More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2770 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_2770  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
410 aa  833    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.674174 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4086  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  70.9 
 
 
390 aa  529  1e-149  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1258  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  65.98 
 
 
389 aa  511  1e-143  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.534766  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5950  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  62.08 
 
 
386 aa  483  1e-135  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.12278  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1612  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.46 
 
 
386 aa  402  1e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1429  CAIB/BAIF family protein  51.98 
 
 
422 aa  393  1e-108  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.587908  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1225  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.11 
 
 
382 aa  394  1e-108  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0131268  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  48.14 
 
 
396 aa  363  2e-99  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02281  predicted CoA-transferase, NAD(P)-binding  46.35 
 
 
381 aa  342  7e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1286  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.35 
 
 
381 aa  342  7e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2508  hypothetical protein  46.35 
 
 
381 aa  342  7e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0122799  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1298  hypothetical protein  46.35 
 
 
381 aa  342  7e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02242  hypothetical protein  46.35 
 
 
381 aa  342  7e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2658  hypothetical protein  46.09 
 
 
381 aa  340  4e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2740  hypothetical protein  46.09 
 
 
381 aa  339  5e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.382378  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2521  hypothetical protein  46.09 
 
 
381 aa  338  8e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.67 
 
 
404 aa  337  2.9999999999999997e-91  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1900  CAIB/BAIF family protein  45.62 
 
 
401 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.894155  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  45.36 
 
 
396 aa  314  1.9999999999999998e-84  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0321  CaiB/BaiF family protein  45.52 
 
 
421 aa  312  7.999999999999999e-84  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0117662 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.65 
 
 
409 aa  311  1e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  42.67 
 
 
418 aa  311  1e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  41.9 
 
 
413 aa  310  2e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  44.62 
 
 
396 aa  310  2e-83  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0442  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.87 
 
 
387 aa  310  2.9999999999999997e-83  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.19 
 
 
395 aa  310  4e-83  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.67 
 
 
418 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.71 
 
 
426 aa  308  8e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.19 
 
 
415 aa  308  1.0000000000000001e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.4 
 
 
419 aa  307  2.0000000000000002e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.26 
 
 
416 aa  307  2.0000000000000002e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  41.98 
 
 
435 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1386  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.23 
 
 
406 aa  306  3e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331191  normal  0.197084 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1408  Formyl-CoA transferase  41.97 
 
 
406 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0926  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.97 
 
 
406 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.82 
 
 
433 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.04 
 
 
418 aa  304  1.0000000000000001e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1735  Formyl-CoA transferase  41.69 
 
 
448 aa  304  2.0000000000000002e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.186489 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.04 
 
 
418 aa  304  2.0000000000000002e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4628  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.25 
 
 
415 aa  303  4.0000000000000003e-81  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.223388  normal  0.0147966 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1981  Formyl-CoA transferase  42.24 
 
 
425 aa  302  7.000000000000001e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.5463  hitchhiker  0.00178281 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  41.97 
 
 
406 aa  302  9e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  41.97 
 
 
406 aa  302  9e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  41.97 
 
 
406 aa  302  9e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.93 
 
 
452 aa  301  1e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  41.97 
 
 
544 aa  301  1e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.82 
 
 
391 aa  301  1e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.221715 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1328  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.23 
 
 
394 aa  301  1e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  41.97 
 
 
577 aa  301  2e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  41.71 
 
 
406 aa  301  2e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  41.97 
 
 
568 aa  301  2e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0683  Formyl-CoA transferase  46.89 
 
 
416 aa  301  2e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0905  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.39 
 
 
410 aa  300  2e-80  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.36953  normal  0.0364065 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.3 
 
 
390 aa  300  2e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.402932  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.23 
 
 
434 aa  300  3e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1285  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.19 
 
 
426 aa  300  3e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.71 
 
 
407 aa  300  4e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.98 
 
 
415 aa  300  4e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.15 
 
 
388 aa  300  4e-80  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0119  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.15 
 
 
413 aa  299  6e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391223  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0899  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.62 
 
 
407 aa  298  8e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.93 
 
 
406 aa  298  1e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  41.71 
 
 
406 aa  298  1e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.84 
 
 
415 aa  298  1e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1321  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.93 
 
 
406 aa  298  1e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.680046  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0458  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.17 
 
 
429 aa  298  1e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.58 
 
 
413 aa  297  2e-79  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.19 
 
 
407 aa  298  2e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1886  Alpha-methylacyl-CoA racemase  41.01 
 
 
384 aa  297  2e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.494704 
 
 
-
 
NC_004310  BR1084  CAIB/BAIF family protein  42.71 
 
 
381 aa  296  3e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.254633  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1045  CAIB/BAIF family protein  42.71 
 
 
381 aa  296  3e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.372992  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0937  Formyl-CoA transferase  43.35 
 
 
407 aa  296  3e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1535  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.36 
 
 
412 aa  296  4e-79  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.56 
 
 
415 aa  296  4e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2884  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.84 
 
 
400 aa  295  1e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.4 
 
 
424 aa  294  2e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.68 
 
 
416 aa  294  2e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31729 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2624  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.05 
 
 
399 aa  294  2e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.64 
 
 
406 aa  293  3e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.22 
 
 
402 aa  293  3e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2142  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.2 
 
 
446 aa  293  4e-78  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4039  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.15 
 
 
407 aa  293  4e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194141  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0796  putative transmembrane protein  41.45 
 
 
420 aa  293  6e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0224  CAIB/BAIF family protein  40.05 
 
 
413 aa  292  6e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.19 
 
 
407 aa  292  6e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0816  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.64 
 
 
423 aa  292  6e-78  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0207  CAIB/BAIF family protein  40.05 
 
 
413 aa  292  6e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0143  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.77 
 
 
413 aa  292  8e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.235606 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0806  L-carnitine dehydratase  39.9 
 
 
423 aa  291  1e-77  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.262656  normal  0.194155 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0813  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.41 
 
 
406 aa  290  2e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.279858  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.52 
 
 
406 aa  291  2e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0899  Formyl-CoA transferase  38.96 
 
 
427 aa  290  2e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  39.64 
 
 
406 aa  290  4e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.19 
 
 
407 aa  290  4e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0133  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.18 
 
 
428 aa  289  5.0000000000000004e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5109  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.99 
 
 
394 aa  289  5.0000000000000004e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00125099  normal  0.9776 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0395  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  42.27 
 
 
399 aa  289  6e-77  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000919685 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_10503  conserved hypothetical protein  39.26 
 
 
442 aa  288  1e-76  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0354311  normal  0.124736 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5877  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.27 
 
 
422 aa  288  1e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0151  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.18 
 
 
450 aa  287  2e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>