More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4881 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 
278 aa  546  1e-154  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2665  Crp/FNR family transcriptional regulator  62.23 
 
 
239 aa  261  1e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0675619  normal  0.290328 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  53.88 
 
 
228 aa  219  5e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  53.68 
 
 
228 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0775  Crp/FNR family transcriptional regulator  52.89 
 
 
237 aa  215  5.9999999999999996e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  52.21 
 
 
227 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  48.31 
 
 
235 aa  199  6e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  48.95 
 
 
235 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  50.44 
 
 
266 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  48.52 
 
 
235 aa  195  6e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  52.25 
 
 
227 aa  192  5e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  48.9 
 
 
251 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  48.9 
 
 
251 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  48.9 
 
 
251 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  48.9 
 
 
251 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  48.9 
 
 
251 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  48.76 
 
 
235 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  48.31 
 
 
235 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  48.31 
 
 
235 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  47.72 
 
 
235 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.35 
 
 
233 aa  177  1e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  46.78 
 
 
239 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  48.43 
 
 
243 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  48.43 
 
 
243 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.37 
 
 
237 aa  172  5e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  44.95 
 
 
237 aa  168  9e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.52 
 
 
234 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4045  GntR family transcriptional regulator  44.64 
 
 
260 aa  145  6e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385107  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.67 
 
 
239 aa  144  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  33.78 
 
 
239 aa  131  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.19 
 
 
241 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.08 
 
 
239 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.63 
 
 
239 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.91 
 
 
239 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.91 
 
 
241 aa  126  4.0000000000000003e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.53 
 
 
239 aa  125  5e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
230 aa  120  3e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.47 
 
 
239 aa  118  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  31.25 
 
 
229 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  32.42 
 
 
247 aa  104  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0243  cyclic nucleotide-binding  34.68 
 
 
236 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.64 
 
 
226 aa  103  4e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.65 
 
 
224 aa  103  4e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
222 aa  102  7e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
234 aa  102  7e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  30.7 
 
 
243 aa  101  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.87 
 
 
224 aa  100  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0313  cyclic nucleotide-binding protein  30.57 
 
 
234 aa  98.6  9e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.42 
 
 
243 aa  98.2  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3781  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.78 
 
 
230 aa  97.1  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4858  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.78 
 
 
230 aa  97.1  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.748285 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3062  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.05 
 
 
232 aa  94.4  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3499  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.97 
 
 
230 aa  93.2  5e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00506626 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  31.34 
 
 
226 aa  92  8e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.78 
 
 
225 aa  91.7  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0827  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.24 
 
 
234 aa  91.3  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0664388  normal  0.45478 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  29.22 
 
 
226 aa  90.5  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3269  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.97 
 
 
230 aa  91.3  2e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.883713  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.66 
 
 
239 aa  89.7  4e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.32 
 
 
226 aa  89.4  6e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.83 
 
 
228 aa  89.4  6e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.19 
 
 
228 aa  89  7e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  31.58 
 
 
224 aa  89.4  7e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.51 
 
 
226 aa  88.2  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  30.41 
 
 
224 aa  87  3e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  29.86 
 
 
226 aa  86.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.78 
 
 
230 aa  85.5  9e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.28 
 
 
225 aa  85.5  0.000000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  29.49 
 
 
225 aa  84.7  0.000000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3129  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.41 
 
 
224 aa  84.3  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0256895  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0213  cyclic nucleotide-binding protein  27.34 
 
 
259 aa  84.7  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1058  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.91 
 
 
258 aa  82.8  0.000000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0976  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.91 
 
 
258 aa  82.8  0.000000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.84 
 
 
226 aa  82.4  0.000000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.22 
 
 
228 aa  82.4  0.000000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.88 
 
 
224 aa  82.4  0.000000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.58 
 
 
225 aa  82.4  0.000000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  25.84 
 
 
231 aa  82.4  0.000000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.44 
 
 
236 aa  82  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1379  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.55 
 
 
245 aa  82  0.000000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.231738  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.44 
 
 
227 aa  82  0.00000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.52 
 
 
227 aa  82  0.00000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  30.14 
 
 
228 aa  81.3  0.00000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.09 
 
 
227 aa  80.5  0.00000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.54 
 
 
230 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2580  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
231 aa  80.5  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  28.11 
 
 
224 aa  80.5  0.00000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6768  cyclic nucleotide-binding protein  28.74 
 
 
248 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1826  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
225 aa  79.7  0.00000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2783  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.07 
 
 
248 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.778441  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.46 
 
 
225 aa  79.3  0.00000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1687  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.97 
 
 
299 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535238  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1395  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.5 
 
 
304 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.553188  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.96 
 
 
225 aa  79  0.00000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0510  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.5 
 
 
284 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.41 
 
 
242 aa  79  0.00000000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0137  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.5 
 
 
284 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1475  cyclic nucleotide-binding protein  28.5 
 
 
284 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  28.77 
 
 
225 aa  78.6  0.0000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.12 
 
 
219 aa  78.2  0.0000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>