More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2304 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_2304  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 131 aa  269  1e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0985964 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  70.21 
 
 		 97 aa  141  3e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  68.63 
 
 		 107 aa  141  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  64.52 
 
 		 98 aa  133  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  67.74 
 
 		 97 aa  131  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  67.74 
 
 		 97 aa  131  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2082  transcriptional regulator, XRE family  66.67 
 
 		 102 aa  117  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2873  hypothetical protein  60.71 
 
 		 101 aa  114  6e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.305653  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0695  transcriptional regulator, XRE family  55.43 
 
 		 101 aa  114  6e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.381064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2406  hypothetical protein  59.52 
 
 		 99 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2174  XRE family transcriptional regulator  59.52 
 
 		 99 aa  112  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0931  transcriptional regulator, XRE family  59.52 
 
 		 99 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1349  XRE family transcriptional regulator  55.95 
 
 		 97 aa  102  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  46 
 
 		 106 aa  97.8  5e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 97 aa  93.2  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1135  XRE family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 99 aa  89.7  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3463  XRE family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 97 aa  88.2  3e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6198  XRE family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 104 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0459  transcriptional regulator, XRE family  52.38 
 
 		 81 aa  68.6  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.995488  normal  0.299966 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06215  hypothetical protein  46.15 
 
 		 68 aa  67.4  0.00000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4174  XRE family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 81 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.852413  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 81 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3837  helix-turn-helix domain-containing protein  50.85 
 
 		 68 aa  62.8  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  43.75 
 
 		 70 aa  62.8  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2012  DNA-binding protein  46.88 
 
 		 67 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0741905  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5293  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 81 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5565  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 81 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3420  transcriptional regulator, XRE family protein  46.15 
 
 		 68 aa  60.5  0.000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  44.29 
 
 		 79 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  45.31 
 
 		 67 aa  60.1  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4018  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 68 aa  60.1  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 81 aa  60.1  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 81 aa  58.5  0.00000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  50.88 
 
 		 91 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 203 aa  58.2  0.00000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4410  XRE family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 68 aa  57.4  0.00000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4271  XRE family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 68 aa  57.4  0.00000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0685  transcriptional regulator, XRE family  45.16 
 
 		 86 aa  57.4  0.00000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  43.08 
 
 		 94 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  43.08 
 
 		 94 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  43.08 
 
 		 94 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1892  transcriptional regulator, XRE family  38.03 
 
 		 89 aa  56.2  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.883347  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  43.08 
 
 		 94 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 91 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  43.08 
 
 		 94 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5197  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 		 88 aa  57  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  43.08 
 
 		 94 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 75 aa  56.2  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2009  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 66 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0175635  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  35.96 
 
 		 90 aa  55.8  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  40 
 
 		 67 aa  55.5  0.0000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 94 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1891  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 68 aa  54.7  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.810852  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  37.5 
 
 		 72 aa  54.7  0.0000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4980  XRE family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 93 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6923  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 81 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3457  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 68 aa  54.7  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 74 aa  55.1  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 73 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4217  helix-turn-helix domain-containing protein  45.9 
 
 		 69 aa  54.3  0.0000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.538571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2402  XRE family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 152 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.314707  normal  0.620084 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 73 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2349  hypothetical protein  37.5 
 
 		 69 aa  53.9  0.0000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 73 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  35.94 
 
 		 72 aa  53.9  0.0000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4255  transcriptional regulator, XRE family  33.8 
 
 		 333 aa  53.5  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000524025 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 96 aa  53.5  0.0000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4216  transcriptional regulator, XRE family  33.8 
 
 		 333 aa  53.5  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 224 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 76 aa  53.1  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0831  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 183 aa  53.1  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000078794  normal  0.173113 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4042  molybdate metabolism transcriptional regulator  31.94 
 
 		 376 aa  52.4  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.805509  normal  0.419577 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2665  transcriptional regulator, XRE family  33.77 
 
 		 233 aa  52.4  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000943632  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 76 aa  52  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 76 aa  52  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0025  putative DNA-binding protein  40 
 
 		 81 aa  52.8  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0532078  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4613  DNA-binding protein  35.38 
 
 		 190 aa  51.6  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1052  hypothetical protein  37.7 
 
 		 84 aa  51.6  0.000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0622  DNA-binding protein  35.38 
 
 		 190 aa  51.6  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.475485  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1570  transcriptional regulator, XRE family  33.77 
 
 		 233 aa  52  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2753  XRE family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 81 aa  51.6  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  40.62 
 
 		 80 aa  52  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  38.57 
 
 		 192 aa  52  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0540  helix-turn-helix domain-containing protein  35.06 
 
 		 90 aa  51.6  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.229999 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4631  DNA-binding protein  35.38 
 
 		 190 aa  51.2  0.000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4400  DNA-binding protein  35.38 
 
 		 190 aa  51.6  0.000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4240  DNA-binding protein  35.38 
 
 		 190 aa  51.2  0.000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4252  DNA-binding protein  35.38 
 
 		 190 aa  51.2  0.000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4333  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 190 aa  51.2  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2326  hypothetical protein  37.7 
 
 		 87 aa  51.6  0.000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4740  DNA-binding protein  35.38 
 
 		 190 aa  51.6  0.000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4633  DNA-binding protein  35.38 
 
 		 190 aa  51.2  0.000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 78 aa  51.6  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4617  DNA-binding protein  35.38 
 
 		 190 aa  51.6  0.000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0697  transcriptional regulator, XRE family  34.07 
 
 		 90 aa  51.2  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3268  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 91 aa  51.2  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2945  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  33.87 
 
 		 324 aa  50.8  0.000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.992735 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0075  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  35.38 
 
 		 304 aa  50.8  0.000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5790  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 90 aa  50.4  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.902407  hitchhiker  0.00485473 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03443  transcriptional regulator, HTH_3 family protein  32.81 
 
 		 208 aa  50.1  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>