54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2276 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_2276  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 214 aa  426  1e-118  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220665 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1608  XRE family transcriptional regulator  49.46 
 
 		 185 aa  170  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4178  helix-turn-helix domain-containing protein  46.05 
 
 		 130 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.886419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3376  XRE family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 129 aa  72.8  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3337  XRE family transcriptional regulator  47.95 
 
 		 123 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.98805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4829  XRE family transcriptional regulator  47.95 
 
 		 123 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.584136  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3673  XRE family transcriptional regulator  48.57 
 
 		 129 aa  72  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.151534  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3025  DNA-binding protein, putative  40.83 
 
 		 120 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.111076  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4100  Cro/CI family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 129 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.394089  normal  0.0554933 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2310  XRE family transcriptional regulator  54.1 
 
 		 130 aa  69.7  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000103087  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1365  putative phage repressor  56.45 
 
 		 227 aa  69.3  0.00000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1764  helix-turn-helix domain-containing protein  47.3 
 
 		 129 aa  69.3  0.00000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00226226 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4866  XRE family transcriptional regulator  48 
 
 		 179 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.894538  normal  0.194277 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1907  putative DNA-binding repressor transcription regulator protein  44.93 
 
 		 173 aa  65.9  0.0000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0629084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0314  XRE family transcriptional regulator  50.77 
 
 		 116 aa  65.1  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000214612  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0797  XRE family transcriptional regulator  50.77 
 
 		 116 aa  65.1  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000538753  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0766  Cro/CI family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 106 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.047378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3047  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  47.69 
 
 		 149 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0185896 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2710  XRE family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 116 aa  61.6  0.000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0177  putative DNA-binding repressor transcription regulator protein  45.16 
 
 		 149 aa  58.5  0.00000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3316  XRE family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 126 aa  57.4  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0996495  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3181  transcriptional regulator, putative  45.31 
 
 		 149 aa  57  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.387057  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2585  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 110 aa  56.6  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00026111  hitchhiker  0.00000611184 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2619  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 110 aa  56.6  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000698613  hitchhiker  0.000000000219561 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1700  XRE family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 156 aa  55.5  0.0000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01337  phage-related protei  47.69 
 
 		 143 aa  53.9  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.317958  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2905  XRE family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 134 aa  53.5  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0131008  normal  0.248064 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1627  transcriptional regulator, XRE family  40.58 
 
 		 135 aa  52.8  0.000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00124147  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15990  predicted transcriptional regulator  45.76 
 
 		 196 aa  48.9  0.00005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000020134 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2898  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  32.69 
 
 		 120 aa  49.3  0.00005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.270535  normal  0.294834 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0405  hypothetical protein  39.71 
 
 		 118 aa  48.9  0.00006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.000114125  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4463  XRE family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 117 aa  48.1  0.00009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2626  transcriptional regulator, XRE family  40.28 
 
 		 137 aa  48.1  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0239529  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3742  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 130 aa  45.8  0.0005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0294477  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1840  putative phage repressor  32.14 
 
 		 270 aa  45.4  0.0007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.100687  hitchhiker  0.0000604594 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2140  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 196 aa  43.5  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0844  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 142 aa  43.9  0.002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0958964 
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0007  DNA-binding protein  36.84 
 
 		 143 aa  43.1  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.479978  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 321 aa  43.1  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1274  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 152 aa  43.5  0.003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.222413  normal  0.176639 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4293  transcriptional regulator, XRE family  31.62 
 
 		 239 aa  42.7  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0956  DNA-binding protein  36.84 
 
 		 92 aa  42.7  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00187553  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0944  DNA-binding protein transcriptional regulator  36.84 
 
 		 149 aa  42.7  0.004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000485883  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1063  hypothetical protein  36.84 
 
 		 149 aa  42.4  0.005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0001043  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1103  hypothetical protein  36.84 
 
 		 149 aa  42.4  0.005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23911e-56 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0945  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 149 aa  42.7  0.005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000414379  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1022  DNA-binding protein  36.84 
 
 		 149 aa  42.4  0.005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000116919  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 137 aa  42  0.006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2457  transcriptional regulator, XRE family  47.83 
 
 		 380 aa  42  0.007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4236  hypothetical protein  42.86 
 
 		 149 aa  41.6  0.008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014165  hitchhiker  0.0000000209993 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1254  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 364 aa  42  0.008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1779  hypothetical protein  45.24 
 
 		 135 aa  41.6  0.01  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.515995 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 169 aa  41.6  0.01  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1978  XRE family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 183 aa  41.6  0.01  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>