100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2577 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_2611  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
135 aa  259  1e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0796411  hitchhiker  0.0000000000000114 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2577  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
135 aa  259  1e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0918178  hitchhiker  0.000133769 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0338  XRE family transcriptional regulator  43.52 
 
 
171 aa  72.8  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1447  putative transcription regulator protein  54.29 
 
 
84 aa  71.2  0.000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4519  XRE family transcriptional regulator  49.28 
 
 
168 aa  69.3  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3331  putative transcription regulator protein  45 
 
 
94 aa  65.5  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6085  transcriptional regulator, XRE family  42.25 
 
 
85 aa  64.7  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.815218  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5530  XRE family transcriptional regulator  41.23 
 
 
162 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0171722 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0789  HipB domain-containing protein  45.45 
 
 
155 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.107176  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0094  transcriptional regulator, XRE family  41.43 
 
 
85 aa  57.4  0.00000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.850445  normal  0.0181777 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1252  putative transcription regulator protein  39.71 
 
 
88 aa  57.4  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2151  putative transcriptionl regulator HipB  41.18 
 
 
136 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.690845  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1592  HipB domain-containing protein  41.18 
 
 
134 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2236  putative transcriptionl regulator HipB  41.18 
 
 
136 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.74282  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2003  HipB domain-containing protein  41.18 
 
 
134 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0681  putative transcriptionl regulator HipB  41.18 
 
 
134 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0634  HipB domain-containing protein  41.18 
 
 
136 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.29949  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1365  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 
173 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.927865 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4224  XRE family transcriptional regulator  42.68 
 
 
161 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4276  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 
145 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.173641 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3808  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 
145 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.57528 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3946  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.25 
 
 
91 aa  53.9  0.0000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1622  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 
142 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00320147  normal  0.504339 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5958  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 
134 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003247  putative transcription regulator protein  35.21 
 
 
88 aa  53.5  0.0000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5634  XRE family transcriptional regulator  40.79 
 
 
82 aa  52.4  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.909222  normal  0.150315 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0143  transcriptional regulator, XRE family  36.25 
 
 
825 aa  51.6  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.514651 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4397  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 
135 aa  50.8  0.000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.78876 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3970  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 
135 aa  50.8  0.000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4902  transcriptional regulator, XRE family  52.17 
 
 
84 aa  48.9  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.173853  normal  0.0865423 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1915  XRE family transcriptional regulator  36.11 
 
 
80 aa  48.1  0.00004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.799088  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3701  transcriptional regulator, XRE family  30.49 
 
 
101 aa  47  0.00009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1801  DNA-binding transcriptional regulator HipB  30.77 
 
 
83 aa  47  0.00009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3260  transcriptional regulator, XRE family  47.17 
 
 
513 aa  47  0.00009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0795644  normal  0.23679 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1709  DNA-binding transcriptional regulator HipB  29.73 
 
 
94 aa  45.4  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1591  DNA-binding transcriptional regulator HipB  32 
 
 
94 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5916  XRE family transcriptional regulator  35.62 
 
 
87 aa  45.1  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01470  DNA-binding transcriptional regulator  32 
 
 
88 aa  44.7  0.0004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2138  transcriptional regulator, XRE family  32 
 
 
88 aa  44.7  0.0004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0287483  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2149  DNA-binding transcriptional regulator HipB  32 
 
 
88 aa  44.7  0.0004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.17084  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01480  hypothetical protein  32 
 
 
88 aa  44.7  0.0004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4813  putative transcriptionl regulator HipB  31.25 
 
 
101 aa  44.3  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0743  DNA-binding protein  45.24 
 
 
80 aa  44.3  0.0006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0719  DNA-binding protein  45.24 
 
 
80 aa  44.3  0.0006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.196932  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1707  DNA-binding protein  45.24 
 
 
80 aa  44.3  0.0006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1559  DNA-binding protein  45.24 
 
 
80 aa  44.3  0.0007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.810667  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2441  DNA-binding protein  45.24 
 
 
80 aa  44.3  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1246  DNA-binding protein  45.24 
 
 
80 aa  44.3  0.0007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.578172  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6705  helix-turn-helix domain protein  42.59 
 
 
292 aa  43.5  0.0009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2038  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 
248 aa  43.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4245  helix-turn-helix domain protein  30 
 
 
84 aa  43.5  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4679  putative transcriptional regulator  41.3 
 
 
180 aa  43.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 
182 aa  42.4  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  38.6 
 
 
476 aa  42.7  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  39.58 
 
 
87 aa  42.4  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4246  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
162 aa  42.7  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000130634 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  32.48 
 
 
204 aa  42.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1365  hypothetical protein  42.31 
 
 
477 aa  42  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.26016  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1353  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 
88 aa  41.6  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000308869  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  42.22 
 
 
182 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5270  putative XRE family transcriptional regulator  48.89 
 
 
101 aa  41.6  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.365814 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  42.22 
 
 
182 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1496  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 
110 aa  41.6  0.003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 
184 aa  42  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  42.22 
 
 
182 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  42.22 
 
 
182 aa  42  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  42.22 
 
 
182 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 
182 aa  42  0.003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1451  helix-turn-helix domain-containing protein  34.92 
 
 
127 aa  41.6  0.003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2898  transcriptional regulator, XRE family  29.58 
 
 
83 aa  41.6  0.004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3013  XRE family transcriptional regulator  38.78 
 
 
182 aa  41.6  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 
182 aa  41.2  0.004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  39.62 
 
 
76 aa  41.6  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2410  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 
141 aa  41.6  0.004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000774173  normal  0.481646 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  36.73 
 
 
182 aa  41.2  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2293  XRE family transcriptional regulator  41.3 
 
 
184 aa  41.6  0.004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.351634 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3106  XRE family transcriptional regulator  24.1 
 
 
121 aa  41.2  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  42.22 
 
 
182 aa  41.2  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2034  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 
83 aa  41.2  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.194194 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13300  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  37.7 
 
 
509 aa  40.8  0.006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.801467  normal  0.209244 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0718  Cro/CI family transcriptional regulator  30.89 
 
 
264 aa  40.8  0.006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0726  Cro/CI family transcriptional regulator  30.89 
 
 
264 aa  40.8  0.006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1582  mobile mystery protein A  37.04 
 
 
170 aa  40.8  0.006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 
77 aa  41.2  0.006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1505  XRE family transcriptional regulator  32.26 
 
 
87 aa  40.8  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.139126  normal  0.0361039 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
208 aa  40.8  0.007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2232  Cro/CI family transcriptional regulator  45.65 
 
 
177 aa  40.4  0.007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  40 
 
 
182 aa  40.8  0.007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3508  XRE family transcriptional regulator  41.51 
 
 
187 aa  40.8  0.007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0510026 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47950  Cupin, RmlC-type protein  36.73 
 
 
182 aa  40.4  0.007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
208 aa  40.8  0.007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
208 aa  40.8  0.007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4068  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 
432 aa  40.8  0.007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3754  helix-turn-helix domain protein  44.44 
 
 
78 aa  40.4  0.009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0017  transcriptional regulator, XRE family  36.76 
 
 
134 aa  40.4  0.009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0591  transcriptional regulator, XRE family  47.5 
 
 
68 aa  40.4  0.009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2441  transcriptional regulator, XRE family  47.37 
 
 
113 aa  40.4  0.009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  40 
 
 
182 aa  40  0.01  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  40 
 
 
199 aa  40  0.01  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  40 
 
 
199 aa  40  0.01  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>