More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3474 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3474  diguanylate cyclase  100 
 
 		 393 aa  791    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0624369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4831  diguanylate cyclase  41.77 
 
 		 392 aa  243  3.9999999999999997e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2408  diguanylate cyclase  32.67 
 
 		 427 aa  172  9e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5658  putative diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 395 aa  164  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0922182 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0946  GGDEF domain-containing protein  33.8 
 
 		 369 aa  148  1.0000000000000001e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.647748  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1004  GGDEF domain-containing protein  33.51 
 
 		 369 aa  149  1.0000000000000001e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.662201  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1296  diguanylate cyclase  30.99 
 
 		 389 aa  144  4e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  29.37 
 
 		 388 aa  139  7e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  44.26 
 
 		 540 aa  136  5e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  36.82 
 
 		 477 aa  135  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  44.44 
 
 		 355 aa  134  3e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  45.62 
 
 		 302 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6915  diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 202 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.322303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  34.8 
 
 		 477 aa  131  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0116  diguanylate cyclase  28.76 
 
 		 382 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.378777  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.51 
 
 		 772 aa  130  4.0000000000000003e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4417  diguanylate cyclase  35.42 
 
 		 401 aa  130  5.0000000000000004e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01027  predicted diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 452 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1145  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 476 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  45.16 
 
 		 796 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1267  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  40.12 
 
 		 476 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.413897 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01034  hypothetical protein  40.12 
 
 		 452 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1143  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 476 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.011762  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2617  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 452 aa  129  9.000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.885697  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2571  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 452 aa  129  9.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0240912 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  45.81 
 
 		 323 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3362  diguanylate cyclase  44.03 
 
 		 380 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  45.81 
 
 		 459 aa  127  3e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  42.56 
 
 		 306 aa  126  5e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  42.56 
 
 		 307 aa  126  5e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1806  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 473 aa  126  6e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.782438  hitchhiker  0.00449211 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 492 aa  126  8.000000000000001e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 390 aa  125  9e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  34.2 
 
 		 532 aa  125  1e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  43.04 
 
 		 405 aa  125  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 577 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 571 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  33.77 
 
 		 532 aa  124  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 569 aa  124  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.96 
 
 		 901 aa  124  3e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0422  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 317 aa  124  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 220 aa  124  3e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  40 
 
 		 640 aa  124  3e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  38.14 
 
 		 373 aa  124  4e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 532 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4604  diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 489 aa  124  4e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  36.6 
 
 		 603 aa  123  5e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  43.04 
 
 		 564 aa  122  8e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0470  GGDEF  43.67 
 
 		 412 aa  122  9e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1056  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 580 aa  122  9e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.77678  normal  0.689214 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 381 aa  122  9e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  45.29 
 
 		 446 aa  122  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0346  diguanylate cyclase  45.14 
 
 		 570 aa  122  9.999999999999999e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.292647 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 409 aa  122  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0266  diguanylate cyclase  43.4 
 
 		 1195 aa  122  9.999999999999999e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 438 aa  122  9.999999999999999e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 581 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  41.5 
 
 		 385 aa  122  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 624 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 392 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.31 
 
 		 610 aa  121  1.9999999999999998e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  35.61 
 
 		 417 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 499 aa  121  1.9999999999999998e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 363 aa  120  3e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  41.76 
 
 		 353 aa  120  3e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1194  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 471 aa  120  3e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.361877  normal  0.129887 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.1 
 
 		 448 aa  120  3e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1546  diguanylate cyclase  35.36 
 
 		 416 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0539589  hitchhiker  0.00796281 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2986  diguanylate cyclase  42.95 
 
 		 518 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000165218 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  45.57 
 
 		 457 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1373  diguanylate cyclase  42.95 
 
 		 518 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 532 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 427 aa  120  4.9999999999999996e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  37.3 
 
 		 518 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  39.29 
 
 		 565 aa  119  6e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  42.08 
 
 		 625 aa  119  7e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  35.23 
 
 		 417 aa  119  7e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1471  diguanylate cyclase  30.47 
 
 		 398 aa  119  7.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0238873 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 614 aa  119  7.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  44.3 
 
 		 455 aa  119  7.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0265  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 456 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  35.37 
 
 		 556 aa  119  7.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  35.53 
 
 		 487 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  40.1 
 
 		 474 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3910  diguanylate cyclase  45.66 
 
 		 537 aa  119  9e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.283041  normal  0.244259 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 625 aa  119  9e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 443 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  36.22 
 
 		 385 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1398  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 518 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0531857  decreased coverage  0.00306238 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  44.2 
 
 		 377 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0333  GGDEF domain-containing protein  34.34 
 
 		 364 aa  119  9.999999999999999e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  30.6 
 
 		 413 aa  119  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 464 aa  119  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 625 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 625 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  41.92 
 
 		 461 aa  118  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  40.3 
 
 		 571 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  39.35 
 
 		 459 aa  119  9.999999999999999e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 454 aa  119  9.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  45.86 
 
 		 387 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>