More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_1577 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  100 
 
 
493 aa  999    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  67.68 
 
 
493 aa  644    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  64.34 
 
 
497 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1376  deoxyribodipyrimidine photolyase  61.71 
 
 
492 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  61.7 
 
 
477 aa  602  1.0000000000000001e-171  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  63.92 
 
 
511 aa  598  1e-170  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  62.1 
 
 
499 aa  590  1e-167  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  61.29 
 
 
499 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  59.12 
 
 
504 aa  569  1e-161  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  60.16 
 
 
484 aa  565  1e-160  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  60 
 
 
513 aa  563  1.0000000000000001e-159  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4618  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  59.72 
 
 
515 aa  562  1.0000000000000001e-159  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  61.63 
 
 
488 aa  561  1.0000000000000001e-159  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  61.84 
 
 
488 aa  561  1e-158  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0703  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  59.3 
 
 
525 aa  556  1e-157  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  58.73 
 
 
481 aa  555  1e-157  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  54.44 
 
 
492 aa  541  9.999999999999999e-153  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0565  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  58.4 
 
 
518 aa  536  1e-151  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470462  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0617  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  57.58 
 
 
518 aa  532  1e-150  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00814306  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  53.74 
 
 
490 aa  533  1e-150  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  59.18 
 
 
470 aa  526  1e-148  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0029  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.54 
 
 
438 aa  383  1e-105  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.919202  normal  0.63493 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.92 
 
 
434 aa  374  1e-102  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.56 
 
 
479 aa  367  1e-100  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.56 
 
 
431 aa  367  1e-100  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1958  deoxyribodipyrimidine photolyase (photoreactivating enzyme)  40.86 
 
 
433 aa  364  2e-99  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021636 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2087  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.72 
 
 
434 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0527605  normal  0.0533895 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4249  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.86 
 
 
442 aa  355  1e-96  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.846588  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.96 
 
 
487 aa  349  6e-95  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.91 
 
 
491 aa  347  2e-94  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.68 
 
 
486 aa  343  5.999999999999999e-93  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11303  deoxyribodipyrimidine photolyase-class I  37.89 
 
 
434 aa  331  2e-89  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1479  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.72 
 
 
478 aa  323  5e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.48 
 
 
475 aa  320  3e-86  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  42.36 
 
 
473 aa  318  2e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.36 
 
 
472 aa  318  2e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.36 
 
 
472 aa  318  2e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.16 
 
 
475 aa  317  2e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.55 
 
 
462 aa  317  4e-85  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.16 
 
 
472 aa  316  5e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.16 
 
 
472 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.16 
 
 
472 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.42 
 
 
481 aa  313  2.9999999999999996e-84  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.56 
 
 
472 aa  312  1e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.45 
 
 
483 aa  311  1e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.01 
 
 
481 aa  310  2.9999999999999997e-83  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  42.42 
 
 
481 aa  310  2.9999999999999997e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.71 
 
 
471 aa  309  6.999999999999999e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  41.63 
 
 
456 aa  308  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0723  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.03 
 
 
472 aa  306  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.867142 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.94 
 
 
470 aa  306  7e-82  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.93 
 
 
487 aa  302  9e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05122  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.63 
 
 
471 aa  301  1e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.08 
 
 
474 aa  301  2e-80  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.11 
 
 
479 aa  298  1e-79  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.96 
 
 
454 aa  298  1e-79  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4736  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.75 
 
 
488 aa  297  3e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.303761 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.02 
 
 
473 aa  295  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  37.37 
 
 
471 aa  295  1e-78  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.98 
 
 
501 aa  295  1e-78  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.18 
 
 
475 aa  294  2e-78  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.581458 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  39.84 
 
 
469 aa  295  2e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.77 
 
 
487 aa  293  3e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.6 
 
 
473 aa  293  4e-78  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  37.17 
 
 
471 aa  293  5e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0831  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.02 
 
 
473 aa  293  5e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.31293  hitchhiker  0.0019608 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1212  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.47 
 
 
470 aa  293  6e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.821476  normal  0.0350184 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0769  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.02 
 
 
473 aa  293  7e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.568717 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0729  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.04 
 
 
483 aa  292  8e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0756  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.82 
 
 
473 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.645703  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.52 
 
 
484 aa  290  4e-77  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1121  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.21 
 
 
482 aa  290  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0817  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.82 
 
 
473 aa  290  5.0000000000000004e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4658  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.15 
 
 
476 aa  290  5.0000000000000004e-77  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0553081  normal  0.710404 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.32 
 
 
499 aa  290  6e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.99 
 
 
482 aa  290  6e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0465  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.62 
 
 
473 aa  289  7e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.83 
 
 
487 aa  288  1e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.84 
 
 
478 aa  288  1e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.03 
 
 
487 aa  288  2e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.83 
 
 
487 aa  288  2e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  37.35 
 
 
474 aa  288  2e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.12 
 
 
483 aa  288  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.8 
 
 
505 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2879  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.96 
 
 
470 aa  286  4e-76  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0776  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.92 
 
 
479 aa  286  4e-76  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0436296  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.4 
 
 
499 aa  286  5e-76  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.67 
 
 
468 aa  286  5.999999999999999e-76  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.69 
 
 
500 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.74 
 
 
505 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3211  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.37 
 
 
499 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.07 
 
 
478 aa  285  2.0000000000000002e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2714  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.54 
 
 
493 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.97 
 
 
479 aa  284  2.0000000000000002e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.81 
 
 
463 aa  284  2.0000000000000002e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  34.84 
 
 
476 aa  283  3.0000000000000004e-75  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.87 
 
 
518 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0814  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.17 
 
 
490 aa  283  5.000000000000001e-75  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2305  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.27 
 
 
467 aa  283  6.000000000000001e-75  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000471562  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  32.92 
 
 
476 aa  282  8.000000000000001e-75  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>