234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0895 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_0895  exonuclease subunit SbcD  100 
 
 		 425 aa  845    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1920  exonuclease subunit SbcD  64.73 
 
 		 414 aa  503  1e-141  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3542  exonuclease subunit SbcD  62.84 
 
 		 404 aa  491  1e-137  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.113465 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11540  exonuclease subunit SbcD  61.43 
 
 		 406 aa  466  9.999999999999999e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.341615  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1040  exonuclease subunit SbcD  52.88 
 
 		 410 aa  423  1e-117  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2636  exonuclease subunit SbcD  57.66 
 
 		 406 aa  413  1e-114  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0201368  normal  0.0691306 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3277  exonuclease subunit SbcD  52.58 
 
 		 414 aa  409  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.763472  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3288  exonuclease subunit SbcD  52.58 
 
 		 414 aa  409  1e-113  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.111868 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1007  exonuclease subunit SbcD  50.36 
 
 		 412 aa  408  1e-113  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3138  exonuclease subunit SbcD  52.32 
 
 		 414 aa  407  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3107  nuclease SbcCD, D subunit  50.36 
 
 		 410 aa  399  9.999999999999999e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3303  exonuclease subunit SbcD  48.32 
 
 		 408 aa  398  9.999999999999999e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365834  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2452  exonuclease subunit SbcD  47.38 
 
 		 442 aa  393  1e-108  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1332  exonuclease subunit SbcD  46.1 
 
 		 414 aa  392  1e-108  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2916  nuclease SbcCD, D subunit  50.13 
 
 		 410 aa  390  1e-107  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0427  exonuclease subunit SbcD  49.29 
 
 		 400 aa  388  1e-107  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.429993  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00346  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  49.65 
 
 		 400 aa  387  1e-106  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3211  nuclease SbcCD, D subunit  49.65 
 
 		 400 aa  387  1e-106  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.13705  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0317  exonuclease subunit SbcD  49.41 
 
 		 400 aa  386  1e-106  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.639541  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0473  exonuclease subunit SbcD  49.65 
 
 		 400 aa  387  1e-106  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0425  exonuclease subunit SbcD  49.65 
 
 		 400 aa  385  1e-106  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0466  exonuclease subunit SbcD  49.65 
 
 		 400 aa  387  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.890943  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00350  hypothetical protein  49.65 
 
 		 400 aa  387  1e-106  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3235  exonuclease subunit SbcD  49.65 
 
 		 400 aa  387  1e-106  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.294623  hitchhiker  0.00000199407 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0433  exonuclease subunit SbcD  49.88 
 
 		 400 aa  382  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2506  exonuclease subunit SbcD  50.88 
 
 		 423 aa  382  1e-105  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.947885  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3442  exonuclease subunit SbcD  45.71 
 
 		 483 aa  383  1e-105  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0494  exonuclease subunit SbcD  49.88 
 
 		 400 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0439  exonuclease subunit SbcD  49.64 
 
 		 400 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.196846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0434  exonuclease subunit SbcD  49.88 
 
 		 400 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.60373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0866  exonuclease subunit SbcD  47.97 
 
 		 401 aa  379  1e-104  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0618709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0452  exonuclease subunit SbcD  50.12 
 
 		 400 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03136  exonuclease SbcD  44.99 
 
 		 515 aa  371  1e-101  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2849  exonuclease subunit SbcD  46.36 
 
 		 506 aa  366  1e-100  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.482559  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2356  exonuclease subunit SbcD  42.95 
 
 		 425 aa  342  5e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1302  exonuclease subunit SbcD  40.96 
 
 		 408 aa  332  1e-89  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.315565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1371  exodeoxyribonuclease I subunit D  39.71 
 
 		 416 aa  272  1e-71  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1979  nuclease SbcCD, D subunit  38.07 
 
 		 409 aa  263  6e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0567  nuclease SbcCD, D subunit  37.65 
 
 		 414 aa  259  6e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.152201  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0703  exonuclease SbcD  37.62 
 
 		 418 aa  256  4e-67  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2079  nuclease SbcCD, D subunit  35.66 
 
 		 410 aa  253  6e-66  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.655722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1319  nuclease SbcCD, D subunit  41.24 
 
 		 411 aa  253  6e-66  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0203  nuclease SbcCD, D subunit  35.66 
 
 		 409 aa  243  3.9999999999999997e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.738096  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2569  nuclease SbcCD, D subunit  38.56 
 
 		 410 aa  241  2e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2541  nuclease SbcCD, D subunit  33.19 
 
 		 498 aa  239  6.999999999999999e-62  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1731  exonuclease  36.08 
 
 		 408 aa  237  3e-61  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1159  nuclease SbcCD, D subunit  37.57 
 
 		 410 aa  228  1e-58  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.067261  normal  0.815946 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1064  exodeoxyribonuclease I subunit D  37.54 
 
 		 528 aa  207  2e-52  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1398  nuclease SbcCD, D subunit  40.86 
 
 		 517 aa  207  2e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1100  nuclease SbcCD, D subunit  40.78 
 
 		 537 aa  199  7.999999999999999e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4848  exonuclease SbcD  36.93 
 
