More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3739 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1591  D-alanine/D-serine/glycine permease  74.72 
 
 		 470 aa  676    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.892948  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04080  D-alanine/D-serine/glycine transporter  71.68 
 
 		 470 aa  672    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000357991  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3739  D-alanine/D-serine/glycine permease  100 
 
 		 482 aa  965    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0151839  normal  0.192087 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04043  hypothetical protein  71.68 
 
 		 470 aa  672    Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000255427  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3785  amino acid permease-associated region  71.68 
 
 		 470 aa  672    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000255253  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4718  D-alanine/D-serine/glycine permease  79.19 
 
 		 468 aa  764    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0967735  normal  0.0466612 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4840  D-alanine/D-serine/glycine permease  79.19 
 
 		 468 aa  765    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.317801  normal  0.122354 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0405  D-alanine/D-serine/glycine permease  74.14 
 
 		 457 aa  659    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0728357 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3098  D-alanine/D-serine/glycine permease  77.14 
 
 		 474 aa  733    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4676  D-alanine/D-serine/glycine permease  71.21 
 
 		 469 aa  668    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00205284  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1825  D-alanine/D-serine/glycine permease  72.29 
 
 		 466 aa  674    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.20063 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2259  D-alanine/D-serine/glycine permease  72.95 
 
 		 471 aa  667    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.046598  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4685  D-alanine/D-serine/glycine permease  71.88 
 
 		 467 aa  651    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000407821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4458  D-alanine/D-serine/glycine permease  72.32 
 
 		 467 aa  672    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000362617  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2361  D-alanine/D-serine/glycine permease  72.95 
 
 		 474 aa  667    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.149802  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4632  D-alanine/D-serine/glycine permease  78.39 
 
 		 468 aa  761    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.75325  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4776  D-alanine/D-serine/glycine permease  71.68 
 
 		 470 aa  672    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471149  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0378  D-alanine/D-serine/glycine permease  70.55 
 
 		 469 aa  664    Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000253333  normal  0.311262 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4896  D-alanine/D-serine/glycine permease  79.7 
 
 		 473 aa  767    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.673653  normal  0.259186 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4759  D-alanine/D-serine/glycine permease  71.65 
 
 		 467 aa  672    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.329595  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3798  D-alanine/D-serine/glycine permease  71.68 
 
 		 470 aa  672    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000560112  normal  0.948087 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4749  D-alanine/D-serine/glycine permease  71.68 
 
 		 470 aa  670    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000228678  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1516  amino acid permease-associated region  72.23 
 
 		 469 aa  649    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.413789  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2608  D-alanine/D-serine/glycine permease  81.72 
 
 		 487 aa  765    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.737465 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4794  D-alanine/D-serine/glycine permease  71.65 
 
 		 467 aa  672    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.489012  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4816  D-alanine/D-serine/glycine permease  71.21 
 
 		 469 aa  668    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.343115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4666  D-alanine/D-serine/glycine permease  71.21 
 
 		 469 aa  668    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0386097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5725  D-alanine/D-serine/glycine permease  71.68 
 
 		 470 aa  672    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00067927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2045  D-alanine/D-serine/glycine permease  72.73 
 
 		 471 aa  665    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00488299  normal  0.01176 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2672  D-alanine/D-serine/glycine permease  73.36 
 
 		 470 aa  674    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.164346  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1448  amino acid permease-associated region  70.33 
 
 		 473 aa  619  1e-176  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30130  gamma-aminobutyrate permease-like transporter  69.33 
 
 		 503 aa  606  9.999999999999999e-173  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.362555 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0916  D-serine/D-alanine/glycine transporter  64.04 
 
 		 466 aa  602  1.0000000000000001e-171  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.104508  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0983  amino acid permease-associated region  62.47 
 
 		 473 aa  581  1.0000000000000001e-165  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.604277  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4275  amino acid permease-associated region  63.08 
 
 		 467 aa  580  1e-164  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3773  amino acid permease-associated region  60.74 
 
 		 502 aa  578  1e-164  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0539  amino acid permease-associated region  66.37 
 
 		 513 aa  575  1.0000000000000001e-163  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04173  D-alanine/D-serine/glycine permease  75.23 
 
 		 440 aa  571  1.0000000000000001e-162  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11719  D-serine/alanine/glycine transporter protein cycA  59.82 
 
 		 556 aa  518  1e-146  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.636709  normal  0.17883 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2394  amino acid permease-associated region  57.02 
 
 		 472 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3611  amino acid permease-associated region  58.33 
 
 		 493 aa  502  1e-141  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0056  amino acid permease family protein  59.83 
 
 		 467 aa  496  1e-139  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2200  amino acid permease-associated region  56.62 
 
 		 467 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0051  amino acid permease family protein  59.83 
 
 		 467 aa  494  9.999999999999999e-139  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.450318  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1260  amino acid permease family protein  52.64 
 
 		 452 aa  487  1e-136  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2472  amino acid permease-associated region  54.47 
 
 		 485 aa  479  1e-134  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1753  amino acid permease-associated region  51.55 
 
