More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3921 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_3921  nitroreductase  100 
 
 
300 aa  600  1e-170  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.159011  normal  0.0804264 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3262  nitroreductase  37.99 
 
 
191 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.561471  normal  0.0279896 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3637  nitroreductase  37.64 
 
 
192 aa  116  5e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0698  nitroreductase  37.3 
 
 
193 aa  115  1.0000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.129667 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0850  nitroreductase  40.62 
 
 
191 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.811499  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1763  nitroreductase  41.36 
 
 
190 aa  114  3e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0968  hypothetical protein  40.62 
 
 
191 aa  113  3e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4233  nitroreductase  40.3 
 
 
209 aa  112  5e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.064349  normal  0.419848 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0953  nitroreductase  36.84 
 
 
193 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.102151  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04578  nitroreductase family  38.8 
 
 
191 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4587  nitroreductase  36.22 
 
 
228 aa  109  7.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3754  nitroreductase  37.21 
 
 
220 aa  108  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.913341  normal  0.820114 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3795  nitroreductase  38.25 
 
 
185 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000000177685 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1668  nitroreductase  34.64 
 
 
187 aa  107  2e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.145589  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1923  nitroreductase family protein  40.57 
 
 
207 aa  106  4e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3888  nitroreductase  38.51 
 
 
169 aa  106  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4012  nitroreductase  38.25 
 
 
185 aa  105  7e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.147997  hitchhiker  0.000154736 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2036  nitroreductase  34.48 
 
 
187 aa  105  1e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.378927  normal  0.848302 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3123  nitroreductase  40 
 
 
187 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7221  nitroreductase  40.66 
 
 
221 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4506  nitroreductase  37.16 
 
 
185 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1405  nitroreductase  37.16 
 
 
185 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000113316  normal  0.729658 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1354  nitroreductase  38.12 
 
 
186 aa  103  3e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000836569  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22710  hypothetical protein  36.21 
 
 
186 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0282238 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2674  nitroreductase  34.43 
 
 
194 aa  102  6e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1061  nitroreductase  37.78 
 
 
208 aa  102  7e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.425769  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1919  hypothetical protein  35.06 
 
 
186 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1828  nitroreductase  39.38 
 
 
186 aa  101  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5206  hypothetical protein  35.52 
 
 
187 aa  101  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0077  nitroreductase  34.66 
 
 
196 aa  100  3e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2050  nitroreductase family protein  39.16 
 
 
207 aa  98.6  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0671  nitroreductase family protein  38.95 
 
 
207 aa  99  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0775  nitroreductase family protein  39.16 
 
 
207 aa  98.2  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1783  nitroreductase family protein  39.16 
 
 
207 aa  98.2  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0762  nitroreductase family protein  38.95 
 
 
207 aa  97.8  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2043  nitroreductase family protein  39.16 
 
 
207 aa  98.2  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.144976  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2163  nitroreductase  36.42 
 
 
169 aa  97.4  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0519328 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1068  nitroreductase family protein  39.16 
 
 
207 aa  98.2  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1665  nitroreductase  35.62 
 
 
182 aa  97.4  3e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1495  hypothetical protein  36.63 
 
 
187 aa  96.3  5e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0669321 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1808  nitroreductase  35 
 
 
182 aa  95.1  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2478  nitroreductase  35 
 
 
182 aa  95.1  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.981358  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1800  nitroreductase  35 
 
 
182 aa  95.1  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.493936  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1008  nitroreductase  34.78 
 
 
199 aa  94.4  2e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0266  nitroreductase  36.99 
 
 
187 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2747  nitroreductase  38.18 
 
 
182 aa  94.4  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.501163 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1847  nitroreductase  35 
 
 
182 aa  94  3e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2220  nitroreductase family protein  33.95 
 
 
194 aa  93.6  4e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605376  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2304  nitroreductase  35 
 
 
182 aa  93.6  4e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0131618  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2494  nitroreductase  34.38 
 
 
182 aa  92.4  9e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.838709  hitchhiker  0.00693244 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1818  nitroreductase  35.8 
 
 
208 aa  92  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2374  nitroreductase  34.38 
 
