More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0864 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_0864  pilin  100 
 
 
163 aa  323  7e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.484071 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0065  pilin  53.98 
 
 
170 aa  148  3e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.154072 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3387  fgenesh4_pg.C_scaffold_2883000002  45.92 
 
 
196 aa  142  2e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.437334  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2675  general secretion pathway protein H  44.57 
 
 
198 aa  135  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2035  hypothetical protein  44.57 
 
 
198 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2646  hypothetical protein  44.57 
 
 
198 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5973  general secretion pathway protein H  44 
 
 
198 aa  134  6.0000000000000005e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0600966 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2567  general secretion pathway protein H  45.14 
 
 
198 aa  133  9e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2693  general secretion pathway protein H  45.14 
 
 
198 aa  133  9e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.289926  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0656  general secretion pathway protein H  44.13 
 
 
199 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0480  pilin subfamily protein  47.31 
 
 
174 aa  131  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0558  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  49.13 
 
 
168 aa  130  6e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.791178  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0477  putative type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  49.39 
 
 
173 aa  125  3e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0748911  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0677  putative type IV fimbrial pilin protein  41.9 
 
 
207 aa  124  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0557  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  45.61 
 
 
173 aa  122  3e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3289  putative type IV fimbrial pilin protein  41.34 
 
 
207 aa  120  6e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213615  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0478  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  50.29 
 
 
169 aa  120  8e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.322644  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2680  fimbrial protein pilin  44.32 
 
 
169 aa  120  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0726827  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3385  fgenesh4_pg.C_scaffold_2883000002  41.03 
 
 
199 aa  116  9.999999999999999e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0446  putative type IV fimbrial pilin protein  40.24 
 
 
205 aa  111  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.590776 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58730  type IV pilin structural subunit  42.7 
 
 
179 aa  110  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.279942  normal  0.457351 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0278  type IV pilin, putative  43.53 
 
 
172 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2540  general secretion pathway protein H  44.05 
 
 
147 aa  108  4.0000000000000004e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.13206  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0820  putative type IV pilin protein PilA  43.53 
 
 
172 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0816  putative type IV pilin protein PilA  43.53 
 
 
172 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2398  putative type IV pilin  43.79 
 
 
207 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.558979  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0979  PilA  43.79 
 
 
207 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2678  putative type IV pilin  43.79 
 
 
189 aa  107  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0011  putative type IV pilin  43.79 
 
 
189 aa  107  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0649  pilin family protein  43.53 
 
 
207 aa  105  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1889  hypothetical protein  44.17 
 
 
137 aa  103  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1890  hypothetical protein  47.85 
 
 
136 aa  97.8  5e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1879  hypothetical protein  47.56 
 
 
137 aa  95.9  2e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04886  pilin  46.75 
 
 
141 aa  93.6  9e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.969324  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0467  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  45.76 
 
 
171 aa  94  9e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.568157  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1878  hypothetical protein  41.72 
 
 
137 aa  92.8  2e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0485  fimbrial protein pilin  43.83 
 
 
136 aa  91.7  4e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4040  fimbrial protein pilin  40.64 
 
 
178 aa  90.5  9e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.736529  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12104  fimbrial protein  40.57 
 
 
165 aa  89.4  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.246946  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5161  type IV pilin structural subunit  40.36 
 
 
179 aa  88.6  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4674  methylation  41.9 
 
 
169 aa  88.2  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.953976  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1265  methylation  40.36 
 
 
160 aa  87.4  7e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00964428  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1828  fimbrial protein pilin  35.91 
 
 
170 aa  87  9e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.10224  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0864  peptidase S49, protease IV  44.05 
 
 
139 aa  87  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0472  fimbrial protein pilin  38.32 
 
 
182 aa  86.7  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.877435  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0463  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  36.31 
 
 
167 aa  84.7  4e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.961425  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4679  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  68.42 
 
 
168 aa  84  8e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0799  fimbrial protein pilin  46.43 
 
 
139 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0744296  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3945  fimbrial protein pilin  70.69 
 
 
166 aa  81.6  0.000000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.373423  hitchhiker  0.00130999 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4782  Tfp pilus assembly protein  67.21 
 
 
179 aa  80.9  0.000000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.26372 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1510  fimbrial protein  36.65 
 
 
138 aa  78.6  0.00000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.0000000690325  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4444  type IV pilin  66.67 
 
 
160 aa  79  0.00000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3356  fimbrial protein pilin: general secretion pathway protein H  65 
 