 		 453 aa  474  1e-132  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0124899  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1787  amino acid permease-associated region  51.55 
 
 		 453 aa  474  1e-132  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2142  amino acid permease family protein  46.71 
 
 		 459 aa  464  1e-129  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2017  amino acid permease family protein  49.01 
 
 		 458 aa  459  9.999999999999999e-129  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.000181843  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2513  amino acid permease-associated region  48.26 
 
 		 469 aa  459  9.999999999999999e-129  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0665501  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2464  amino acid permease-associated region  48.26 
 
 		 469 aa  459  9.999999999999999e-129  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.025431  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4992  amino acid permease-associated region  48.12 
 
 		 475 aa  433  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1301  amino acid permease-associated region  48.2 
 
 		 448 aa  397  1e-109  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0100  amino acid permease-associated region  46.12 
 
 		 449 aa  395  1e-109  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000148817  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0103  gamma-aminobutyrate permease related permease  46.19 
 
 		 449 aa  389  1e-107  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000103198  hitchhiker  0.00000046337 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3525  amino acid permease-associated region  43.32 
 
 		 462 aa  385  1e-106  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3389  amino acid permease-associated region  43.56 
 
 		 464 aa  384  1e-105  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4894  amino acid permease-associated region  44.22 
 
 		 459 aa  381  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3129  amino acid permease  44.1 
 
 		 468 aa  381  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2796  amino acid permease  44.55 
 
 		 468 aa  377  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0563419  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0036  amino acid permease  44.77 
 
 		 468 aa  378  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0019  amino acid permease  44.55 
 
 		 468 aa  377  1e-103  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.038207  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1747  amino acid permease  44.55 
 
 		 468 aa  377  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3814  amino acid permease  44.77 
 
 		 468 aa  378  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.756679  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3874  amino acid permease  44.77 
 
 		 468 aa  378  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3181  amino acid permease  44.55 
 
 		 468 aa  377  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0762  amino acid permease family protein  43.33 
 
 		 463 aa  372  1e-102  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.561238  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0659  amino acid permease family protein  43.56 
 
 		 463 aa  373  1e-102  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000492464  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0603  amino acid permease; proline-specific permease  43.56 
 
 		 463 aa  372  1e-102  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000034111  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0604  amino acid permease; proline-specific permease  43.56 
 
 		 463 aa  373  1e-102  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000017445  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0693  amino acid permease family protein  43.56 
 
 		 463 aa  373  1e-102  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.890997  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0748  amino acid permease family protein  43.56 
 
 		 463 aa  373  1e-102  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000194828 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0725  amino acid permease family protein  43.33 
 
 		 463 aa  375  1e-102  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.050872  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0821  amino acid permease family protein  43.33 
 
 		 463 aa  372  1e-102  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000433182  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0584  amino acid permease-associated region  43.33 
 
 		 463 aa  369  1e-101  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000395475  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4610  amino acid permease family protein  43.11 
 
 		 463 aa  371  1e-101  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000638139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0608  amino acid permease-associated region  42.63 
 
 		 463 aa  370  1e-101  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000166726  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2459  amino acid permease-associated region  41.05 
 
 		 462 aa  365  1e-100  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000167644  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0172  amino acid permease-associated region  44.03 
 
 		 468 aa  367  1e-100  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3996  amino acid permease-associated region  43.14 
 
 		 460 aa  363  5.0000000000000005e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5984  amino acid permease-associated region  43.14 
 
 		 460 aa  363  5.0000000000000005e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4371  amino acid permease-associated region  43.14 
 
 		 460 aa  363  5.0000000000000005e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2440  amino acid permease  42.51 
 
 		 461 aa  362  8e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1560  amino acid permease  41.85 
 
 		 461 aa  362  8e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.762264  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1170  amino acid permease  42.73 
 
 		 485 aa  362  8e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.247985  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1646  amino acid transporter  42.7 
 
 		 460 aa  361  1e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.815643  normal  0.134679 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4353  amino acid permease-associated region  42.28 
 
 		 472 aa  360  2e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.578199 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0870  putative proline-specific permease  41.61 
 
 		 456 aa  360  3e-98  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0663  gamma-aminobutyrate permease related permease  43.72 
 
 		 457 aa  360  3e-98  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0439  putative proline-specific permease  41.47 
 
 		 476 aa  359  7e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.37513  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1059  amino acid permease-associated region  42.07 
 
 		 472 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.341828  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0717  amino acid permease  42.66 
 
 		 447 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0458  putative proline-specific permease  41.47 
 
 		 476 aa  358  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3225  amino acid permease-associated region  41.24 
 
 		 467 aa  358  9.999999999999999e-98  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1100  amino acid permease-associated region  42.07 
 
 		 472 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0119846  normal  0.968879 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0745  amino acid permease  42.66 
 
 		 447 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.527192  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0439  putative proline-specific permease  41.47 
 
 		 476 aa  358  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1709  amino acid permease  42.66 
 
 		 447 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4561  amino acid permease-associated region  43.1 
 
 		 473 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>