More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2010 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_2010  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
360 aa  711    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5049  AraC family transcriptional regulator  65.45 
 
 
351 aa  441  9.999999999999999e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4629  AraC family transcriptional regulator  63.61 
 
 
363 aa  437  1e-121  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4713  AraC family transcriptional regulator  41.09 
 
 
345 aa  257  2e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0488626  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2814  AraC family transcriptional regulator  41.03 
 
 
335 aa  252  6e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.323358  normal  0.871008 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3846  AraC family transcriptional regulator  39.7 
 
 
338 aa  249  5e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3952  transcriptional regulator, AraC family  39.63 
 
 
358 aa  248  1e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.142509 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3839  transcriptional regulator, AraC family  39.63 
 
 
358 aa  248  1e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.565712  normal  0.744721 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  39.51 
 
 
343 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1732  AraC family transcriptional regulator  39.53 
 
 
340 aa  243  3.9999999999999997e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0570541  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2142  AraC family transcriptional regulator  38.69 
 
 
339 aa  243  5e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179718  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5295  AraC family transcriptional regulator  40.48 
 
 
347 aa  242  7e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0712927 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1606  AraC family transcriptional regulator  38.97 
 
 
358 aa  238  9e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2005  AraC family transcriptional regulator  41.44 
 
 
335 aa  235  1.0000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1666  AraC family transcriptional regulator  39.16 
 
 
337 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3849  helix-turn-helix, Fis-type  36.86 
 
 
352 aa  227  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1715  AraC family transcriptional regulator  37.88 
 
 
375 aa  219  7.999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2149  AraC family transcriptional regulator  37.13 
 
 
365 aa  216  5e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3901  helix-turn-helix, AraC type  38.11 
 
 
366 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5052  AraC family transcriptional regulator  35.98 
 
 
333 aa  202  7e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4632  AraC family transcriptional regulator  34.85 
 
 
335 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0442658  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  31.72 
 
 
332 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0421  AraC family transcriptional regulator  27.25 
 
 
350 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5229  AraC family transcriptional regulator  30.99 
 
 
339 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0958531  normal  0.127084 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13768  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 
353 aa  139  1e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3669  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 
338 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.697151 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0302  AraC family transcriptional regulator  28.45 
 
 
335 aa  126  5e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00847294 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5154  AraC family transcriptional regulator  30.47 
 
 
339 aa  126  6e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0307  AraC family transcriptional regulator  28.18 
 
 
335 aa  126  7e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  28.89 
 
 
359 aa  123  6e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2761  AraC family transcriptional regulator  28.61 
 
 
350 aa  122  7e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0523  helix-turn-helix domain-containing protein  29.97 
 
 
390 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.261458  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3717  AraC family transcriptional regulator  27.88 
 
 
335 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0218506 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1198  AraC family transcriptional regulator  28.44 
 
 
348 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.462338  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  26.55 
 
 
352 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5598  AraC family transcriptional regulator  30.21 
 
 
349 aa  117  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1284  helix-turn-helix domain-containing protein  31.85 
 
 
337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1029  AraC family transcriptional regulator  29.91 
 
 
351 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  26.38 
 
 
347 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1176  AraC family transcriptional regulator  27.54 
 
 
345 aa  113  6e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.214328 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5495  AraC/XylS family transcriptional regulator  30.72 
 
 
309 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.143439  normal  0.457572 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 
353 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13099  virulence-regulating transcriptional regulator VirS  28.83 
 
 
340 aa  110  5e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  27.36 
 
 
347 aa  110  5e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  27.98 
 
 
353 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 
348 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  28.27 
 
 
353 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  28.27 
 
 
353 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  28.27 
 
 
353 aa  106  7e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2600  AraC family transcriptional regulator  28.53 
 
 
351 aa  103  3e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1578  AraC family transcriptional regulator  28.06 
 
 
376 aa  103  4e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4110  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 
365 aa  103  5e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3048  AraC family transcriptional regulator  31.32 
 
 
342 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.428431  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  27.85 
 
 
337 aa  101  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4868  transcriptional regulator, AraC family  25.79 
 
 
365 aa  100  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.608166  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1593  helix-turn-helix domain-containing protein  28.71 
 
 
335 aa  100  3e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2412  AraC family transcriptional regulator  26.63 
 
 
386 aa  99.8  6e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.462091  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0034  helix-turn-helix domain-containing protein  28.9 
 
 
366 aa  99.8  6e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.131953  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1286  transcriptional regulator, AraC family  29.28 
 
 
360 aa  99  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  29.24 
 
 
345 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1277  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 
366 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  31.29 
 
 
337 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 
337 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4253  helix-turn-helix domain-containing protein  29.3 
 
 
362 aa  97.1  4e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.249278  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0043  helix-turn-helix domain-containing protein  28.97 
 
 
360 aa  97.1  4e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  28.35 
 
 
333 aa  95.9  9e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  27.91 
 
 
335 aa  94.7  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  27.13 
 
 
358 aa  94.4  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0267  HTH-type transcriptional regulator, AraC family  26.26 
 
 
335 aa  94  4e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.128312  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1998  transcriptional regulator, AraC family  27.21 
 
 
334 aa  93.6  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  28.86 
 
 
362 aa  93.2  6e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  30.98 
 
 
337 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  26.25 
 
 
334 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2261  AraC family transcriptional regulator  26.96 
 
 
327 aa  91.7  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1582  AraC family transcriptional regulator  26.83 
 
 
367 aa  91.3  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.116449 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  19.39 
 
 
341 aa  90.1  6e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2544  transcriptional regulator, AraC family  29.8 
 
 
330 aa  89  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  26.9 
 
 
340 aa  89  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  25.08 
 
 
344 aa  89  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2392  helix-turn-helix domain-containing protein  28.37 
 
 
381 aa  88.6  2e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.733232  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5276  transcriptional regulator, AraC family  24.54 
 
 
345 aa  87.8  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3102  helix-turn-helix, AraC type  29.67 
 
 
330 aa  86.7  6e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0110134 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 
357 aa  86.3  8e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5360  AraC family transcriptional regulator  27.05 
 
 
366 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.345948  normal  0.401219 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000628  putative transcription regulator  24.39 
 
 
333 aa  85.9  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  29.74 
 
 
338 aa  85.1  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0045  helix-turn-helix domain-containing protein  26.48 
 
 
373 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2269  transcriptional regulator, AraC family  23.88 
 
 
362 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1288  transcriptional regulator, AraC family  26.48 
 
 
373 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1356  transcriptional regulator, AraC family  29.43 
 
 
350 aa  84.3  0.000000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.496627  normal  0.0716856 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  27.57 
 
 
345 aa  84.3  0.000000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326701  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  22.15 
 
 
341 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1451  transcriptional regulator, AraC family  21.99 
 
 
338 aa  83.6  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.508698  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2004  AraC family transcriptional regulator  26.4 
 
 
346 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1196  AraC family transcriptional regulator  27.38 
 
 
336 aa  82.8  0.000000000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010373  M446_6972  hypothetical protein  22.83 
 
 
372 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5783  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 
366 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1389  transcriptional regulator, AraC family  22.98 
 
 
337 aa  80.9  0.00000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.734423  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  25.87 
 
 
341 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1134  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 
369 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.955983  normal  0.648616 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>