More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4041 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_4041  diguanylate cyclase  100 
 
 		 282 aa  577  1.0000000000000001e-163  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649407 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3024  diguanylate cyclase  72.29 
 
 		 260 aa  361  6e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.104216  normal  0.207783 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2276  diguanylate cyclase  68.73 
 
 		 257 aa  352  5e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40422  normal  0.360858 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1598  diguanylate cyclase  68.73 
 
 		 257 aa  352  5e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1305  diguanylate cyclase  61.3 
 
 		 256 aa  298  5e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1927  diguanylate cyclase  59.65 
 
 		 253 aa  270  1e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.949533 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3288  diguanylate cyclase  57.96 
 
 		 253 aa  265  5e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.923163 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0699  diguanylate cyclase  60.39 
 
 		 226 aa  257  1e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.642785 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  58.44 
 
 		 251 aa  256  2e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 318 aa  144  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  40.38 
 
 		 234 aa  144  2e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  38.81 
 
 		 320 aa  142  9e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  37.61 
 
 		 323 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  40.28 
 
 		 323 aa  137  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.86 
 
 		 434 aa  138  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 324 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 316 aa  136  4e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  41.62 
 
 		 428 aa  135  6.0000000000000005e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 324 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 324 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  39.81 
 
 		 320 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2404  diguanylate cyclase  45.6 
 
 		 479 aa  134  9.999999999999999e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00227226  normal  0.966476 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  48.1 
 
 		 312 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 571 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  41.53 
 
 		 355 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  40.86 
 
 		 405 aa  133  3e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  41.34 
 
 		 321 aa  133  3e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  37.67 
 
 		 319 aa  133  3e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.56 
 
 		 310 aa  133  3e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 582 aa  133  3.9999999999999996e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0219  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 303 aa  132  3.9999999999999996e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.71 
 
 		 312 aa  132  6e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  43.82 
 
 		 377 aa  132  6.999999999999999e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 1099 aa  132  6.999999999999999e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 350 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 555 aa  132  9e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1301  diguanylate cyclase  39.81 
 
 		 331 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.298458  normal  0.144882 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.56 
 
 		 310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.96 
 
 		 578 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 317 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 681 aa  130  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.84 
 
 		 312 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 317 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  41.53 
 
 		 343 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  39.78 
 
 		 949 aa  130  2.0000000000000002e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 382 aa  130  3e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  37.84 
 
 		 722 aa  130  3e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 420 aa  130  3e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 446 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  40.28 
 
 		 324 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  42.16 
 
 		 355 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  46.39 
 
 		 369 aa  129  5.0000000000000004e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 374 aa  129  6e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 319 aa  129  6e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 301 aa  129  6e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  45.91 
 
 		 320 aa  129  7.000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1163  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.71 
 
 		 325 aa  128  8.000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  0.538197 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1737  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 390 aa  129  8.000000000000001e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0222793  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0719  diguanylate cyclase  41.58 
 
 		 370 aa  128  9.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 614 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  44.38 
 
 		 502 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  38.39 
 
 		 324 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 342 aa  127  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  45.03 
 
 		 312 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  41.28 
 
 		 451 aa  127  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  42.01 
 
 		 690 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 328 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  41.97 
 
 		 638 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  39.79 
 
 		 354 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 512 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 345 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1225  GGDEF domain-containing protein  40.83 
 
 		 517 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.489016  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  47.2 
 
 		 351 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  47.95 
 
 		 542 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 1774 aa  127  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 460 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0589  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.89 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352095  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1328  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 648 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0638  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 524 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0484455 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.03 
 
 		 792 aa  127  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 321 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 325 aa  126  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  43.79 
 
 		 509 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3563  cyclic nucleotide-binding protein  39.55 
 
 		 312 aa  127  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 308 aa  126  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0076  diguanylate cyclase  33.85 
 
 		 444 aa  126  3e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0892  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 553 aa  127  3e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3581  GGDEF domain-containing protein  43.48 
 
 		 312 aa  126  3e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 466 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.14 
 
 		 315 aa  126  4.0000000000000003e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 309 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  43.12 
 
 		 680 aa  126  4.0000000000000003e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  41.62 
 
 		 355 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.94 
 
 		 668 aa  125  5e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 569 aa  126  5e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  42.16 
 
 		 352 aa  126  5e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>