 
137 aa  78.6  0.00000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.669833  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0797  pilin  43.86 
 
 
148 aa  78.2  0.00000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3344  prepilin-type cleavage/methylation  47.79 
 
 
148 aa  78.2  0.00000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.62769  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3946  fimbrial protein pilin  67.21 
 
 
169 aa  76.6  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00129399 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4819  general secretion pathway protein H  41.38 
 
 
138 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.80083  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3896  Fimbrial protein pilin  69.09 
 
 
133 aa  76.6  0.0000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2449  Fimbrial protein pilin  69.23 
 
 
162 aa  75.9  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.000426279  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1078  pilin  37.06 
 
 
162 aa  75.9  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.18456 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5185  protein involved in methylation  56.45 
 
 
174 aa  74.7  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3944  fimbrial protein pilin  60.34 
 
 
166 aa  74.3  0.0000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.736158  hitchhiker  0.00123211 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3782  methylation site containing protein  43.9 
 
 
148 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0461  fimbrial protein precursor PilE (MS11 antigen)  36.65 
 
 
167 aa  71.2  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.653734  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0230  Fimbrial protein pilin  61.54 
 
 
161 aa  70.9  0.000000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2200  pilus assembly protein PilA  60.66 
 
 
111 aa  70.9  0.000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.360457  hitchhiker  0.000654211 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2663  type IV pilus biogenesis protein PilE  52.54 
 
 
142 aa  70.1  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.839094  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2523  methylation  49.23 
 
 
141 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0014  type IV pilin structural subunit  40.64 
 
 
178 aa  70.5  0.00000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2904  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  38 
 
 
168 aa  69.3  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.3004 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1866  hypothetical protein  30.94 
 
 
446 aa  68.9  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.287595  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0473  fimbrial protein pilin  33.12 
 
 
139 aa  68.9  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.72626  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3386  hypothetical protein  30.94 
 
 
438 aa  68.9  0.00000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00409988 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0478  prepilin peptidase dependent protein D  66.04 
 
 
134 aa  68.6  0.00000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.183909  normal  0.878303 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0627  putative major pilin subunit  40.54 
 
 
147 aa  68.2  0.00000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0475  fimbrial protein pilin  69.57 
 
 
139 aa  68.2  0.00000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.665132  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03231  type IV pilin  51.72 
 
 
141 aa  67.8  0.00000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0578635  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0927  type IV pilus biogenesis protein  62.5 
 
 
142 aa  67.4  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2126  methylation  78.95 
 
 
146 aa  67  0.00000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.196428  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002546  type IV pilin PilA  54.69 
 
 
157 aa  65.9  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.790868  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2629  type IV pilus subunit PilA  62.22 
 
 
138 aa  64.7  0.0000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03468  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  35.33 
 
 
141 aa  64.3  0.0000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0250  fimbrial subunit  53.85 
 
 
152 aa  63.9  0.0000000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0333044  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0476  methylation site containing protein  69.77 
 
 
141 aa  63.9  0.0000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.991113  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0414  methylation site containing protein  85.29 
 
 
148 aa  62  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0161  putative major pilin subunit  31.29 
 
 
145 aa  62.4  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3575  putative major pilin subunit  36.72 
 
 
148 aa  62  0.000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.270372  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0157  putative major pilin subunit  34.78 
 
 
145 aa  61.6  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0158  putative major pilin subunit  34.78 
 
 
145 aa  61.6  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.320147 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0156  putative major pilin subunit  34.78 
 
 
145 aa  61.6  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0477  prepilin-type cleavage/methylation  58.18 
 
 
148 aa  62  0.000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.695821  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1524  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  36.22 
 
 
159 aa  61.6  0.000000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000000584644  unclonable  2.6975300000000003e-19 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3918  methylation site containing protein  96.55 
 
 
143 aa  61.2  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000265425  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0164  putative major pilin subunit  34.78 
 
 
145 aa  61.6  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.268979  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0314  general secretion pathway protein  85.29 
 
 
147 aa  61.2  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4155  fimbiral protein PilA  70.73 
 
 
188 aa  60.8  0.000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.614605  normal  0.158719 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3388  methylation  74.42 
 
 
138 aa  60.5  0.000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0634  fimbrial protein pilin  37.4 
 
 
136 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1999  fimbrial protein  41.98 
 
 
153 aa  60.1  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4781  Tfp pilus assembly protein  34.13 
 
 
159 aa  59.7  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.431872  normal  0.26372 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>