 		 409 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000186512  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1822  nuclease SbcCD, D subunit  37.87 
 
 		 467 aa  194  2e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.449676  normal  0.314842 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3717  nuclease SbcCD, D subunit  35.97 
 
 		 412 aa  194  3e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2025  nuclease SbcCD, D subunit  35.97 
 
 		 412 aa  193  4e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55640  exonuclease SbcD  36.48 
 
 		 409 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000128845  normal  0.404134 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1557  nuclease SbcCD, D subunit  35.89 
 
 		 412 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.436101  normal  0.347672 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1715  exonuclease SbcD  35.45 
 
 		 414 aa  187  3e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.425872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3216  exodeoxyribonuclease I subunit D  35.07 
 
 		 414 aa  186  6e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569023 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3765  exonuclease SbcD  34.23 
 
 		 414 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0831731  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1585  nuclease SbcCD, D subunit  34.83 
 
 		 412 aa  179  7e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.583238  hitchhiker  0.000717764 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1419  nuclease SbcCD, D subunit  31.85 
 
 		 407 aa  165  1.0000000000000001e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.366401  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2961  nuclease SbcCD, D subunit  38.28 
 
 		 390 aa  164  3e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0847244  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4885  nuclease SbcCD, D subunit  28.6 
 
 		 414 aa  162  1e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.158027  normal  0.788581 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1226  exodeoxyribonuclease I subunit D  37.79 
 
 		 418 aa  160  5e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0802336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1150  exodeoxyribonuclease I subunit D  35.07 
 
 		 418 aa  157  2e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0468  nuclease SbcCD, D subunit  36.54 
 
 		 417 aa  151  2e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6452  nuclease SbcCD, D subunit  34.25 
 
 		 375 aa  150  6e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.230494  normal  0.0467767 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08410  Exodeoxyribonuclease I subunit D  33.15 
 
 		 407 aa  146  7.0000000000000006e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2701  exodeoxyribonuclease I subunit D  35.62 
 
 		 386 aa  145  9e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0000616496  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2167  nuclease SbcCD subunit D  35.67 
 
 		 366 aa  145  9e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0434  exodeoxyribonuclease I subunit D  34.88 
 
 		 428 aa  145  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0609998  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0672  nuclease SbcCD, D subunit  30.51 
 
 		 393 aa  144  3e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0463  nuclease SbcCD, D subunit  36.05 
 
 		 419 aa  143  5e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.165432  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31450  Exodeoxyribonuclease I subunit D  34.52 
 
 		 386 aa  140  3e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.603328 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0732  nuclease SbcCD, D subunit  34.38 
 
 		 382 aa  140  3e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1487  nuclease SbcCD, D subunit  30.64 
 
 		 392 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1923  nuclease SbcCD, D subunit  34.1 
 
 		 379 aa  140  6e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0918656  decreased coverage  0.000244242 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0759  nuclease SbcCD, D subunit  29.86 
 
 		 409 aa  137  4e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2450  exodeoxyribonuclease I subunit D  30.57 
 
 		 400 aa  137  5e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.982137  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2612  exodeoxyribonuclease I subunit D  30.57 
 
 		 400 aa  137  5e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.84718  decreased coverage  0.00000000344007 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2634  nuclease SbcCD, D subunit  30.07 
 
 		 381 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2574  exodeoxyribonuclease I subunit D  34.1 
 
 		 390 aa  136  8e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2520  exodeoxyribonuclease I subunit D  30.57 
 
 		 400 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0230667  unclonable  0.0000259601 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01260  Exodeoxyribonuclease I subunit D  36.29 
 
 		 394 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1267  exonuclease SbcD, putative  31.4 
 
 		 381 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0520829  hitchhiker  0.000185211 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05653  hypothetical protein  32.57 
 
 		 379 aa  134  3e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0123  nuclease SbcCD, D subunit  35.44 
 
 		 389 aa  134  3e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.694762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4030  nuclease SbcCD, D subunit  31.31 
 
 		 387 aa  134  3e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.755126 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2457  nuclease SbcCD, D subunit  29.54 
 
 		 380 aa  134  3e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.529794  unclonable  0.00000337627 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2306  nuclease SbcCD, D subunit  34.04 
 
 		 392 aa  133  5e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000794517 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2844  exonuclease SbcD, putative  29.94 
 
 		 399 aa  132  9e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1639  nuclease SbcCD, D subunit  30.52 
 
 		 381 aa  132  9e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0728377  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1654  nuclease SbcCD, D subunit  29.84 
 
 		 381 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0985231  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5582  exodeoxyribonuclease I subunit D  31.1 
 
 		 381 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403776  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000032  exonuclease SbcD  30.29 
 
 		 377 aa  132  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.526134  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1552  nuclease SbcCD, D subunit  31.52 
 
 		 382 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.787205 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1531  nuclease SbcCD, D subunit  29.51 
 
 		 381 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0738681  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0282  nuclease SbcCD, D subunit  33.22 
 
 		 425 aa  130  4.0000000000000003e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3663  dsDNA exonuclease SbcC  30.03 
 
 		 381 aa  130  6e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1914  nuclease SbcCD, D subunit  31.07 
 
 		 390 aa  129  8.000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0281047  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>