More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4982 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3211  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  87.95 
 
 
390 aa  735    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.514043  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3056  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  87.69 
 
 
390 aa  734    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2836  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  88.46 
 
 
390 aa  738    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.182529  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5055  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  88.46 
 
 
390 aa  737    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.902489  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5071  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  87.95 
 
 
390 aa  735    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435068  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4374  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  88.46 
 
 
390 aa  738    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5805  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  88.46 
 
 
390 aa  737    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.598482  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4982  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
390 aa  813    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.601828  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2709  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  83.17 
 
 
398 aa  684    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0606445  normal  0.111519 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3195  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  73.08 
 
 
390 aa  616  1e-175  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3074  hypothetical protein  69.57 
 
 
391 aa  580  1e-164  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.315148  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36070  hypothetical protein  69.05 
 
 
391 aa  578  1e-164  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000846029 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2447  putative mandelate racemase/muconate lactonizing protein  66.07 
 
 
391 aa  568  1e-161  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549803  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3874  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  45.38 
 
 
401 aa  312  5.999999999999999e-84  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0228827  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3926  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.79 
 
 
409 aa  240  4e-62  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09220  Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  35.88 
 
 
394 aa  208  1e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.986442  n/a   
 
 
-
 
NC_009048  PICST_50672  hypothetical protein unknown function  35.71 
 
 
429 aa  208  2e-52  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.482129 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0174  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.69 
 
 
398 aa  206  5e-52  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.348827 
 
 
-
 
NC_006684  CNB05750  racemase, putative  35.71 
 
 
423 aa  202  9.999999999999999e-51  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0461425  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1207  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.76 
 
 
392 aa  199  6e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0291  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.83 
 
 
403 aa  198  1.0000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6625  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.17 
 
 
394 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2257  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.93 
 
 
372 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1030  putative mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  36.18 
 
 
392 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.778904  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5689  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.88 
 
 
392 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.905556 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1493  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  35.48 
 
 
395 aa  193  5e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.227667  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05672  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein (AFU_orthologue; AFUA_7G04350)  33.33 
 
 
425 aa  192  7e-48  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0812172  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6403  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  34.62 
 
 
392 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3468  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.59 
 
 
392 aa  192  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128866 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6636  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.62 
 
 
392 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.159226  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6234  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.62 
 
 
392 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.297392  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3855  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.56 
 
 
370 aa  189  5.999999999999999e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.552694  normal  0.795222 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3399  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.91 
 
 
392 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.645647  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2518  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.93 
 
 
372 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0286824  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5897  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.46 
 
 
382 aa  183  5.0000000000000004e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.335458  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  33.52 
 
 
387 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0636  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.09 
 
 
422 aa  180  2.9999999999999997e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.893544 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.62 
 
 
373 aa  180  4e-44  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.96 
 
 
389 aa  180  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.45 
 
 
384 aa  179  5.999999999999999e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.36 
 
 
382 aa  178  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808237  normal  0.197598 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5182  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.42 
 
 
403 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.028896  normal  0.168371 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.55 
 
 
377 aa  176  4e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1308  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.39 
 
 
384 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5451  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.18 
 
 
403 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.911825  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3858  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.92 
 
 
373 aa  171  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0581351  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2405  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.82 
 
 
374 aa  171  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.44174  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5866  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.24 
 
 
389 aa  171  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0167811  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.92 
 
 
378 aa  169  8e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.07 
 
 
370 aa  168  2e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.42 
 
 
376 aa  168  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0951632  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.23 
 
 
388 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3949  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.66 
 
 
388 aa  162  6e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.841858  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1685  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.53 
 
 
400 aa  162  7e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.322016  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.43 
 
 
378 aa  162  9e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5534  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.5 
 
 
404 aa  162  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.48 
 
 
371 aa  161  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4975  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.87 
 
 
370 aa  161  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0890752 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.3 
 
 
377 aa  160  3e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4388  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.95 
 
 
423 aa  160  5e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.43815  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5070  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.27 
 
 
377 aa  160  5e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.356872  normal  0.166182 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0232  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  31.41 
 
 
372 aa  157  2e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0586  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.27 
 
 
382 aa  157  3e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00367627 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3894  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.2 
 
 
384 aa  157  3e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.519515  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2580  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.24 
 
 
369 aa  157  4e-37  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0122  galactonate dehydratase  30.83 
 
 
384 aa  156  5.0000000000000005e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.041758  normal  0.798356 
 
 
-
 
NC_004310  BR0239  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  31.83 
 
 
372 aa  156  5.0000000000000005e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4678  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.32 
 
 
387 aa  155  9e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.194789  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3574  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.42 
 
 
387 aa  155  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.410724  normal  0.113329 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1155  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.68 
 
 
412 aa  154  2e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.516862  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  33.22 
 
 
362 aa  154  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.9 
 
 
369 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.24 
 
 
378 aa  154  4e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6746  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.29 
 
 
368 aa  153  5e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4112  galactonate dehydratase  29.97 
 
 
382 aa  153  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.205397  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4161  galactonate dehydratase  29.97 
 
 
382 aa  153  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4219  galactonate dehydratase  29.97 
 
 
382 aa  153  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1145  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.57 
 
 
412 aa  152  7e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2285  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.3 
 
 
412 aa  152  1e-35  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3136  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.44 
 
 
367 aa  151  2e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.207627 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0821  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.73 
 
 
405 aa  151  2e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2654  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.42 
 
 
412 aa  151  2e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3046  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.62 
 
 
386 aa  151  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.958371  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1300  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.15 
 
 
412 aa  151  2e-35  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6032  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.48 
 
 
395 aa  150  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.159313  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4480  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.89 
 
 
409 aa  150  5e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0127  galactonate dehydratase  28.09 
 
 
381 aa  150  5e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.425277  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1095  galactonate dehydratase  33.79 
 
 
382 aa  149  6e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.82 
 
 
390 aa  149  8e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3936  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.15 
 
 
410 aa  149  1.0000000000000001e-34  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2254  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.35 
 
 
428 aa  149  1.0000000000000001e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.967336  normal  0.603396 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1011  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.13 
 
 
415 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.635403  normal  0.302413 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3433  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.51 
 
 
381 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428257  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4653  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.7 
 
 
400 aa  147  2.0000000000000003e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0414891  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4201  galactonate dehydratase  33.79 
 
 
382 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03519  hypothetical protein  33.79 
 
 
382 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.84784  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0100  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.81 
 
 
382 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.85667  normal 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2866  galactonate dehydratase  33.82 
 
 
382 aa  148  2.0000000000000003e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4057  galactonate dehydratase  33.79 
 
 
382 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0011  galactonate dehydratase  33.79 
 
 
382 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>