  3e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1287  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  39.43 
 
 
321 aa  223  4e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  45.16 
 
 
310 aa  223  4e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3499  lysozyme  42.57 
 
 
323 aa  222  6e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.847735  normal  0.0395097 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.95 
 
 
308 aa  222  7e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2880  23S rRNA pseudouridine synthase D  42.9 
 
 
326 aa  222  8e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0196126  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02484  23S rRNA pseudouridine synthase  42.58 
 
 
326 aa  222  9.999999999999999e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.174607  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1078  pseudouridine synthase, RluA family  42.58 
 
 
326 aa  222  9.999999999999999e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0158788  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1087  23S rRNA pseudouridine synthase D  42.58 
 
 
326 aa  222  9.999999999999999e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.097503  decreased coverage  0.000000284548 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02448  hypothetical protein  42.58 
 
 
326 aa  222  9.999999999999999e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.166137  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  45.36 
 
 
331 aa  221  9.999999999999999e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2752  23S rRNA pseudouridine synthase D  42.58 
 
 
326 aa  222  9.999999999999999e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000325368  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  47.1 
 
 
315 aa  221  9.999999999999999e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2605  pseudouridylate synthase  43.32 
 
 
324 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000283334  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>