 
182 aa  92  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.611093  normal  0.915737 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3592  nitroreductase  33.52 
 
 
186 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0449801  normal  0.683239 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2315  nitroreductase  35.37 
 
 
182 aa  90.5  3e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0434  nitroreductase  36.63 
 
 
214 aa  89.7  5e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.751284  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0443  nitroreductase  36.63 
 
 
220 aa  89.7  6e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.638139  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2708  nitroreductase family protein  33.75 
 
 
182 aa  89  8e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1661  nitroreductase  35.23 
 
 
214 aa  89.4  8e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.923365 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1618  nitroreductase  38.73 
 
 
195 aa  89  9e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15580  Nitroreductase  38.79 
 
 
186 aa  88.2  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.978849  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2466  nitroreductase  37.1 
 
 
192 aa  87.8  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.294476 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1457  nitroreductase family protein  35.75 
 
 
182 aa  87.4  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.124095  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1802  nitroreductase family protein  31.89 
 
 
186 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.649607  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0809  hypothetical protein  36.56 
 
 
192 aa  86.7  4e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3161  nitroreductase  36.93 
 
 
195 aa  86.7  4e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.497099  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0931  hypothetical protein  37.63 
 
 
189 aa  85.5  9e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0566  hypothetical protein  35.19 
 
 
182 aa  85.1  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.121072  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1833  nitroreductase  36.65 
 
 
182 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0967243  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2020  hypothetical protein  35.15 
 
 
183 aa  85.1  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000242439  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1056  nitroreductase  33.33 
 
 
195 aa  85.5  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.545888 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01734  predicted oxidoreductase  35.19 
 
 
183 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00353733  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1877  nitroreductase  35.19 
 
 
183 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000380394  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1682  hypothetical protein  34.68 
 
 
183 aa  84.7  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.5074  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2485  hypothetical protein  35.19 
 
 
183 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.175131  normal  0.297695 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1891  nitroreductase  33.33 
 
 
182 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0371  nitroreductase  36.56 
 
 
192 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.767422  normal  0.408673 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1867  hypothetical protein  35.19 
 
 
183 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0147803  decreased coverage  0.00000404862 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1849  hypothetical protein  35.19 
 
 
183 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000672951  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01722  hypothetical protein  35.19 
 
 
183 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00796019  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1988  hypothetical protein  35.19 
 
 
183 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00470911  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1532  nitroreductase  31.43 
 
 
182 aa  84  0.000000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1101  nitroreductase  35.71 
 
 
193 aa  84  0.000000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01646  putative nitroreductase  31.49 
 
 
183 aa  83.2  0.000000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00644737  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1426  hypothetical protein  34.57 
 
 
183 aa  83.2  0.000000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00297236  normal  0.808801 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2042  nitroreductase  31.48 
 
 
194 aa  82.8  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.258273  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2317  nitroreductase  36.47 
 
 
197 aa  82.8  0.000000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.844939  normal  0.193364 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1004  nitroreductase  33.75 
 
 
191 aa  82.4  0.000000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.97914  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2627  hypothetical protein  35.48 
 
 
216 aa  82.4  0.000000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.632412  normal  0.0266361 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6294  nitroreductase  34.13 
 
 
187 aa  82.4  0.000000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167962  normal  0.193293 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1480  nitroreductase  33.16 
 
 
188 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0228393  normal  0.126132 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02400  nitroreductase  36.09 
 
 
191 aa  81.6  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.305369  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2592  nitroreductase  35 
 
 
195 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.28104 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1967  hypothetical protein  36.42 
 
 
183 aa  81.3  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1069  nitroreductase family protein  31.93 
 
 
194 aa  80.5  0.00000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.600572  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1800  nitroreductase  30.77 
 
 
208 aa  80.5  0.00000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1740  nitroreductase  34.83 
 
 
182 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0450  nitroreductase  34.78 
 
 
187 aa  80.5  0.00000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.58966 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1011  nitroreductase  31.06 
 
 
212 aa  80.9  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0191  nitroreductase  32.34 
 
 
217 aa  80.5  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.104049  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2271  nitroreductase  35.88 
 
 
194 aa  80.9  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.800886  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>