More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3888 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3888  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 193 aa  399  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal  0.0941974 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2933  regulatory protein, TetR  64.58 
 
 		 193 aa  257  8e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316351  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3076  transcriptional regulator, TetR family  63.02 
 
 		 193 aa  250  9.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4221  TetR family transcriptional regulator  52.66 
 
 		 206 aa  209  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.360052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1606  TetR family transcriptional regulator  53.48 
 
 		 206 aa  207  5e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0686792  normal  0.0717181 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0962  TetR family transcriptional regulator  51.6 
 
 		 200 aa  206  2e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4292  TetR family transcriptional regulator  54.26 
 
 		 206 aa  202  3e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3964  TetR family transcriptional regulator  52.41 
 
 		 206 aa  201  8e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5954  TetR family transcriptional regulator  52.41 
 
 		 206 aa  201  8e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.419182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4403  TetR family transcriptional regulator  52.41 
 
 		 206 aa  201  8e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1702  TetR family transcriptional regulator  54.26 
 
 		 311 aa  199  3e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3824  TetR family transcriptional regulator  52.41 
 
 		 206 aa  199  3e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.472754 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0121  TetR family transcriptional regulator  53.19 
 
 		 200 aa  195  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1408  TetR family transcriptional regulator  53.19 
 
 		 200 aa  195  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1493  TetR family transcriptional regulator  53.19 
 
 		 200 aa  195  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1058  TetR family transcriptional regulator  53.19 
 
 		 200 aa  195  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0527  TetR family transcriptional regulator  53.19 
 
 		 200 aa  195  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.474473  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0974  TetR family transcriptional regulator  53.19 
 
 		 200 aa  195  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.543907  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2293  TetR family transcriptional regulator  53.19 
 
 		 247 aa  194  6e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.887651  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36300  TetR family transcriptional regulator  51.81 
 
 		 194 aa  192  3e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.564712  normal  0.0790295 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2475  TetR family transcriptional regulator  50.26 
 
 		 197 aa  191  7e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000212819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2231  TetR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 194 aa  190  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.558633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3100  putative transcriptional regulator  50.78 
 
 		 194 aa  189  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.209779  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0262  TetR family transcriptional regulator  50.78 
 
 		 198 aa  187  7e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000117006 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4360  regulatory protein TetR  50 
 
 		 200 aa  187  9e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1100  TetR family transcriptional regulator  51.03 
 
 		 194 aa  187  9e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0669836  normal  0.61487 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0476  TetR family transcriptional regulator  47.94 
 
 		 196 aa  187  1e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.146337 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0261  TetR family transcriptional regulator  49.22 
 
 		 198 aa  186  2e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00036521 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3760  TetR family transcriptional regulator  49.22 
 
 		 198 aa  186  2e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0016  TetR family transcriptional regulator  47.94 
 
 		 206 aa  184  7e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.951687  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4468  TetR family transcriptional regulator  48.19 
 
 		 198 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0268  transcriptional regulator, TetR family  48.19 
 
 		 198 aa  181  8.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0162  TetR family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 201 aa  180  1e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4395  transcriptional regulator, TetR family  48.96 
 
 		 196 aa  179  2e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.724029  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0264  TetR family transcriptional regulator  48.19 
 
 		 198 aa  178  4e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0272  TetR family transcriptional regulator  48.19 
 
 		 198 aa  178  4e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0272  TetR family transcriptional regulator  48.19 
 
 		 198 aa  178  4e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0287  TetR family transcriptional regulator  45.13 
 
 		 200 aa  174  5e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000147212 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0378  TetR family transcriptional regulator  46.63 
 
 		 202 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001314  transcriptional regulator  44.04 
 
 		 199 aa  171  7.999999999999999e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05195  transcriptional regulator  45.08 
 
 		 195 aa  169  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1388  regulatory protein, TetR  43.52 
 
 		 196 aa  168  4e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1014  TetR family transcriptional regulator  41.8 
 
 		 212 aa  158  4e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1351  TetR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 212 aa  156  2e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1045  transcriptional regulator, TetR family  44.68 
 
 		 222 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_003295  RSc1201  transcription regulator protein  44.68 
 
 		 209 aa  154  9e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.582864  normal  0.871194 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1137  transcriptional regulator, TetR family  43.62 
 
