More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2129 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  70.22 
 
 
637 aa  857    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  71.16 
 
 
633 aa  845    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  59.55 
 
 
598 aa  703    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
627 aa  1272    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  71.16 
 
 
610 aa  848    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.89 
 
 
616 aa  514  1e-144  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.89 
 
 
616 aa  510  1e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.81 
 
 
613 aa  501  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.75 
 
 
612 aa  491  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.56 
 
 
612 aa  489  1e-137  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.27 
 
 
612 aa  491  1e-137  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.21 
 
 
613 aa  483  1e-135  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.22 
 
 
615 aa  483  1e-135  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.22 
 
 
613 aa  482  1e-135  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.22 
 
 
613 aa  482  1e-135  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.4 
 
 
594 aa  476  1e-133  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.4 
 
 
594 aa  476  1e-133  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.88 
 
 
610 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.88 
 
 
587 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.03 
 
 
676 aa  414  1e-114  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.51 
 
 
606 aa  410  1e-113  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.93 
 
 
611 aa  392  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.28 
 
 
596 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.27 
 
 
632 aa  352  1e-95  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.87 
 
 
581 aa  352  2e-95  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  35.61 
 
 
590 aa  348  2e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  35.44 
 
 
590 aa  345  2e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.38 
 
 
590 aa  345  2e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  35.9 
 
 
601 aa  345  2e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  35.92 
 
 
582 aa  342  1e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.57 
 
 
599 aa  342  2e-92  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  35.64 
 
 
592 aa  340  5e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.18 
 
 
584 aa  335  1e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  34.03 
 
 
584 aa  332  9e-90  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  34.74 
 
 
584 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.43 
 
 
584 aa  324  3e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.1 
 
 
584 aa  323  5e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.13 
 
 
583 aa  323  5e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.94 
 
 
583 aa  322  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.05 
 
 
585 aa  313  4.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32 
 
 
572 aa  313  4.999999999999999e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.99 
 
 
585 aa  312  1e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.05 
 
 
585 aa  312  1e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.57 
 
 
605 aa  308  2.0000000000000002e-82  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.48 
 
 
585 aa  307  3e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.27 
 
 
590 aa  298  2e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.71 
 
 
580 aa  294  4e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.7 
 
 
773 aa  280  6e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.44 
 
 
753 aa  266  1e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.8 
 
 
883 aa  258  3e-67  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.88 
 
 
797 aa  255  1.0000000000000001e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.9 
 
 
766 aa  248  2e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  30.66 
 
 
603 aa  233  1e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.4 
 
 
786 aa  232  2e-59  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2369  diguanylate cyclase  42.05 
 
 
353 aa  230  6e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34805  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.3 
 
 
599 aa  219  7.999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1842  EAL domain protein  26.34 
 
 
590 aa  200  7e-50  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449408  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  29.95 
 
 
409 aa  197  5.000000000000001e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.84 
 
 
594 aa  187  4e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.74861  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.95 
 
 
633 aa  180  8e-44  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.08 
 
 
1036 aa  179  1e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.25 
 
 
1023 aa  178  3e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0543152  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.13 
 
 
806 aa  168  2.9999999999999998e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_003296  RS03683  hypothetical protein  53.28 
 
 
245 aa  166  9e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224684  normal  0.254773 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  33.01 
 
 
306 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  35.89 
 
 
284 aa  150  5e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  34.2 
 
 
357 aa  150  5e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.56 
 
 
565 aa  150  5e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.881972  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  33.22 
 
 
379 aa  150  6e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4836  putative diguanylate phosphodiesterase  39.33 
 
 
254 aa  150  6e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.252765  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0201  diguanylate cyclase  40.86 
 
 
446 aa  139  2e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.17932  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0184  diguanylate cyclase  40.86 
 
 
446 aa  135  3e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000988954 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  36.51 
 
 
425 aa  127  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3924  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.7 
 
 
443 aa  124  7e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.350169  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.59 
 
 
318 aa  123  8e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1937  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  41.48 
 
 
436 aa  122  3e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3221  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.53 
 
 
443 aa  121  3e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0497788 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4308  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.76 
 
 
552 aa  120  7e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  38.4 
 
 
385 aa  119  9.999999999999999e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1162  diguanylate cyclase  39.06 
 
 
373 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.332491 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2819  diguanylate cyclase  37.57 
 
 
438 aa  118  3e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000520374  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1584  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.76 
 
 
319 aa  118  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.335279  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1989  diguanylate cyclase  38.15 
 
 
442 aa  117  5e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000357818  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.65 
 
 
441 aa  117  5e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.130175  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  31.78 
 
 
332 aa  117  6.9999999999999995e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0768  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.42 
 
 
353 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.10697 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  34.84 
 
 
454 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  30.62 
 
 
475 aa  115  3e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  23.65 
 
 
734 aa  114  4.0000000000000004e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.32 
 
 
743 aa  114  4.0000000000000004e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4765  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.58 
 
 
1074 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000523741 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  30.54 
 
 
254 aa  114  5e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2421  diguanylate phosphodiesterase  34.87 
 
 
432 aa  114  8.000000000000001e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0356024  normal  0.0553373 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  35.32 
 
 
485 aa  113  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0130  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.69 
 
 
1072 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1534  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.06 
 
 
642 aa  112  3e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.376143  normal  0.346331 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4110  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  34.92 
 
 
411 aa  112  3e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0836  diguanylate phosphodiesterase  32.78 
 
 
252 aa  111  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.861332  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3814  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.6 
 
 
1131 aa  111  5e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.257486 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1055  two component signal transduction response regulator  33.93 
 
 
734 aa  110  6e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0148851  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>