More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4360 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  600  1.0000000000000001e-171  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  55.41 
 
 		 306 aa  323  1e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  55.07 
 
 		 300 aa  323  3e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  54.03 
 
 		 300 aa  311  9e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  53.36 
 
 		 300 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  54.2 
 
 		 299 aa  305  5.0000000000000004e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  45.33 
 
 		 311 aa  224  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  43.38 
 
 		 306 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 311 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 292 aa  211  9e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  42.6 
 
 		 313 aa  210  2e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 303 aa  209  5e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 306 aa  204  2e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 329 aa  173  2.9999999999999996e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  34.42 
 
 		 331 aa  169  4e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 324 aa  169  5e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 333 aa  168  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  37.5 
 
 		 320 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  37.12 
 
 		 320 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 325 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 310 aa  155  9e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.08 
 
 		 307 aa  154  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 341 aa  152  7e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 332 aa  151  1e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 319 aa  147  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 315 aa  145  6e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 320 aa  143  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0663  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 312 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.650838 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 320 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1721  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 322 aa  135  8e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0891841  normal  0.236435 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  34.27 
 
 		 316 aa  133  3.9999999999999996e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  30.04 
 
 		 307 aa  132  6e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 336 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  31.76 
 
 		 318 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 304 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4880  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  32.12 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3155  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 320 aa  126  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7653  Transcriptional regulator  33.97 
 
 		 299 aa  126  5e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31.87 
 
 		 323 aa  126  5e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 309 aa  125  6e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 335 aa  124  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.83 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29.37 
 
 		 305 aa  123  3e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1719  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 332 aa  122  6e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 345 aa  122  8e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01898  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  30.77 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000420428  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2041  LysR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 314 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.881958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3701  LysR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 327 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.037732  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  30.77 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  30.77 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000572709  normal  0.465707 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  28.32 
 
 		 307 aa  121  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.98 
 
 		 334 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2111  nitrogen assimilation transcriptional regulator  30.77 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.1125e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1657  nitrogen assimilation transcriptional regulator  30.77 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000208245  hitchhiker  0.00930832 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 319 aa  120  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  30.36 
 
 		 305 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190292  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  30.36 
 
 		 305 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000041726  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  30.36 
 
 		 307 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243153  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5763  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 316 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 310 aa  119  4.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5882  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 325 aa  119  6e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 328 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6300  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 313 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5279  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0273  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 295 aa  117  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 312 aa  117  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 316 aa  116  5e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6135  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 317 aa  116  5e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120476  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0739  LysR-family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000050568  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0812  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0254349  normal  0.598657 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0751  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000639538  normal  0.380791 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 297 aa  114  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3382  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0799  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 308 aa  113  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00821953  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6151  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 323 aa  113  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0848  LysR-family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 308 aa  113  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00362304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5627  transcriptional regulator, LysR family  29.54 
 
 		 317 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 308 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  30.91 
 
 		 316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0503  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 320 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.107468  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3132  transcriptional regulator, LysR family  31.95 
 
 		 308 aa  110  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.168013  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 308 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5877  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 313 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.673502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 302 aa  109  5e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 316 aa  109  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1631  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 311 aa  109  7.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6369  transcriptional regulator, LysR family  29.29 
 
 		 301 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 305 aa  108  9.000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4550  transcriptional regulator, LysR family  29.29 
 
 		 306 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.597489  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.5 
 
 		 292 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6018  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 306 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.550846  normal  0.605819 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  26.94 
 
 		 289 aa  107  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3859  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 308 aa  107  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000207692 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2928  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 290 aa  107  2e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>