 		 209 aa  152  4e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.13929  normal  0.961099 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1872  TetR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 199 aa  150  7e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0047199  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2564  TetR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 199 aa  150  7e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000186036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1763  TetR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 199 aa  150  7e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139552  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2203  TetR family transcriptional regulator  41.71 
 
 		 206 aa  150  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0627793  hitchhiker  0.000036044 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1097  TetR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 196 aa  148  6e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1991  transcriptional regulator, TetR family  36.46 
 
 		 199 aa  139  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000115862  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1726  TetR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 199 aa  139  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.716564  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1980  TetR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 199 aa  139  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00264568  hitchhiker  0.00106159 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1841  transcriptional regulator, TetR family  36.46 
 
 		 199 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.170954  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2361  transcriptional regulator, TetR family  36.46 
 
 		 199 aa  139  3e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000141293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1549  TetR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 199 aa  139  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0178403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1860  TetR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 199 aa  138  4.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0204447  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1737  transcriptional regulator, TetR family  36.98 
 
 		 199 aa  134  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.151738  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1547  TetR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 199 aa  132  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.58457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1607  TetR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 199 aa  132  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1906  TetR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 199 aa  132  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1797  TetR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 199 aa  130  9e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0497705  normal  0.0268872 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1534  transcriptional regulator, TetR family  35.94 
 
 		 199 aa  130  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.239413  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01619  predicted DNA-binding transcriptional regulator  36.75 
 
 		 171 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000798557  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01609  hypothetical protein  36.75 
 
 		 171 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00000476829  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3088  transcriptional regulator of TetR family protein  37.29 
 
 		 198 aa  117  7e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.119848 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1242  transcriptional regulator, TetR-family  32.26 
 
 		 190 aa  117  9.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0127  transcriptional regulator, TetR family  36.46 
 
 		 193 aa  114  7.999999999999999e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4743  TetR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 212 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0480  transcriptional regulator, TetR family  36.07 
 
 		 205 aa  105  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.318214 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0803  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 196 aa  105  5e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0251  TetR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 212 aa  104  7e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.714148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1025  transcriptional regulator, TetR family  35.03 
 
 		 192 aa  104  1e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5288  TetR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 186 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5462  TetR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 212 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5400  TetR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 212 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00236367 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0770  TetR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 196 aa  102  4e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1435  TetR family regulatory protein  35.06 
 
 		 219 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4870  TetR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 186 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.318456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2215  TetR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 215 aa  100  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0083  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 219 aa  99  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.201393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1527  TetR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 212 aa  95.5  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3357  TetR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 211 aa  94.7  7e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0594456 
 
 
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NC_010814  Glov_3438  transcriptional regulator, TetR family  34.15 
 
 		 190 aa  94.7  8e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.547681  n/a   
 
 
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NC_007005  Psyr_2754  regulatory protein, TetR  31.25 
 
 		 219 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.396057  normal  0.0231562 
 
 
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NC_007498  Pcar_0436  TetR/AcrR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 193 aa  94  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00014648  n/a   
 
 
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NC_008345  Sfri_0765  transcriptional regulator, TetR family protein  34.64 
 
 		 222 aa  94  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013440  Hoch_4778  transcriptional regulator, TetR family  31.35 
 
 		 227 aa  93.6  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0545614  normal  1 
 
 
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NC_013422  Hneap_1603  transcriptional regulator, TetR family  32.77 
 
 		 213 aa  92.8  3e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007614  Nmul_A1967  TetR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 202 aa  92.8  3e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008340  Mlg_0208  TetR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 191 aa  91.7  7e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008740  Maqu_3409  TetR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 212 aa  91.3  8e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010581  Bind_2558  TetR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 190 aa  90.1  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008340  Mlg_0064  TetR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 210 aa  89.7  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011894  Mnod_0809  transcriptional regulator, TetR family  32.96 
 
 		 214 aa  89  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012560  Avin_25370  Transcriptional regulatory protein, TetR  31.9 
 
 		 209 aa  88.6  5e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_002977  MCA0316  TetR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 176 aa  87.8  9e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011666  Msil_1980  transcriptional regulator, TetR family  33.14 
 
 		 206 aa  87.8  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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